PDB-9fqf: Studies on chimeric PeAFB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fqf

タイトル

Studies on chimeric PeAFB

要素

Antifungal protein

キーワード

ANTIFUNGAL PROTEIN / PeAfpB / Penicillium expansum antifungal protein

機能・相同性

Antifungal protein / Antifungal protein domain superfamily / Antifungal protein / defense response to fungus / killing of cells of another organism / Antifungal protein

機能・相同性情報

生物種

Penicillium expansum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Gallego del Sol, F. / Marina, A.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Studies on chimeric PeAFB
著者: Gallego del Sol, F. / Marina, A.

履歴

登録	2024年6月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fqf.cif.gz	75.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fqf.ent.gz	46.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fqf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9fqf_validation.pdf.gz	413 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fqf_full_validation.pdf.gz	413 KB	表示
XML形式データ	9fqf_validation.xml.gz	6.2 KB	表示
CIF形式データ	9fqf_validation.cif.gz	7.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/9fqf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/9fqf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9fqgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Antifungal protein

ヘテロ分子

6.81 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.963, 45.963, 41.891
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-229- HOH

#1: タンパク質	Antifungal protein 分子量: 6708.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Penicillium expansum (菌類) / 参照: UniProt: A0A0A2K0J0
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.4 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.6M ammonium sulfate, 1M Lithium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALBA

/ ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97926 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.2→41.89 Å / Num. obs: 16405 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.082 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 21.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
6.57-41.89	16.1	0.059	16405	0.998	0.02	0.063
1.2-1.22	14.7	0.616	794	0.911	0.237	0.662

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
REFMAC	5.8.0425	精密化
Aimless		データスケーリング
autoPROC		データ削減
AutoProcess		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.2→39.805 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.98 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / SU B: 0.849 / SU ML: 0.018 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.034 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1452	809	4.939 %
R_work	0.1216	15571	-
all	0.123	-	-
obs	-	16380	99.982 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.696 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.017 Å²	-0.009 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.017 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.057 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→39.805 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	457	0	3	72	532

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	508
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	470
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.873	1.905	687
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.901	1.912	1105
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.933	5	68
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.036	5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.109	10	105
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.626	10	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.115	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	591
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	105
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.2	109
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	414
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	236
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	260
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.401	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.285	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.25	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.227	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.075	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.668	1.148	239
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.663	1.15	240
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.674	2.059	300
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.681	2.061	301
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.482	1.526	269
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.472	1.526	270
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.093	2.643	381
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.083	2.642	382
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	13.86	19.377	633
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	13.038	17.317	612
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.974	3	978

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.2-1.231	0.138	46	0.131	1138	0.131	1186	0.99	0.989	99.8314	0.11
1.231-1.265	0.172	58	0.122	1095	0.124	1153	0.982	0.991	100	0.103
1.265-1.302	0.125	45	0.108	1084	0.109	1129	0.99	0.992	100	0.092
1.302-1.342	0.152	65	0.108	1044	0.111	1110	0.985	0.993	99.9099	0.091
1.342-1.385	0.12	60	0.103	1014	0.104	1074	0.991	0.994	100	0.09
1.385-1.434	0.101	62	0.095	956	0.095	1018	0.993	0.994	100	0.083
1.434-1.488	0.117	46	0.083	956	0.084	1002	0.991	0.996	100	0.073
1.488-1.549	0.113	45	0.086	924	0.087	969	0.991	0.995	100	0.077
1.549-1.618	0.11	66	0.088	843	0.09	909	0.992	0.995	100	0.083
1.618-1.696	0.12	45	0.09	860	0.092	905	0.992	0.995	100	0.086
1.696-1.788	0.124	49	0.101	778	0.102	827	0.989	0.994	100	0.098
1.788-1.896	0.115	46	0.102	774	0.103	820	0.992	0.994	100	0.101
1.896-2.027	0.115	23	0.113	730	0.113	753	0.993	0.993	100	0.115
2.027-2.189	0.135	39	0.118	671	0.119	710	0.99	0.992	100	0.126
2.189-2.397	0.171	23	0.122	630	0.124	653	0.981	0.991	100	0.13
2.397-2.678	0.14	23	0.144	567	0.144	590	0.987	0.988	100	0.164
2.678-3.091	0.185	18	0.134	517	0.136	535	0.98	0.989	100	0.16
3.091-3.779	0.116	21	0.125	437	0.125	458	0.993	0.991	100	0.152
3.779-5.321	0.233	22	0.146	340	0.15	362	0.978	0.989	100	0.178
5.321-39.805	0.326	7	0.254	213	0.256	220	0.957	0.96	100	0.299

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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