PDB-9fsb: Coxsackievirus B3 3C protease in P121 spacegroup

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fsb

タイトル

Coxsackievirus B3 3C protease in P121 spacegroup

要素

Genome polyprotein

キーワード

HYDROLASE / B clade 3C protease enterovirus

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / channel activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.592 Å

データ登録者

Fairhead, M. / Lithgo, R.M. / MacLean, E.M. / Bowesman-Jones, H. / Aschenbrenner, J.C. / Balcomb, B.H. / Capkin, E. / Chandran, A.V. / Godoy, A.S. / Marples, P.G. ...

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Coxsackievirus B3 3C protease in P121 spacegroup
著者: Fairhead, M. / Lithgo, R.M. / MacLean, E.M. / Bowesman-Jones, H. / Aschenbrenner, J.C. / Balcomb, B.H. / Capkin, E. / Chandran, A.V. / Godoy, A.S. / Marples, P.G. / Fearon, D. / von Delft, F. / Koekemoer, L.

履歴

登録	2024年6月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fsb.cif.gz	340.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fsb.ent.gz	230.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fsb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9fsb_validation.pdf.gz	442.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fsb_full_validation.pdf.gz	447.5 KB	表示
XML形式データ	9fsb_validation.xml.gz	15.4 KB	表示
CIF形式データ	9fsb_validation.cif.gz	20.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/9fsb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/9fsb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (22) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Genome polyprotein

B: Genome polyprotein

40.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Genome polyprotein

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
20.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Genome polyprotein

登録者が定義した集合体
20.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.485, 45.967, 66.884
Angle α, β, γ (deg.)	90, 101.559, 90
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 180 / Label seq-ID: 1 - 180

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Genome polyprotein 分子量: 20286.279 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: E3SVR4, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.64 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Shotgun1 A01 0.1 M Magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.2, 25% PEG 4K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.59→50.441 Å / Num. obs: 33816 / % possible obs: 81.74 % / 冗長度: 6 % / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 4.6
反射シェル	解像度: 1.59→1.62 Å / Num. unique obs: 1991 / CC_1/2: 0.392

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.592→50.441 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.884 / SU B: 17.573 / SU ML: 0.241 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.605 / ESU R Free: 0.18 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3008	1384	4.918 %
R_work	0.2095	26759	-
all	0.214	-	-
obs	-	28143	68.102 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.562 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.632 Å²	-0 Å²	1.426 Å²
2-	-	5.924 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.653 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.592→50.441 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2796	0	0	49	2845

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.012	2854
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.016	2756
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.585	1.842	3852
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.227	1.752	6344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.591	5	358
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	13.096	5	14
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.088	10	500
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.493	10	124
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.141	0.2	424
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	3336
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	652
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	451
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.154	0.2	2604
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	1324
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1649
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	92
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.209	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.155	0.2	120
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.247	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.081	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	14.533	3.282	1438
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	14.498	3.281	1438
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	19.451	5.924	1794
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	19.462	5.926	1795
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	16.649	3.75	1416
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	16.645	3.753	1417
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	22.296	6.729	2058
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	22.291	6.732	2059
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	26.146	37.752	2963
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	26.15	37.769	2959
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	11.637	3	5610
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.188	0.05	4922

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.18821	0.05006
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.18821	0.05006

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.592-1.633	0.464	3	0.291	19	0.324	3013	0.918	0.96	0.7302	0.264
1.633-1.678	0.385	5	0.374	32	0.375	2945	0.914	0.912	1.2564	0.356
1.678-1.726	0.41	17	0.435	359	0.434	2898	0.961	0.921	12.9745	0.411
1.726-1.779	0.423	37	0.373	556	0.376	2794	0.887	0.915	21.2241	0.36
1.779-1.838	0.345	49	0.372	984	0.371	2709	0.942	0.934	38.1322	0.362
1.838-1.902	0.414	94	0.353	1768	0.356	2605	0.914	0.95	71.4779	0.341
1.902-1.974	0.32	123	0.322	2366	0.322	2539	0.938	0.955	98.0307	0.311
1.974-2.054	0.335	125	0.275	2314	0.278	2439	0.936	0.974	100	0.253
2.054-2.145	0.331	99	0.253	2249	0.257	2350	0.958	0.978	99.9149	0.222
2.145-2.25	0.319	104	0.236	2127	0.24	2231	0.898	0.98	100	0.201
2.25-2.371	0.291	107	0.242	2021	0.245	2128	0.927	0.977	100	0.201
2.371-2.515	0.336	94	0.229	1926	0.234	2020	0.93	0.976	100	0.188
2.515-2.688	0.285	92	0.208	1817	0.211	1909	0.949	0.98	100	0.166
2.688-2.903	0.343	89	0.18	1695	0.188	1784	0.906	0.984	100	0.143
2.903-3.179	0.291	86	0.175	1536	0.182	1622	0.954	0.984	100	0.141
3.179-3.552	0.301	86	0.161	1409	0.168	1495	0.943	0.985	100	0.14
3.552-4.098	0.261	53	0.171	1195	0.175	1306	0.96	0.983	95.559	0.152
4.098-5.011	0.243	58	0.15	1053	0.155	1130	0.951	0.986	98.3186	0.14
5.011-7.052	0.279	39	0.204	840	0.207	880	0.967	0.973	99.8864	0.194
7.052-50.441	0.349	24	0.225	493	0.23	519	0.865	0.956	99.6146	0.23

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