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万見
- PDB-9frv: Arginase 2 in complex with inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9frv
タイトルArginase 2 in complex with inhibitor
要素Arginase-2, mitochondrial
キーワードHYDROLASE / Inhibitor / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 4 production / negative regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of defense response to bacterium / negative regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / negative regulation of type 2 immune response / negative regulation of interleukin-13 production / negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / regulation of interleukin-1 beta production / Urea cycle / arginase ...negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 4 production / negative regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of defense response to bacterium / negative regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / negative regulation of type 2 immune response / negative regulation of interleukin-13 production / negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / regulation of interleukin-1 beta production / Urea cycle / arginase / arginase activity / : / urea cycle / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of interleukin-17 production / regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / ureteric bud development / negative regulation of tumor necrosis factor production / striated muscle contraction / nitric oxide biosynthetic process / Mitochondrial protein degradation / positive regulation of cellular senescence / manganese ion binding / adaptive immune response / mitochondrial matrix / innate immune response / mitochondrion / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arginase / Ureohydrolase, manganese-binding site / Arginase family signature. / Ureohydrolase / Arginase family / Arginase family profile. / Ureohydrolase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Arginase-2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Petersen, j.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Design and Synthesis of Acyclic Boronic Acid Arginase Inhibitors.
著者: Shields, J.D. / Aquila, B.M. / Emmons, D. / Finlay, M.R.V. / Gangl, E.T. / Gu, C. / Mlynarski, S.N. / Petersen, J. / Pop-Damkov, P. / Sha, L. / Simpson, I. / Tavakoli, S. / Tentarelli, S. / ...著者: Shields, J.D. / Aquila, B.M. / Emmons, D. / Finlay, M.R.V. / Gangl, E.T. / Gu, C. / Mlynarski, S.N. / Petersen, J. / Pop-Damkov, P. / Sha, L. / Simpson, I. / Tavakoli, S. / Tentarelli, S. / Wang, H. / Ye, Q. / Zheng, X.
履歴
登録2024年6月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年12月4日Group: Non-polymer description / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.formula
改定 2.12024年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arginase-2, mitochondrial
B: Arginase-2, mitochondrial
C: Arginase-2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,51110
ポリマ－109,9603
非ポリマー5517
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7310 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area35200 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)46.749, 134.590, 145.081
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Arginase-2, mitochondrial / Arginase II / Kidney-type arginase / Non-hepatic arginase / Type II arginase


分子量: 36653.367 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARG2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P78540, arginase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-A1IFX / [(4~{S},5~{S})-4-(aminomethyl)-5-azanyl-6-oxidanyl-6-oxidanylidene-hexyl]-$l^{3}-oxidanyl-bis(oxidanyl)boron


分子量: 221.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H18BN2O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 13-18% PEG3350 0.2-0.35M Am. Cit. pH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→44.5 Å / Num. obs: 54806 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 4.02 % / Rrim(I) all: 0.167 / Net I/σ(I): 4.38
反射 シェル解像度: 2.06→2.11 Å / Num. unique obs: 3234 / Rrim(I) all: 2.47

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7 PACIOREK精密化
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.06→44.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.886 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.846 / SU R Cruickshank DPI: 0.317 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.309 / SU Rfree Blow DPI: 0.237 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.242
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.315 2097 3.83 %RANDOM
Rwork0.279 ---
obs0.28 54804 95.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 65.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--27.6752 Å20 Å20 Å2
2--17.3211 Å20 Å2
3---10.354 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.94 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→44.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7337 0 21 65 7423
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0097513HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0710227HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2538SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes179HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1101HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7513HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd4SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.45
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.36
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion994SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8858SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.06→2.11 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.205 128 3.82 %
Rwork0.2237 3220 -
all0.223 3348 -
obs--79.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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