[日本語] English
万見
- PDB-9fq7: Perkinsus marinus Respiratory supercomplex CII2CIII2CIV2 in c1 sate -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fq7
タイトルPerkinsus marinus Respiratory supercomplex CII2CIII2CIV2 in c1 sate
要素
  • (Cytochrome c oxidase subunit ...) x 19
  • (Succinate dehydrogenase [ubiquinone] ...) x 2
  • (Ubiquinol-cytochrome c ...) x 3
  • Alpha-MPP
  • Amino acid transporter transmembrane domain-containing protein
  • Aurora kinase
  • CytC1
  • Cytochrome Coxidase subunit, putative
  • Cytochrome b
  • Cytochrome c oxidase polypeptide II
  • Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain-containing protein
  • DUF6827 domain-containing protein
  • GINS subunit domain-containing protein
  • ISPR1
  • ISPR2
  • Kinesin-like protein
  • Merozoite surface protein, putative
  • Mitochondrial processing peptidase beta subunit
  • Peptidase M14 carboxypeptidase A domain-containing protein
  • QCR10
  • QCR11
  • QCR8
  • QCR9
  • Rab-GAP TBC domain-containing protein
  • SDHC
  • SDHG
  • SDHH
  • SDHI
  • Transmembrane protein
  • Ubiquitin, putative
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Respiratory supercomplex / CII2CIII2CIV2 / c1 sate
機能・相同性
機能・相同性情報


L-amino acid transmembrane transporter activity / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / GINS complex / respiratory chain complex III / cytochrome-c oxidase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / ATP synthesis coupled electron transport / metallocarboxypeptidase activity / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane ...L-amino acid transmembrane transporter activity / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / GINS complex / respiratory chain complex III / cytochrome-c oxidase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / ATP synthesis coupled electron transport / metallocarboxypeptidase activity / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane / non-specific serine/threonine protein kinase / copper ion binding / protein serine/threonine kinase activity / heme binding / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Domain of unknown function (DUF6827) / Amino acid transporter, transmembrane domain / Transmembrane amino acid transporter protein / GINS complex, subunit Psf1 / GINS, helical bundle-like domain superfamily / Zn_pept / Peptidase family M14 domain profile. / Zinc carboxypeptidase / Peptidase M14, carboxypeptidase A ...: / Domain of unknown function (DUF6827) / Amino acid transporter, transmembrane domain / Transmembrane amino acid transporter protein / GINS complex, subunit Psf1 / GINS, helical bundle-like domain superfamily / Zn_pept / Peptidase family M14 domain profile. / Zinc carboxypeptidase / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Aurora kinase / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Cytochrome c-like domain superfamily / Cupredoxin / Ubiquitin family / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / FE3-S4 CLUSTER / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME-A / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : ...CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / FE3-S4 CLUSTER / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME-A / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / Chem-LPP / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / PEROXIDE ION / IRON/SULFUR CLUSTER / UBIQUINONE-1 / Uncharacterized protein / Ubiquitin, putative / Peptidase M14 domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Merozoite surface protein, putative / Uncharacterized protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 7.8 kDa protein, putative / DUF6827 domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Aurora kinase / GINS subunit domain-containing protein / Amino acid transporter transmembrane domain-containing protein / Cytochrome c oxidase polypeptide II / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Perkinsus marinus (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wu, F. / Amunts, A.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)ERC-2018-StG-805230European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Perkinsus marinus Respiratory supercomplex CII2CIII2CIV2 in c1 sate
著者: Wu, F. / Amunts, A.
履歴
登録2024年6月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
2M: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial
2N: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit, mitochondrial
2O: SDHG
2P: Transmembrane protein
2Q: Kinesin-like protein
2R: SDHH
2S: DUF6827 domain-containing protein
2T: Rab-GAP TBC domain-containing protein
2U: SDHC
2V: SDHI
2m: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial
2n: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit, mitochondrial
2o: SDHG
2p: Transmembrane protein
2q: Kinesin-like protein
2r: SDHH
2s: DUF6827 domain-containing protein
2t: Rab-GAP TBC domain-containing protein
2u: SDHC
2v: SDHI
30: ISPR2
31: ISPR1
3A: Mitochondrial processing peptidase beta subunit
3B: Alpha-MPP
3C: CytC1
3D: QCR8
3E: QCR9
3F: QCR10
3G: Cytochrome b
3H: Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulfur subunit, putative
3I: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit, putative
3J: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 7.8 kDa protein, putative
3K: QCR11
3L: Aurora kinase
3a: Mitochondrial processing peptidase beta subunit
3b: Alpha-MPP
3c: CytC1
3d: QCR8
3e: QCR9
3f: QCR10
3g: Cytochrome b
3h: Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulfur subunit, putative
3i: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit, putative
3j: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 7.8 kDa protein, putative
3k: QCR11
3l: Aurora kinase
40: Cytochrome c oxidase subunit 3
41: Cytochrome c oxidase subunit 3
4A: Cytochrome c oxidase subunit 6B
4B: Peptidase M14 carboxypeptidase A domain-containing protein
4C: Cytochrome c oxidase subunit 40
4D: Cytochrome c oxidase subunit 34
4E: Merozoite surface protein, putative
4F: Ubiquitin, putative
4G: Cytochrome c oxidase subunit 33
4H: Cytochrome c oxidase subunit 30
4I: Cytochrome c oxidase subunit 6C
4J: Cytochrome c oxidase subunit 24
4K: Cytochrome c oxidase subunit 37
4L: Cytochrome c oxidase subunit 7A
4M: Cytochrome c oxidase subunit 35
4N: Cytochrome c oxidase polypeptide II
4O: GINS subunit domain-containing protein
4P: Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain-containing protein
4Q: Cytochrome c oxidase subunit 1
4R: Cytochrome c oxidase subunit 32
4S: Cytochrome c oxidase subunit 7C
4T: Cytochrome c oxidase subunit 13
4U: Amino acid transporter transmembrane domain-containing protein
4V: Cytochrome c oxidase subunit 4
4W: Cytochrome c oxidase subunit 19
4X: Cytochrome Coxidase subunit, putative
4Y: Cytochrome c oxidase subunit 18
4Z: Cytochrome c oxidase subunit 31
4a: Cytochrome c oxidase subunit 6B
4b: Peptidase M14 carboxypeptidase A domain-containing protein
4c: Cytochrome c oxidase subunit 40
4d: Cytochrome c oxidase subunit 34
4e: Merozoite surface protein, putative
4f: Ubiquitin, putative
4g: Cytochrome c oxidase subunit 33
4h: Cytochrome c oxidase subunit 30
4i: Cytochrome c oxidase subunit 6C
4j: Cytochrome c oxidase subunit 24
4k: Cytochrome c oxidase subunit 37
4l: Cytochrome c oxidase subunit 7A
4m: Cytochrome c oxidase subunit 35
4n: Cytochrome c oxidase polypeptide II
4o: GINS subunit domain-containing protein
4p: Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain-containing protein
4q: Cytochrome c oxidase subunit 1
4r: Cytochrome c oxidase subunit 32
4s: Cytochrome c oxidase subunit 7C
4t: Cytochrome c oxidase subunit 13
4u: Amino acid transporter transmembrane domain-containing protein
4v: Cytochrome c oxidase subunit 4
4w: Cytochrome c oxidase subunit 19
4x: Cytochrome Coxidase subunit, putative
4y: Cytochrome c oxidase subunit 18
4z: Cytochrome c oxidase subunit 31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,058,822258
ポリマ－1,917,124100
非ポリマー141,698158
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
Succinate dehydrogenase [ubiquinone] ... , 2種, 4分子 2M2m2N2n

