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Yorodumi- PDB-9fs9: Self assembly domain of the surface layer protein of Viridibacill... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 9fs9 | ||||||
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Title | Self assembly domain of the surface layer protein of Viridibacillus arvi (aa 765-844) | ||||||
Components | S-layer | ||||||
Keywords | STRUCTURAL PROTEIN / Surface layer protein / self assembly | ||||||
Function / homology | Copper resistance protein CopC/internalin, immunoglobulin-like / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Immunoglobulin-like fold / BROMIDE ION / S-layer Function and homology information | ||||||
Biological species | Viridibacillus arvi (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Grininger, C. / Sagmeister, T. / Pavkov-Keller, T. | ||||||
Funding support | Austria, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2024 Title: SymProFold: Structural prediction of symmetrical biological assemblies. Authors: Buhlheller, C. / Sagmeister, T. / Grininger, C. / Gubensak, N. / Sleytr, U.B. / Uson, I. / Pavkov-Keller, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 9fs9.cif.gz | 325 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb9fs9.ent.gz | 205.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 9fs9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 9fs9_validation.pdf.gz | 454.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 9fs9_full_validation.pdf.gz | 456.1 KB | Display | |
Data in XML | 9fs9_validation.xml.gz | 15.2 KB | Display | |
Data in CIF | 9fs9_validation.cif.gz | 21.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/9fs9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/9fs9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Auth asym-ID: D / Label asym-ID: A
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 9821.844 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Viridibacillus arvi (bacteria) / Gene: slp1 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: A0A0K2Z0V7 #2: Chemical | ChemComp-BR / | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.06 Å3/Da / Density % sol: 40.38 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: JCSG+ eco, condition G10 0.15 M KBr, 30 % PEG 2000 MME 22 g/l protein in 25 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl 0.3 ul condition + 0.3 ul protein |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: LIQUID ANODE / Type: Excillum MetalJet D2+ 70 kV / Wavelength: 1.3414 Å |
Detector | Type: Bruker PHOTON III / Detector: PIXEL / Date: Jun 12, 2024 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.3414 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→48.66 Å / Num. obs: 19156 / % possible obs: 99.83 % / Redundancy: 6 % / Biso Wilson estimate: 30.19 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.1155 / Net I/σ(I): 9.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.175 Å / Rmerge(I) obs: 0.8077 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1904 / CC1/2: 0.589 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1→48.658 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 14.216 / SU ML: 0.186 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.258 / ESU R Free: 0.213 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 37.483 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→48.658 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Selection: ALL |