PDB-9fsa: Cell wall anchoring domain of the surface layer protein of Methan...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fsa

タイトル

Cell wall anchoring domain of the surface layer protein of Methanococcus voltae (aa 24-75; 484-576)

要素

S-layer protein

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Surface layer protein / self assembly / cell wall binding / anchoring / symmetry

機能・相同性

S-layer protein / S-layer protein, N-terminal / S-layer protein, C-terminal / S-layer like family, central region / S-layer like family, outer domain / S-layer / cell wall organization / extracellular region / S-layer protein

機能・相同性情報

生物種

Methanococcus voltae (古細菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Grininger, C. / Sagmeister, T. / Pavkov-Keller, T.

資金援助

オーストリア, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: SymProFold: Structural prediction of symmetrical biological assemblies.
著者: Buhlheller, C. / Sagmeister, T. / Grininger, C. / Gubensak, N. / Sleytr, U.B. / Uson, I. / Pavkov-Keller, T.

履歴

登録	2024年6月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fsa.cif.gz	59.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fsa.ent.gz	41.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fsa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9fsa_validation.pdf.gz	426.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fsa_full_validation.pdf.gz	428.1 KB	表示
XML形式データ	9fsa_validation.xml.gz	7.1 KB	表示
CIF形式データ	9fsa_validation.cif.gz	8.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/9fsa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/9fsa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: S-layer protein

15.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: S-layer protein

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
31.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.340, 53.268, 55.627
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	S-layer protein / Cell surface glycoprotein / Surface layer protein 分子量: 15757.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanococcus voltae (古細菌) / 遺伝子: sla 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q50833
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: JCSG+ eco condition C2 1.0 M LiCl, 0.1 M citrate pH 4.0, 20 % PEG 6000 0.3 ul condition + 0.3 ul protein solution

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: LIQUID ANODE / タイプ: Excillum MetalJet D2+ 70 kV / 波長: 1.3414 Å
検出器	タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.3414 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→46.34 Å / Num. obs: 4977 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 23.5 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.332 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 2.05→2.24 Å / 冗長度: 15.8 % / R_merge(I) obs: 1.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 291 / CC_1/2: 0.65 / % possible all: 70.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
PHENIX	1.20.1	精密化
DIALS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.05→46.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.882 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.873 / SU B: 6.53 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.686 / ESU R Free: 0.324 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2825	286	5.75 %
R_work	0.2652	4688	-
all	0.266	-	-
obs	-	4974	54.725 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.898 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.316 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.554 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.762 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→46.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	928	0	0	14	942

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	932
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	936
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.075	1.609	1268
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.358	1.557	2164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.047	5	133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.029	5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.16	10	150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.086	10	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.044	0.2	167
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1058
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	142
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	190
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.205	0.2	974
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	491
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	603
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.205	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.215	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.31	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.109	2.172	538
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.107	2.172	538
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.505	3.229	669
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.504	3.235	670
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.054	2.589	394
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.052	2.594	395
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.552	3.717	599
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.549	3.722	600
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.812	41.803	4017
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.812	41.815	4017

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work	Fsc free
2.05-2.103		0	0.287	33	0.287	645	0.926	5.1163	0.277
2.103-2.161	0.322	3	0.355	87	0.354	639	0.893	14.0845	0.315	0.86
2.161-2.223	0.484	3	0.374	129	0.376	633	0.905	20.8531	0.36	0.809
2.223-2.291	0.36	5	0.272	147	0.275	593	0.949	25.6324	0.256	0.918
2.291-2.366	0.169	15	0.32	173	0.308	597	0.932	31.4908	0.302	0.96
2.366-2.449	0.419	13	0.302	206	0.308	573	0.935	38.2199	0.262	0.902
2.449-2.541	0.322	14	0.326	221	0.326	543	0.932	43.2781	0.312	0.956
2.541-2.645	0.297	16	0.343	236	0.34	533	0.932	47.2795	0.309	0.927
2.645-2.762	0.343	8	0.311	262	0.312	505	0.931	53.4653	0.267	0.85
2.762-2.896	0.382	19	0.329	293	0.333	496	0.928	62.9032	0.29	0.909
2.896-3.052	0.342	22	0.298	312	0.301	460	0.937	72.6087	0.266	0.957
3.052-3.237	0.348	24	0.288	355	0.291	454	0.941	83.4802	0.239	0.929
3.237-3.459	0.318	16	0.295	380	0.296	420	0.945	94.2857	0.254	0.925
3.459-3.734	0.277	23	0.249	359	0.251	393	0.959	97.201	0.21	0.951
3.734-4.088	0.192	14	0.236	347	0.234	362	0.963	99.7238	0.203	0.977
4.088-4.566	0.157	27	0.193	309	0.19	336	0.976	100	0.176	0.98
4.566-5.264	0.305	22	0.227	274	0.232	296	0.971	100	0.213	0.964
5.264-6.426	0.358	21	0.268	247	0.276	268	0.952	100	0.247	0.939
6.426-9.002	0.314	15	0.2	190	0.205	205	0.974	100	0.209	0.946
9.002-46.34	0.153	6	0.234	128	0.23	134	0.961	100	0.267	0.99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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