PDB-9fs0: Pseudomonas aeruginosa Elastase in complex with a phosphonate bas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fs0

タイトル

Pseudomonas aeruginosa Elastase in complex with a phosphonate based inhibitor (R-configured)

要素

Elastase

キーワード

HYDROLASE / Virulence factor / Inhibitor / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

pseudolysin / protein transport by the Sec complex / protein secretion by the type II secretion system / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / single-species biofilm formation / metalloendopeptidase activity / endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Klein, A. / Hirsch, A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Pseudomonas aeruginosa Elastase in complex with R-configured phosphonate based inhibitor
著者: Klein, A. / Hirsch, A.

履歴

登録	2024年6月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fs0.cif.gz	224 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fs0.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fs0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9fs0_validation.pdf.gz	709.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fs0_full_validation.pdf.gz	712.5 KB	表示
XML形式データ	9fs0_validation.xml.gz	20.9 KB	表示
CIF形式データ	9fs0_validation.cif.gz	31.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/9fs0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/9fs0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9frzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Elastase

ヘテロ分子

33.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.784, 50.044, 125.788
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Elastase / Neutral metalloproteinase / PAE / Pseudolysin / LasB 分子量: 33175.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: P14756, pseudolysin
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-A1IFY / [(2~{R})-4-methyl-1-oxidanylidene-1-[[2-(4-propan-2-yloxyphenyl)pyrimidin-5-yl]amino]pentan-2-yl]phosphonic acid 分子量: 407.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₆N₃O₅P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.78 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 6.5, 2.4 M Ammonium sulfate, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.89 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.89 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→32.95 Å / Num. obs: 68882 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 10.61 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 25.77
反射シェル	解像度: 1.3→1.346 Å / Num. unique obs: 3368 / CC_1/2: 0.973

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
Coot	1.19.2_4158	モデル構築
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.3→32.95 Å / SU ML: 0.1028 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.1428
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1884	3399	4.93 %
R_work	0.172	65483	-
obs	0.1728	68882	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→32.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2317	0	30	446	2793

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0099	2408
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2886	3265
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0918	325
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0102	432
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.33	338

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.32	0.2102	137	0.2017	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
1.32-1.34	0.2082	142	0.1955	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
1.34-1.36	0.2223	152	0.1924	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
1.36-1.38	0.2154	137	0.1952	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
1.38-1.41	0.2345	123	0.1893	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
1.41-1.43	0.2332	156	0.194	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
1.43-1.46	0.2237	141	0.194	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
1.46-1.49	0.2454	129	0.1893	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
1.49-1.52	0.2077	140	0.1859	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
1.52-1.56	0.2172	140	0.1853	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
1.56-1.59	0.2038	136	0.1923	2686	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.59-1.64	0.2222	136	0.1903	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.69	0.249	148	0.1846	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.74	0.1898	150	0.1844	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.8	0.217	161	0.1785	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.87	0.2042	137	0.1779	2710	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.87-1.96	0.1643	155	0.167	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.06	0.1939	123	0.1607	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.19	0.1678	128	0.1537	2769	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.19-2.36	0.1884	140	0.1503	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.6	0.1744	133	0.1591	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.98	0.1652	153	0.1666	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.75	0.1628	155	0.1567	2809	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.75-32.95	0.1758	147	0.1787	2965	X-RAY DIFFRACTION	99.94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.36661977493	-2.10236866876	-4.06142377429	3.64266650045	3.06931732714	8.38586087755	-0.0305826031022	0.0691810627169	0.0192322273663	0.0184262719015	-0.118013110732	0.26842641741	-0.184797663985	-0.24131973593	0.081297931263	0.0875895701956	0.00359352072777	-0.0177623006355	0.0415778200089	-0.00463048462347	0.0980452844776	-13.7171217467	2.44537965298	2.6726247408
2	1.19902911858	0.418966432187	0.238143245589	0.805614101185	0.403903521359	0.75514208881	0.00513018197134	0.0337983369488	-0.00636153845135	-0.0542183475134	-0.00447110668022	0.0140629373737	-0.0211266528649	0.025889664221	0.000125711488162	0.0813441892855	0.00882177660533	-0.000837689042578	0.067150580048	-0.00149573964546	0.0682103166994	-5.14886916528	-5.48555716032	1.92201011743
3	2.97056806144	0.3040732192	-1.37732097144	0.7058526025	0.37681178167	2.24815754525	-0.0686400463756	0.122674652689	-0.118907821683	-0.0210626510953	0.034980733869	-0.0105108829622	0.131779754404	-0.0578229735384	0.034138546652	0.0729916934241	0.0138862614121	-0.0104264509302	0.0329931755941	0.0103926372196	0.0610373974164	-1.3070588068	-8.80287627551	10.855102066
4	0.626219935253	0.169570532977	0.0855821196279	0.847592738085	0.367171688327	0.527910222228	0.018424623561	0.00469961104022	0.0335006037713	0.0036137976407	-0.0210757972038	0.0169772645191	-0.00380041102596	-0.0277994981401	0.00141523396384	0.0891282457294	-0.00192518294756	0.00744429474162	0.0810745142527	-0.00134823652023	0.0806404638854	-1.98416708873	1.18341698623	18.3153748163
5	0.602291667712	0.117634349528	-0.240039798465	1.2558123665	-0.156057706835	1.36764441775	0.00955915927139	-0.00055172137572	0.00919974618372	0.0326051090019	0.0132260013049	-0.0681735881343	-0.00806098537824	0.0341292356646	-0.0236141505511	0.0651822620428	-0.00729429277165	-0.00635804166123	0.0540771392663	-0.0176371817166	0.0781401568295	7.53269681594	8.77961554287	25.3954843034
6	1.21375947823	1.36504964101	-0.860228538051	2.62015680427	-2.27632982104	5.28042916128	0.0481627120837	-0.0484574175869	0.0938808070397	0.0484324476703	-0.0435983092377	-0.108492321187	-0.146823497568	0.173518015196	-0.0143023570582	0.0765573748384	-0.000271384804897	0.00402013824086	0.0762279909924	-0.0287621353393	0.119959529251	12.7042803167	17.0285293898	27.0897561248

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 17 )	1 - 17	1 - 17
2	2	chain 'A' and (resid 18 through 91 )	18 - 91	18 - 91
3	3	chain 'A' and (resid 92 through 112 )	92 - 112	92 - 112
4	4	chain 'A' and (resid 113 through 202 )	113 - 202	113 - 202
5	5	chain 'A' and (resid 203 through 279 )	203 - 279	203 - 279
6	6	chain 'A' and (resid 280 through 298 )	280 - 298	280 - 298

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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