PDB-9fq8: Perkinsus marinus Respiratory complex CIV

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fq8

タイトル

Perkinsus marinus Respiratory complex CIV

要素

(Cytochrome c oxidase ...) x 18
Amino acid transporter transmembrane domain-containing protein
Cg8 protein
Cytochrome Coxidase subunit, putative
Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain-containing protein
GINS subunit domain-containing protein
Merozoite surface protein, putative
Peptidase M14 carboxypeptidase A domain-containing protein
Ubiquitin, putative

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Respiratory complex / CIV

機能・相同性

機能・相同性情報

L-amino acid transmembrane transporter activity / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / GINS complex / cytochrome-c oxidase activity / ATP synthesis coupled electron transport / metallocarboxypeptidase activity / copper ion binding / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Perkinsus marinus (真核生物)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Wu, F. / Amunts, A.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Perkinsus marinus Respiratory complex CIV
著者: Wu, F. / Amunts, A.

履歴

登録	2024年6月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fq8.cif.gz	792.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fq8.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fq8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/9fq8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/9fq8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	50363M M: このデータのモデリングに利用したマップデータ
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#5 - 2000年5月シトクロムc酸化酵素 (Cytochrome c Oxidase) 類似性 (9) #36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (7) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (2) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#5 - 2000年5月
シトクロムc酸化酵素 (Cytochrome c Oxidase)
類似性 (9)
#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (7)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (2)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (3)

登録構造単位

4A: Cytochrome c oxidase subunit 6B

4B: Peptidase M14 carboxypeptidase A domain-containing protein

4C: Cytochrome c oxidase subunit 40

4D: Cytochrome c oxidase subunit 34

4E: Merozoite surface protein, putative

4F: Ubiquitin, putative

4G: Cytochrome c oxidase subunit 33

4H: Cytochrome c oxidase subunit 30

4I: Cytochrome c oxidase subunit 6C

4J: Cytochrome c oxidase subunit 24

4K: Cytochrome c oxidase subunit 37

4L: Cytochrome c oxidase subunit 7A

4M: Cytochrome c oxidase subunit 35

4N: Cytochrome c oxidase polypeptide II

4O: GINS subunit domain-containing protein

4P: Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain-containing protein

4Q: Cytochrome c oxidase subunit 1

4R: Cytochrome c oxidase subunit 32

4S: Cytochrome c oxidase subunit 7C

4T: Cytochrome c oxidase 13

4U: Amino acid transporter transmembrane domain-containing protein

4V: Cg8 protein

4W: Cytochrome c oxidase subunit 19

4X: Cytochrome Coxidase subunit, putative

4Y: Cytochrome c oxidase subunit 18

4Z: Cytochrome c oxidase subunit 31

ヘテロ分子

452 kDa, 26 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

-
Cytochrome c oxidase ... , 18種, 18分子 4A4C4D4G4H4I4J4K4L4M4N4Q4R4S4T4W4Y4Z

#1: タンパク質	Cytochrome c oxidase subunit 6B 分子量: 12040.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)
#3: タンパク質	Cytochrome c oxidase subunit 40 / COX40 分子量: 8828.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5L7H1
#4: タンパク質	Cytochrome c oxidase subunit 34 / COX34 分子量: 11072.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)
#7: タンパク質	Cytochrome c oxidase subunit 33 / COX33 分子量: 12070.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5KJE7
#8: タンパク質	Cytochrome c oxidase subunit 30 / COX30 分子量: 15972.974 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)
#9: タンパク質	Cytochrome c oxidase subunit 6C / COX6C 分子量: 23967.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5LPW2
#10: タンパク質	Cytochrome c oxidase subunit 24 / COX24 分子量: 21376.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)
#11: タンパク質	Cytochrome c oxidase subunit 37 / COX37 分子量: 10228.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5KST9
#12: タンパク質	Cytochrome c oxidase subunit 7A / COX7A 分子量: 15282.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5KPD1
#13: タンパク質	Cytochrome c oxidase subunit 35 / COX35 分子量: 11003.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)
#14: タンパク質	Cytochrome c oxidase polypeptide II 分子量: 14594.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5LND1
#17: タンパク質	Cytochrome c oxidase subunit 1 分子量: 52063.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: cytochrome-c oxidase
#18: タンパク質	Cytochrome c oxidase subunit 32 / COX32 分子量: 12904.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5KSX3
#19: タンパク質	Cytochrome c oxidase subunit 7C / COX7C 分子量: 7711.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5LPK3
#20: タンパク質	Cytochrome c oxidase 13 / COX13 分子量: 14001.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)
#23: タンパク質	Cytochrome c oxidase subunit 19 / COX19 分子量: 16881.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5L0W2
#25: タンパク質	Cytochrome c oxidase subunit 18 / COX18 分子量: 12898.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5L2M0
#26: タンパク質	Cytochrome c oxidase subunit 31 / COX31 分子量: 22296.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)

-
タンパク質 , 7種, 7分子 4B4E4F4P4U4V4X

#2: タンパク質	Peptidase M14 carboxypeptidase A domain-containing protein 分子量: 10475.341 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5KED7
#5: タンパク質	Merozoite surface protein, putative 分子量: 18761.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5L0U1
#6: タンパク質	Ubiquitin, putative 分子量: 9423.720 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5KBY9
#16: タンパク質	Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain-containing protein 分子量: 21273.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)
#21: タンパク質	Amino acid transporter transmembrane domain-containing protein 分子量: 10665.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5LG64
#22: タンパク質	Cg8 protein 分子量: 21719.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)
#24: タンパク質	Cytochrome Coxidase subunit, putative 分子量: 26522.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 4O

#15: タンパク質・ペプチド	GINS subunit domain-containing protein 分子量: 5427.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5LG07

-
非ポリマー , 12種, 38分子

#27: 化合物	ChemComp-LPP / 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE / 1,2-DIPALMITOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / L-B,G-DIPALMITOYL-A-PHOSPHATIDIC ACID DISODIUM SALT / 3-SN-PHOSPHATIDIC ACID / 1,2-DIPALMITOYLDISODIUM SALT / ジパルミトイルホスファチジン酸分子量: 648.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃₅H₆₉O₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#28: 化合物	ChemComp-PEE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE 分子量: 744.034 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄₁H₇₈NO₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: DOPE, リン脂質*YM
#29: 化合物	ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL 分子量: 1464.043 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₈₁H₁₅₆O₁₇P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#30: 化合物	ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE 分子量: 790.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄₄H₈₈NO₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#31: 化合物	ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION 分子量: 127.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cu₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#32: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#33: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#34: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#35: 化合物	ChemComp-HEA / HEME-A 分子量: 852.837 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄₉H₅₆FeN₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#36: 化合物	ChemComp-PER / PEROXIDE ION 分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#37: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#38: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Perkinsus marinus Respiratory complex CIV / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#26 / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Perkinsus marinus (真核生物)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 300 nm
撮影	電子線照射量: 44 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

CTF補正	タイプ: NONE
3次元再構成	解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 296890 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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