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- PDB-9fsa: Cell wall anchoring domain of the surface layer protein of Methan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fsa
タイトルCell wall anchoring domain of the surface layer protein of Methanococcus voltae (aa 24-75; 484-576)
要素S-layer protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Surface layer protein / self assembly / cell wall binding / anchoring / symmetry
機能・相同性S-layer protein / S-layer protein, N-terminal / S-layer protein, C-terminal / S-layer like family, central region / S-layer like family, outer domain / S-layer / cell wall organization / extracellular region / S-layer protein
機能・相同性情報
生物種Methanococcus voltae (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Grininger, C. / Sagmeister, T. / Pavkov-Keller, T.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundBioMolStruct doc.fund (DOC130) オーストリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: SymProFold: Structural prediction of symmetrical biological assemblies.
著者: Buhlheller, C. / Sagmeister, T. / Grininger, C. / Gubensak, N. / Sleytr, U.B. / Uson, I. / Pavkov-Keller, T.
履歴
登録2024年6月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-layer protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7581
ポリマ－15,7581
非ポリマー00
水25214
1
A: S-layer protein

A: S-layer protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5162
ポリマ－31,5162
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555x,-y,-z1
Buried area1410 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area11650 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)46.340, 53.268, 55.627
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 S-layer protein / Cell surface glycoprotein / Surface layer protein


分子量: 15757.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanococcus voltae (古細菌) / 遺伝子: sla
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q50833
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: JCSG+ eco condition C2 1.0 M LiCl, 0.1 M citrate pH 4.0, 20 % PEG 6000 0.3 ul condition + 0.3 ul protein solution

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: LIQUID ANODE / タイプ: Excillum MetalJet D2+ 70 kV / 波長: 1.3414 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3414 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→46.34 Å / Num. obs: 4977 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 23.5 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.332 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.05→2.24 Å / 冗長度: 15.8 % / Rmerge(I) obs: 1.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 291 / CC1/2: 0.65 / % possible all: 70.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
PHENIX1.20.1精密化
DIALSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→46.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.882 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 6.53 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.686 / ESU R Free: 0.324 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2825 286 5.75 %
Rwork0.2652 4688 -
all0.266 --
obs-4974 54.725 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 22.898 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.316 Å2-0 Å20 Å2
2--0.554 Å2-0 Å2
3---0.762 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→46.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数928 0 0 14 942
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.012932
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.016936
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0751.6091268
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3581.5572164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0475133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg3.02951
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.1610150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg16.0861028
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0440.2167
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021058
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02142
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.2190
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2050.2974
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1680.2491
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0780.2603
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2050.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2150.218
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.310.256
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1092.172538
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1072.172538
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5053.229669
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.5043.235670
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0542.589394
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0522.594395
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5523.717599
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.5493.722600
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.81241.8034017
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other8.81241.8154017
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc work% reflection obs (%)WRfactor RworkFsc free
2.05-2.10300.287330.2876450.9265.11630.277
2.103-2.1610.32230.355870.3546390.89314.08450.3150.86
2.161-2.2230.48430.3741290.3766330.90520.85310.360.809
2.223-2.2910.3650.2721470.2755930.94925.63240.2560.918
2.291-2.3660.169150.321730.3085970.93231.49080.3020.96
2.366-2.4490.419130.3022060.3085730.93538.21990.2620.902
2.449-2.5410.322140.3262210.3265430.93243.27810.3120.956
2.541-2.6450.297160.3432360.345330.93247.27950.3090.927
2.645-2.7620.34380.3112620.3125050.93153.46530.2670.85
2.762-2.8960.382190.3292930.3334960.92862.90320.290.909
2.896-3.0520.342220.2983120.3014600.93772.60870.2660.957
3.052-3.2370.348240.2883550.2914540.94183.48020.2390.929
3.237-3.4590.318160.2953800.2964200.94594.28570.2540.925
3.459-3.7340.277230.2493590.2513930.95997.2010.210.951
3.734-4.0880.192140.2363470.2343620.96399.72380.2030.977
4.088-4.5660.157270.1933090.193360.9761000.1760.98
4.566-5.2640.305220.2272740.2322960.9711000.2130.964
5.264-6.4260.358210.2682470.2762680.9521000.2470.939
6.426-9.0020.314150.21900.2052050.9741000.2090.946
9.002-46.340.15360.2341280.231340.9611000.2670.99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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