PDB-9fs9: Self assembly domain of the surface layer protein of Viridibacill...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fs9

タイトル

Self assembly domain of the surface layer protein of Viridibacillus arvi (aa 765-844)

要素

S-layer

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Surface layer protein / self assembly

機能・相同性

Copper resistance protein CopC/internalin, immunoglobulin-like / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Immunoglobulin-like fold / BROMIDE ION / S-layer

機能・相同性情報

生物種

Viridibacillus arvi (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Grininger, C. / Sagmeister, T. / Pavkov-Keller, T.

資金援助

オーストリア, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: SymProFold: Structural prediction of symmetrical biological assemblies.
著者: Buhlheller, C. / Sagmeister, T. / Grininger, C. / Gubensak, N. / Sleytr, U.B. / Uson, I. / Pavkov-Keller, T.

履歴

登録	2024年6月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月2日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fs9.cif.gz	325 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fs9.ent.gz	205.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fs9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/9fs9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/9fs9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

D: S-layer

A: S-layer

B: S-layer

C: S-layer

ヘテロ分子

39.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

D: S-layer

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
9.82 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: S-layer

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
9.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: S-layer

登録者が定義した集合体
9.82 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

C: S-layer

登録者が定義した集合体
9.82 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.017, 35.049, 68.017
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.234, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	D
2	1	D
3	2	D
4	2	D
5	3	D
6	3	D
7	4	D
8	4	D
9	5	D
10	5	D
11	6	D
12	6	D

NCSドメイン領域:

Auth asym-ID: D / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	SER	SER	GLU	GLU	766 - 846	3 - 83
2	1	1	SER	SER	GLU	GLU	766 - 846	3 - 83
3	2	2	ALA	ALA	HIS	HIS	767 - 847	4 - 84
4	2	2	ALA	ALA	HIS	HIS	767 - 847	4 - 84
5	3	3	VAL	VAL	HIS	HIS	768 - 847	5 - 84
6	3	3	VAL	VAL	HIS	HIS	768 - 847	5 - 84
7	4	4	ALA	ALA	GLU	GLU	767 - 846	4 - 83
8	4	4	ALA	ALA	GLU	GLU	767 - 846	4 - 83
9	5	5	VAL	VAL	GLU	GLU	768 - 846	5 - 83
10	5	5	VAL	VAL	GLU	GLU	768 - 846	5 - 83
11	6	6	VAL	VAL	HIS	HIS	768 - 847	5 - 84
12	6	6	VAL	VAL	HIS	HIS	768 - 847	5 - 84

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	S-layer 分子量: 9821.844 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Viridibacillus arvi (バクテリア) 遺伝子: slp1 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0K2Z0V7
#2: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.38 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: JCSG+ eco, condition G10 0.15 M KBr, 30 % PEG 2000 MME 22 g/l protein in 25 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl 0.3 ul condition + 0.3 ul protein

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: LIQUID ANODE / タイプ: Excillum MetalJet D2+ 70 kV / 波長: 1.3414 Å
検出器	タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.3414 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→48.66 Å / Num. obs: 19156 / % possible obs: 99.83 % / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 30.19 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.1155 / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 2.1→2.175 Å / R_merge(I) obs: 0.8077 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1904 / CC_1/2: 0.589

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
PHENIX	1.20.1	精密化
DIALS	3.8	データ削減
pointless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→48.658 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / SU B: 14.216 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.258 / ESU R Free: 0.213 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2599	900	4.699 %
R_work	0.201	18255	-
all	0.204	-	-
obs	-	19155	99.911 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.483 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.828 Å²	-0 Å²	-0.534 Å²
2-	-	0.696 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.154 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.658 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2535	0	1	163	2699

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	2567
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2347
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.386	1.638	3481
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.462	1.575	5469
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.972	5	325
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.217	10	446
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.745	10	120
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.056	0.2	429
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2859
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	461
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	476
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	2224
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	1277
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1505
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.217	0.2	173
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.076	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.171	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.201	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.227	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.812	2.205	1312
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.809	2.205	1312
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.902	3.289	1633
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.902	3.29	1634
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.167	2.461	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.166	2.463	1256
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.338	3.593	1848
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.337	3.595	1849
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.243	30.63	2828
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.17	30.409	2801
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.099	0.05	2469
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.121	0.05	2425
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.09	0.05	2484
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.094	0.05	2453
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.109	0.05	2393
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.125	0.05	2377

