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- PDB-9frz: Pseudomonas aeruginosa Elastase in complex with a phosphonate bas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9frz
タイトルPseudomonas aeruginosa Elastase in complex with a phosphonate based inhibitor (R-configured)
要素Elastase
キーワードHYDROLASE / Virulence factor / Inhibitor / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pseudolysin / protein transport by the Sec complex / protein secretion by the type II secretion system / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / single-species biofilm formation / metalloendopeptidase activity / endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / : / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain / Thermolysin metallopeptidase, alpha-helical domain / Fungalysin/Thermolysin Propeptide Motif ...PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / : / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain / Thermolysin metallopeptidase, alpha-helical domain / Fungalysin/Thermolysin Propeptide Motif / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Klein, A. / Hirsch, A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Other government ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Pseudomonas aeruginosa Elastase in complex with R-configured phosphonate based inhibitor
著者: Klein, A. / Hirsch, A.
履歴
登録2024年6月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Elastase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6604
ポリマ－33,0591
非ポリマー6013
水4,017223
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area11660 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)44.341, 67.420, 47.463
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.018, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Elastase / Neutral metalloproteinase / PAE / Pseudolysin


分子量: 33059.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: P14756, pseudolysin
#2: 化合物 ChemComp-A1IFZ / [(2~{R})-1-[[4-[(3,4-dichlorophenyl)sulfonylamino]phenyl]amino]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]phosphonic acid


分子量: 495.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H21Cl2N2O6PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.4 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.01 M tri-Sodium citrate, 33% (w/v) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→46.42 Å / Num. obs: 29867 / % possible obs: 99.12 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 16.17 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 11.04
反射 シェル解像度: 1.7→1.761 Å / Num. unique obs: 1557 / CC1/2: 0.814

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
Coot1.19.2_4158モデル構築
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→46.42 Å / SU ML: 0.1474 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.8806
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1835 1490 4.99 %
Rwork0.1551 28377 -
obs0.1566 29867 99.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→46.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2309 0 32 223 2564
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01032402
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15413261
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0621324
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0094432
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.4583339
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.750.29461050.20892624X-RAY DIFFRACTION99.56
1.75-1.820.24871180.19372558X-RAY DIFFRACTION99.48
1.82-1.890.23721300.18082554X-RAY DIFFRACTION98.57
1.89-1.980.20111240.16662587X-RAY DIFFRACTION98.91
1.98-2.080.20221430.14842570X-RAY DIFFRACTION99.71
2.08-2.210.19531430.13772577X-RAY DIFFRACTION99.67
2.21-2.380.17041480.142584X-RAY DIFFRACTION99.35
2.38-2.620.17591390.14392564X-RAY DIFFRACTION98.87
2.62-30.16551390.14412571X-RAY DIFFRACTION98.8
3-3.780.1491620.14772572X-RAY DIFFRACTION99.38
3.78-46.420.18871390.16042616X-RAY DIFFRACTION98.15
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.535303720380.7903304121130.4919982264541.53289701167-0.1886630098271.83677080097-0.03176343364180.213731227781-0.0133961616677-0.126846690260.0500675153098-0.0163691348421-0.001382553810630.0500986724106-0.0005341704734890.1018962121750.0148296827527-0.008779041470940.1163876456960.0006663515053660.101063548388-3.4639498774-11.67872627728.31314816791
23.910434958751.38938053069-0.3679695170132.0563467965-0.08619203390121.33836888658-0.06264967628630.148831518088-0.16357041487-0.1056698249490.0512434281018-0.06863760086390.09142790669050.04378867940440.0204129578580.1038577364580.0157014761432-0.02243375160640.101441013578-0.004081576424610.09591828134093.79963568872-18.488085636215.2044307084
31.278655629560.3357275801690.4722209540951.049125693660.1987230288611.234422191530.00518991818194-0.04677349926780.01938976757570.0592057304304-0.03082490253130.06653425790850.00242773274305-0.0413605863540.03034150850630.0811447445316-0.0001256263675220.00198540067810.09338102078330.001961401610070.08678449323612.1780956891-6.5537204636829.3340696379
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 91 )1 - 911 - 91
22chain 'A' and (resid 92 through 134 )92 - 13492 - 134
33chain 'A' and (resid 135 through 298 )135 - 298135 - 298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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