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- PDB-9fsc: The structure of ornithine decarboxylase from Leishmania infantum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fsc
タイトルThe structure of ornithine decarboxylase from Leishmania infantum
要素ornithine decarboxylase
キーワードLYASE / decarboxylase pyridoxal 5'-phosphate polyamine biosynthesis Orn/Lys/Arg decarboxylase class-II family
機能・相同性
機能・相同性情報


ornithine decarboxylase / putrescine biosynthetic process from arginine, via ornithine / ornithine decarboxylase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ornithine decarboxylase / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, conserved site / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, pyridoxal-phosphate binding site / Orn/DAP/Arg decarboxylases family 2 pyridoxal-P attachment site. / Orn/DAP/Arg decarboxylases family 2 signature 2. / Ornithine/DAP/Arg decarboxylase / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, C-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, C-terminal sheet domain / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, N-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain ...Ornithine decarboxylase / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, conserved site / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, pyridoxal-phosphate binding site / Orn/DAP/Arg decarboxylases family 2 pyridoxal-P attachment site. / Orn/DAP/Arg decarboxylases family 2 signature 2. / Ornithine/DAP/Arg decarboxylase / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, C-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, C-terminal sheet domain / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, N-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain / Alanine racemase/group IV decarboxylase, C-terminal / PLP-binding barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / ornithine decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania infantum (幼児リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Fiorillo, A. / Ilari, A. / Antonelli, L.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Other government イタリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of ornithine decarboxylase from Leishmania infantum
著者: Fiorillo, A. / Ilari, A. / Antonelli, L.
履歴
登録2024年6月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ornithine decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,6672
ポリマ－79,5721
非ポリマー951
水1,874104
1
A: ornithine decarboxylase
ヘテロ分子

A: ornithine decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,3344
ポリマ－159,1442
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area6020 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area32350 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)119.22, 119.22, 85.47
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 ornithine decarboxylase


分子量: 79572.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal HIS-tag
由来: (組換発現) Leishmania infantum (幼児リーシュマニア)
遺伝子: LINJ.12.0100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E9AGB5, ornithine decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 8% w/v Polyethylene glycol 20,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→65.84 Å / Num. obs: 23012 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 18.92 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.0873 / Rpim(I) all: 0.0208 / Rrim(I) all: 0.0898 / Net I/σ(I): 20.44
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. measured obsNum. unique allNum. unique obsCC1/2CC1/2 anomalousRpim(I) allRrim(I) allAbsDiff over sigma anomalous% possible anomalous% possible ellipsoidal% possible ellipsoidal anomalous% possible spherical% possible spherical anomalousRedundancy anomalous% possible all
7.122-65.83815.880.038952.871828018280115111510.999-0.0690.00970.04010.59399.899.899.899.899.89.0399.8
5.607-7.12217.310.051848.881989319893114911490.999-0.1070.01250.05330.681001001001001009.34100
4.875-5.60717.10.056846.851966719667115011500.999-0.3430.01390.05850.6741001001001001009.12100
4.42-4.87517.270.058644.71987619876115111510.999-0.3150.01440.06040.6631001001001001009.15100
4.095-4.4218.210.065940.882095620956115111510.999-0.3640.01580.06780.67899.999.999.999.999.99.5599.9
3.845-4.09517.720.081133.532044420444115411540.998-0.1550.01980.08350.7571001001001001009.28100
3.652-3.84518.430.102728.272119321193115011500.999-0.1490.02460.10560.7710099.910099.91009.6599.9
3.49-3.65218.280.122823.42100921009114911490.998-0.1310.02960.12640.7691001001001001009.57100
3.353-3.4919.50.167119.272239122391114811480.998-0.0610.0390.17170.79199.999.999.999.999.910.1599.9
3.234-3.353200.213715.452304323043115211520.996-0.0250.0490.21930.80310010010010010010.45100
3.132-3.23419.720.276512.492272122721115211520.994-0.0840.06360.28380.77110010010010010010.24100
3.039-3.13219.430.37889.332230822308114811480.989-0.0470.08790.3890.78499.398.799.398.799.310.0798.7
2.951-3.03920.190.4537.922323623236115111510.987-0.0050.10290.46460.80194.393.694.391.292.210.493.6
2.863-2.95119.520.5236.892248222482115211520.979-0.0790.1210.5370.7639291.59282.584.310.0291.5
2.78-2.86319.930.77384.732295422954115211520.951-0.0030.17730.79410.79192.592.292.576.47810.2492.2
2.699-2.7820.210.93533.882319723197114811480.940.0310.21290.95940.78192929269.871.110.3692
2.618-2.69920.331.02943.532337923379115011500.913-0.0260.23351.05580.77393.79393.762.964.710.3993
2.536-2.61819.991.46482.432304523045115311530.795-0.030.33511.50290.77890.890.190.854.65610.1890.1
2.443-2.53620.181.80321.972320523205115011500.702-0.0210.41081.84980.7468382.68341.742.710.2882.6
2.274-2.44319.242.08411.622214922149115111510.611-0.0130.48552.14030.78660.860.560.818.418.89.7860.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.27→65.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU R Cruickshank DPI: 0.385 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.383 / SU Rfree Blow DPI: 0.27 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.274
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2726 1119 -RANDOM
Rwork0.2353 ---
obs0.2372 23012 70.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 70.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9102 Å20 Å20 Å2
2---0.9102 Å20 Å2
3---1.8205 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→65.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3472 0 5 104 3581
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0083557HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.94830HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1194SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes605HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3557HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion458SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2765SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.92
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.96
LS精密化 シェル解像度: 2.27→2.38 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4463 26 -
Rwork0.3307 --
obs0.3378 461 11.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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