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09909	0.0501
1	2	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09909	0.0501
2	3	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12127	0.05009
2	4	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12127	0.05009
3	5	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09013	0.05009
3	6	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09013	0.05009
4	7	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09384	0.0501
4	8	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09384	0.0501
5	9	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10883	0.05009
5	10	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10883	0.05009
6	11	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12521	0.05009
6	12	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12521	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.1-2.155	0.394	62	0.333	1351	0.335	1413	0.892	0.92	100	0.312
2.155-2.214	0.263	68	0.29	1311	0.288	1379	0.952	0.935	100	0.261
2.214-2.278	0.284	82	0.256	1223	0.258	1307	0.938	0.955	99.847	0.229
2.278-2.348	0.246	66	0.235	1234	0.236	1300	0.957	0.961	100	0.204
2.348-2.424	0.231	60	0.227	1181	0.228	1241	0.966	0.967	100	0.196
2.424-2.509	0.29	66	0.222	1166	0.225	1233	0.956	0.968	99.9189	0.191
2.509-2.604	0.346	51	0.229	1081	0.235	1132	0.945	0.969	100	0.198
2.604-2.71	0.232	67	0.223	1091	0.224	1158	0.971	0.973	100	0.193
2.71-2.83	0.308	48	0.24	1012	0.243	1060	0.958	0.967	100	0.204
2.83-2.967	0.315	45	0.226	1012	0.23	1057	0.95	0.967	100	0.2
2.967-3.127	0.286	23	0.201	950	0.203	973	0.955	0.973	100	0.184
3.127-3.316	0.198	48	0.203	874	0.203	922	0.974	0.975	100	0.189
3.316-3.544	0.246	32	0.197	850	0.199	883	0.96	0.98	99.8867	0.193
3.544-3.826	0.238	52	0.179	787	0.183	839	0.966	0.981	100	0.177
3.826-4.189	0.258	42	0.154	705	0.16	747	0.966	0.986	100	0.154
4.189-4.679	0.144	16	0.12	679	0.121	696	0.987	0.992	99.8563	0.131
4.679-5.394	0.177	18	0.145	608	0.146	627	0.985	0.989	99.8405	0.153
5.394-6.586	0.233	26	0.163	494	0.166	522	0.975	0.986	99.6169	0.171
6.586-9.23	0.225	14	0.168	404	0.169	421	0.969	0.978	99.2874	0.183
9.23-48.658	0.391	14	0.226	242	0.236	260	0.855	0.966	98.4615	0.275

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.9683	0.1648	0.5645	2.9913	0.4742	6.264	-0.051	-0.3365	-0.0235	0.1435	-0.0093	-0.287	-0.0541	0.3634	0.0604	0.0263	0.0493	-0.0316	0.2104	0.0034	0.1247	0.4038	3.975	-13.3448
2	4.7546	0.097	0.1787	3.8246	-0.0165	5.9657	-0.0762	-0.0609	-0.0523	-0.3001	0.0892	0.1903	-0.0022	-0.1356	-0.013	0.0282	-0.0145	-0.0153	0.0254	0.0082	0.0106	-33.4029	1.3383	-20.8487
3	7.0885	-0.3372	0.4659	3.2982	-0.3459	4.5785	0.0399	0.2743	-0.0164	-0.278	-0.0103	-0.3739	0.0109	0.2521	-0.0296	0.1	0.0218	0.0156	0.0995	-0.022	0.0496	-12.9563	4.5731	-34.1294
4	6.5487	0.5732	-0.2857	1.3306	-0.1112	4.5421	0.0012	-0.3648	-0.1123	0.2021	-0.077	0.0526	0.1383	0.1353	0.0759	0.1078	0.0138	0.0013	0.1977	0.0066	0.0117	-20.142	1.6545	0.1028

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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