PDB-9fs7: Coxsackievirus A16 3C protease in C2 2 21 spacegroup

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fs7

タイトル

Coxsackievirus A16 3C protease in C2 2 21 spacegroup

要素

Genome polyprotein

キーワード

HYDROLASE / 3C protease Coxackie virus virus A clade

機能・相同性

機能・相同性情報

T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / cysteine-type endopeptidase activity / virion attachment to host cell / proteolysis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.37 Å

データ登録者

Fairhead, M. / Lithgo, R. / MacLean, M. / Bowesman-Jones, H. / Aschenbrenner, J.C. / Balcomb, B.H. / Capkin, E. / Chandran, A.V. / Godoy, A.S. / Marples, P.G. ...

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Coxsackievirus A16 3C protease in C2 2 21 spacegroup
著者: Fairhead, M. / Lithgo, R. / MacLean, M. / Bowesman-Jones, H. / Aschenbrenner, J.C. / Balcomb, B.H. / Capkin, E. / Chandran, A.V. / Godoy, A.S. / Marples, P.G. / Fearon, D. / von Delft, F. / Koekemoer, L.

履歴

登録	2024年6月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fs7.cif.gz	190.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fs7.ent.gz	124.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fs7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/9fs7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/9fs7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (4) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Genome polyprotein

20.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.36, 65.17, 76.09
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-280- HOH
2	1	A-337- HOH

#1: タンパク質	Genome polyprotein 分子量: 20130.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E5L254
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Shotgun1 well A01 0.2M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M Tris pH 8.5, 30% w/v PEG 4000,

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9212 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9212 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.37→39.24 Å / Num. obs: 25094 / % possible obs: 73.91 % / 冗長度: 10.5 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 20.2
反射シェル	解像度: 1.37→1.39 Å / Num. unique obs: 323 / CC_1/2: 0.264

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.37→39.236 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 3.33 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.083 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2065	1339	5.341 %
R_work	0.1511	23729	-
all	0.154	-	-
obs	-	25068	73.829 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.874 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.273 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.028 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.756 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.37→39.236 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1391	0	0	174	1565

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	1457
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	1410
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.815	1.819	1978
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.77	1.752	3233
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.711	5	187
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.95	5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.48	10	248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.631	10	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	227
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1747
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	343
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	217
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.163	0.2	1210
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.157	0.2	688
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	744
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	102
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.194	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.161	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.372	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.218	2.163	742
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.173	2.162	742
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.872	3.899	931
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.874	3.904	932
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.883	2.455	715
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.878	2.459	716
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	11.227	4.376	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	11.222	4.38	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	16.689	29.048	1544
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	15.125	26.782	1491
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.891	3	2867

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.37-1.406	0.511	16	0.386	487	0.39	2463	0.906	0.912	20.4223	0.39
1.406-1.444	0.338	38	0.342	617	0.342	2414	0.938	0.937	27.1334	0.339
1.444-1.486	0.295	30	0.288	766	0.288	2359	0.955	0.959	33.7431	0.27
1.486-1.532	0.336	60	0.264	926	0.268	2306	0.939	0.97	42.758	0.235
1.532-1.582	0.324	59	0.228	1112	0.233	2207	0.973	0.977	53.0585	0.201
1.582-1.637	0.242	82	0.199	1354	0.201	2152	0.961	0.982	66.7286	0.169
1.637-1.699	0.2	102	0.146	1715	0.149	2075	0.978	0.988	87.5663	0.12
1.699-1.768	0.245	82	0.136	1807	0.14	1982	0.963	0.989	95.3078	0.117
1.768-1.847	0.232	101	0.128	1787	0.133	1927	0.965	0.99	97.9761	0.112
1.847-1.936	0.205	113	0.124	1686	0.128	1828	0.975	0.991	98.4136	0.113
1.936-2.041	0.212	76	0.131	1645	0.135	1748	0.973	0.99	98.4554	0.125
2.041-2.164	0.199	80	0.134	1565	0.137	1669	0.976	0.99	98.562	0.132
2.164-2.313	0.2	99	0.137	1448	0.141	1565	0.975	0.989	98.8498	0.138
2.313-2.498	0.18	75	0.131	1367	0.134	1455	0.98	0.99	99.1065	0.133
2.498-2.735	0.201	82	0.133	1262	0.137	1352	0.971	0.989	99.4083	0.141
2.735-3.056	0.185	62	0.145	1173	0.146	1242	0.984	0.987	99.4364	0.157
3.056-3.525	0.185	55	0.149	1027	0.151	1087	0.978	0.986	99.54	0.169
3.525-4.309	0.185	48	0.136	878	0.139	929	0.979	0.989	99.6771	0.163
4.309-6.057	0.179	43	0.174	696	0.174	742	0.982	0.986	99.5957	0.22
6.057-39.236	0.28	36	0.233	411	0.237	451	0.966	0.966	99.1131	0.296

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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