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- PDB-9fq8: Perkinsus marinus Respiratory complex CIV -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fq8
タイトルPerkinsus marinus Respiratory complex CIV
要素
  • (Cytochrome c oxidase ...) x 18
  • Amino acid transporter transmembrane domain-containing protein
  • Cg8 protein
  • Cytochrome Coxidase subunit, putative
  • Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain-containing protein
  • GINS subunit domain-containing protein
  • Merozoite surface protein, putative
  • Peptidase M14 carboxypeptidase A domain-containing protein
  • Ubiquitin, putative
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Respiratory complex / CIV
機能・相同性
機能・相同性情報


L-amino acid transmembrane transporter activity / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / GINS complex / cytochrome-c oxidase activity / ATP synthesis coupled electron transport / metallocarboxypeptidase activity / copper ion binding / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Amino acid transporter, transmembrane domain / Transmembrane amino acid transporter protein / GINS complex, subunit Psf1 / GINS, helical bundle-like domain superfamily / Zn_pept / Zinc carboxypeptidase / Peptidase family M14 domain profile. / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Copper centre Cu(A) ...Amino acid transporter, transmembrane domain / Transmembrane amino acid transporter protein / GINS complex, subunit Psf1 / GINS, helical bundle-like domain superfamily / Zn_pept / Zinc carboxypeptidase / Peptidase family M14 domain profile. / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Cupredoxin / Ubiquitin family / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-A / : / Chem-LPP / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / PEROXIDE ION / Ubiquitin, putative ...CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-A / : / Chem-LPP / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / PEROXIDE ION / Ubiquitin, putative / Peptidase M14 domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Merozoite surface protein, putative / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / GINS subunit domain-containing protein / Amino acid transporter transmembrane domain-containing protein / Cytochrome c oxidase polypeptide II / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Perkinsus marinus (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Wu, F. / Amunts, A.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)ERC-2018-StG-805230European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Perkinsus marinus Respiratory complex CIV
著者: Wu, F. / Amunts, A.
履歴
登録2024年6月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
4A: Cytochrome c oxidase subunit 6B
4B: Peptidase M14 carboxypeptidase A domain-containing protein
4C: Cytochrome c oxidase subunit 40
4D: Cytochrome c oxidase subunit 34
4E: Merozoite surface protein, putative
4F: Ubiquitin, putative
4G: Cytochrome c oxidase subunit 33
4H: Cytochrome c oxidase subunit 30
4I: Cytochrome c oxidase subunit 6C
4J: Cytochrome c oxidase subunit 24
4K: Cytochrome c oxidase subunit 37
4L: Cytochrome c oxidase subunit 7A
4M: Cytochrome c oxidase subunit 35
4N: Cytochrome c oxidase polypeptide II
4O: GINS subunit domain-containing protein
4P: Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain-containing protein
4Q: Cytochrome c oxidase subunit 1
4R: Cytochrome c oxidase subunit 32
4S: Cytochrome c oxidase subunit 7C
4T: Cytochrome c oxidase 13
4U: Amino acid transporter transmembrane domain-containing protein
4V: Cg8 protein
4W: Cytochrome c oxidase subunit 19
4X: Cytochrome Coxidase subunit, putative
4Y: Cytochrome c oxidase subunit 18
4Z: Cytochrome c oxidase subunit 31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)451,67763
ポリマ－419,46526
非ポリマー32,21337
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Cytochrome c oxidase ... , 18種, 18分子 4A4C4D4G4H4I4J4K4L4M4N4Q4R4S4T4W4Y4Z

#1: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6B


分子量: 12040.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)
#3: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 40 / COX40


分子量: 8828.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5L7H1
#4: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 34 / COX34


分子量: 11072.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)
#7: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 33 / COX33


分子量: 12070.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5KJE7
#8: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 30 / COX30


分子量: 15972.974 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)
#9: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6C / COX6C


分子量: 23967.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5LPW2
#10: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 24 / COX24


分子量: 21376.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)
#11: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 37 / COX37


分子量: 10228.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5KST9
#12: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 7A / COX7A


分子量: 15282.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5KPD1
#13: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 35 / COX35


分子量: 11003.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)
#14: タンパク質 Cytochrome c oxidase polypeptide II


分子量: 14594.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5LND1
#17: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1


分子量: 52063.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: cytochrome-c oxidase
#18: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 32 / COX32


分子量: 12904.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5KSX3
#19: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 7C / COX7C


分子量: 7711.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5LPK3
#20: タンパク質 Cytochrome c oxidase 13 / COX13


分子量: 14001.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)
#23: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 19 / COX19


分子量: 16881.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5L0W2
#25: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 18 / COX18


分子量: 12898.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5L2M0
#26: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 31 / COX31


分子量: 22296.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)

-
タンパク質 , 7種, 7分子 4B4E4F4P4U4V4X

#2: タンパク質 Peptidase M14 carboxypeptidase A domain-containing protein


分子量: 10475.341 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5KED7
#5: タンパク質 Merozoite surface protein, putative


分子量: 18761.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5L0U1
#6: タンパク質 Ubiquitin, putative


分子量: 9423.720 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5KBY9
#16: タンパク質 Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain-containing protein


分子量: 21273.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)
#21: タンパク質 Amino acid transporter transmembrane domain-containing protein


分子量: 10665.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5LG64
#22: タンパク質 Cg8 protein


分子量: 21719.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)
#24: タンパク質 Cytochrome Coxidase subunit, putative


分子量: 26522.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 4O

#15: タンパク質・ペプチド GINS subunit domain-containing protein


分子量: 5427.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5LG07

-
非ポリマー , 12種, 38分子

#27: 化合物 ChemComp-LPP / 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE / 1,2-DIPALMITOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / L-B,G-DIPALMITOYL-A-PHOSPHATIDIC ACID DISODIUM SALT / 3-SN-PHOSPHATIDIC ACID / 1,2-DIPALMITOYLDISODIUM SALT


分子量: 648.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C35H69O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#28: 化合物
ChemComp-PEE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE


分子量: 744.034 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: C41H78NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: DOPE, リン脂質*YM
#29: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: C81H156O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#30: 化合物 ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C44H88NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#31: 化合物 ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cu2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#32: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#33: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#34: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#35: 化合物 ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C49H56FeN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#36: 化合物 ChemComp-PER / PEROXIDE ION


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#37: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#38: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Perkinsus marinus Respiratory complex CIV / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#26 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Perkinsus marinus (真核生物)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 300 nm
撮影電子線照射量: 44 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 296890 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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