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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9fs7 | ||||||
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タイトル | Coxsackievirus A16 3C protease in C2 2 21 spacegroup | ||||||
要素 | Genome polyprotein | ||||||
キーワード | HYDROLASE / 3C protease Coxackie virus virus A clade | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.37 Å | ||||||
データ登録者 | Fairhead, M. / Lithgo, R. / MacLean, M. / Bowesman-Jones, H. / Aschenbrenner, J.C. / Balcomb, B.H. / Capkin, E. / Chandran, A.V. / Godoy, A.S. / Marples, P.G. ...Fairhead, M. / Lithgo, R. / MacLean, M. / Bowesman-Jones, H. / Aschenbrenner, J.C. / Balcomb, B.H. / Capkin, E. / Chandran, A.V. / Godoy, A.S. / Marples, P.G. / Fearon, D. / von Delft, F. / Koekemoer, L. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Coxsackievirus A16 3C protease in C2 2 21 spacegroup 著者: Fairhead, M. / Lithgo, R. / MacLean, M. / Bowesman-Jones, H. / Aschenbrenner, J.C. / Balcomb, B.H. / Capkin, E. / Chandran, A.V. / Godoy, A.S. / Marples, P.G. / Fearon, D. / von Delft, F. / Koekemoer, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9fs7.cif.gz | 190.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9fs7.ent.gz | 124.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9fs7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9fs7_validation.pdf.gz | 419.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9fs7_full_validation.pdf.gz | 419.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 9fs7_validation.xml.gz | 10.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9fs7_validation.cif.gz | 15 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/9fs7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/9fs7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20130.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E5L254 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.93 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: Shotgun1 well A01 0.2M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M Tris pH 8.5, 30% w/v PEG 4000, |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9212 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9212 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.37→39.24 Å / Num. obs: 25094 / % possible obs: 73.91 % / 冗長度: 10.5 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 20.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.37→1.39 Å / Num. unique obs: 323 / CC1/2: 0.264 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.37→39.236 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 3.33 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.083 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.874 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.37→39.236 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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