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万見
- PDB-9fse: Human ROR2 cysteine-rich domain (CRD) and Kringle domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fse
タイトルHuman ROR2 cysteine-rich domain (CRD) and Kringle domain
要素Tyrosine-protein kinase transmembrane receptor ROR2
キーワードSIGNALING PROTEIN / ROR2 / WNT / WNT5A / FRIZZLED / SIGNALLING / SECRETED / SIGNALLING PROTEIN / RECEPTOR TYROSINE KINASE / ROR
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of synaptic signaling by nitric oxide / macrophage migration / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / Wnt-protein binding / positive regulation of macrophage differentiation / male genitalia development / astrocyte development / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / PCP/CE pathway / regulation of postsynapse organization ...regulation of synaptic signaling by nitric oxide / macrophage migration / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / Wnt-protein binding / positive regulation of macrophage differentiation / male genitalia development / astrocyte development / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / PCP/CE pathway / regulation of postsynapse organization / bone mineralization / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / coreceptor activity / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / receptor protein-tyrosine kinase / Wnt signaling pathway / positive regulation of neuron projection development / postsynapse / receptor complex / microtubule / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of cell migration / neuronal cell body / glutamatergic synapse / dendrite / cell surface / signal transduction / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, receptor ROR / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. ...Tyrosine-protein kinase, receptor ROR / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Kringle-like fold / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein kinase transmembrane receptor ROR2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Griffiths, S.C. / Tan, J. / Wagner, A. / Blazer, L.L. / Adams, J.J. / Srinivasan, S. / Moghisaei, S. / Sidhu, S.S. / Siebold, C. / Ho, H.H.
資金援助 英国, 米国, 8件
組織認可番号国
Cancer Research UKC20724/A26752 英国
Wellcome Trust203141/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust099675/Z/12/Z 英国
Cancer Research UKDRCRPG-May23/100002 英国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R35GM119574 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R35GM144341 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)2P30CA093373-19 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10 OD018223 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Structure and function of the ROR2 cysteine-rich domain in vertebrate noncanonical WNT5A signaling.
著者: Griffiths, S.C. / Tan, J. / Wagner, A. / Blazer, L.L. / Adams, J.J. / Srinivasan, S. / Moghisaei, S. / Sidhu, S.S. / Siebold, C. / Ho, H.H.
履歴
登録2024年6月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase transmembrane receptor ROR2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0464
ポリマ－26,7581
非ポリマー2883
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area500 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area12640 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)109.554, 109.554, 45.004
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase transmembrane receptor ROR2 / Neurotrophic tyrosine kinase / receptor-related 2


分子量: 26758.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Human ROR2 CRD and Kringle domains, expressed and secreted with C-terminal His-tag using the pHLsec vector for recombinant protein expression in mammalian cells
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ROR2, NTRKR2 / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q01974, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.78 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 1.5 M LiSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→94.88 Å / Num. obs: 7221 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 69.86 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.484→2.733 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.057 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 361 / CC1/2: 0.686 / Rpim(I) all: 0.429 / % possible all: 68.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROC20230726データ削減
AutoSol位相決定
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.48→94.88 Å / SU ML: 0.1705 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.695
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2705 353 4.89 %Random
Rwork0.2365 6866 --
obs0.2381 7219 93.2 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 68.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.48→94.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1742 0 15 11 1768
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00191799
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.46792437
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0352249
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041327
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.5355674
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.48-2.840.5803310.5695588X-RAY DIFFRACTION16.79
2.85-3.580.34151350.31762647X-RAY DIFFRACTION75.29
3.58-94.880.24111870.20453631X-RAY DIFFRACTION99.95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.57580384193-3.856850864460.4553059161231.902544386020.9300068610423.64979010761-0.0696628690566-1.13808955151.111999091971.09917632590.198005576155-0.618273279185-0.8905380908680.7611478750230.2974914657141.15593353850.140931760228-0.1662780768231.03411191635-0.09421658347690.029549118592-37.964110359932.720423083421.845699822
29.687997863842.033130895253.355657747276.040899952922.137551099974.49899639958-0.146535348912-1.399439900330.557806021905-0.02967251520870.02173250315920.647255455971-1.494931819280.211699804381-0.09581955419161.382425902230.0244070287146-0.1281508239360.681430406910.03075284293890.442871881781-38.213982776629.586807324220.0729966445
38.98282858472-4.78281188507-1.152584176943.49417768757-1.955767953897.15188588696-0.5536552836470.150589609548-0.44361783853-0.2333954855860.4851433920360.18347349094-0.426049332959-1.00967492542-0.03427907170580.456097411563-0.10985158902-0.01223386044530.311255356623-0.06348632624440.31474799192-46.973823356227.36172437998.49551985431
43.45154213616-1.43177107552-2.20826265436.26256056650.03114860118532.86382360452-0.270127791733-0.4593833708490.08872563783630.6510001008020.057287700108-0.9100145360120.09644374312241.267282746840.286720890920.453487857669-0.16482876561-0.1302733268660.597019770996-0.01750041877770.483906192217-30.59951299124.795570254410.5662431288
56.36049893019-3.316299830541.287792967083.64250573411-3.828433581915.41429523425-0.2107989437920.05528490085740.314787633877-0.2729697739940.155055873536-0.380462611820.372912890679-0.783196432434-0.005714199233910.507043273051-0.187258361966-0.0554444544960.471753223905-0.1233411423780.482658712722-45.305796239228.9524056238-1.3479959779
66.612228505380.703685035165-2.800222328962.186359657221.850657966714.59636899627-0.5452032636690.738549783955-1.22809577972-0.03231313988370.2804746700650.3119380850181.10451356048-0.7270478589640.2725685017530.652601615924-0.220701808904-0.08029469104540.523249456893-0.03359874437970.608442203738-30.49880735415.9296972945-0.367140171312
74.091991998432.42025062423-1.965358523614.65424558974-3.198570496823.86018140156-0.7814222971091.29520318682-0.984468742359-0.5510113582310.844119353653-0.02539238520411.23273727134-0.735746481966-0.05360163551160.504890154381-0.17451681002-0.03730315518980.7507465826-0.1551537388070.703042722258-21.184178584919.5773520087-15.2664827319
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 170 through 182 )170 - 1821 - 13
22chain 'A' and (resid 183 through 197 )183 - 19714 - 28
33chain 'A' and (resid 198 through 235 )198 - 23529 - 66
44chain 'A' and (resid 236 through 261 )236 - 26167 - 92
55chain 'A' and (resid 262 through 285 )262 - 28593 - 116
66chain 'A' and (resid 286 through 323 )286 - 323117 - 154
77chain 'A' and (resid 324 through 392 )324 - 392155 - 223

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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