#1: タンパク質 Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial


分子量: 65587.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: succinate dehydrogenase
#2: タンパク質 Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit, mitochondrial


分子量: 29680.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: succinate dehydrogenase

+
タンパク質 , 25種, 48分子 2O2o2P2p2Q2q2R2r2S2s2T2t2V2v30313A3a3B3b3C3c3D3d3E3e3F3f3G3g...

#3: タンパク質 SDHG


分子量: 17795.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5KTH2
#4: タンパク質 Transmembrane protein


分子量: 18583.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)
#5: タンパク質 Kinesin-like protein


分子量: 8005.308 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)
#6: タンパク質 SDHH


分子量: 13456.561 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)
#7: タンパク質 DUF6827 domain-containing protein


分子量: 18905.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5L1Y6
#8: タンパク質 Rab-GAP TBC domain-containing protein


分子量: 9878.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)
#10: タンパク質 SDHI


分子量: 10017.679 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5LCL6
#11: タンパク質 ISPR2


分子量: 17084.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)
#12: タンパク質 ISPR1


分子量: 17535.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)
#13: タンパク質 Mitochondrial processing peptidase beta subunit


分子量: 51513.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)
#14: タンパク質 Alpha-MPP


分子量: 55322.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)
#15: タンパク質 CytC1


分子量: 27404.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5K8N0
#16: タンパク質 QCR8


分子量: 11763.454 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5L848
#17: タンパク質 QCR9


分子量: 11417.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)
#18: タンパク質 QCR10


分子量: 10329.946 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5KTV6
#19: タンパク質 Cytochrome b


分子量: 42452.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)
#23: タンパク質 QCR11


分子量: 8656.059 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)
#24: タンパク質 Aurora kinase


分子量: 7664.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)
参照: UniProt: C5LDF5, non-specific serine/threonine protein kinase
#27: タンパク質 Peptidase M14 carboxypeptidase A domain-containing protein


分子量: 10475.341 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5KED7
#30: タンパク質 Merozoite surface protein, putative


分子量: 18761.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5L0U1
#31: タンパク質 Ubiquitin, putative


分子量: 9960.322 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5KBY9
#39: タンパク質 Cytochrome c oxidase polypeptide II


分子量: 14594.835 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5LND1
#41: タンパク質 Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain-containing protein


分子量: 21273.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)
#46: タンパク質 Amino acid transporter transmembrane domain-containing protein


分子量: 10665.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5LG64
#49: タンパク質 Cytochrome Coxidase subunit, putative


分子量: 26522.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 2U2u4O4o

#9: タンパク質・ペプチド SDHC


分子量: 5534.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)
#40: タンパク質・ペプチド GINS subunit domain-containing protein


分子量: 5427.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5LG07

-
Ubiquinol-cytochrome c ... , 3種, 6分子 3H3h3I3i3J3j

#20: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulfur subunit, putative


分子量: 37320.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)
#21: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit, putative


分子量: 20940.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5LWC5
#22: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 7.8 kDa protein, putative


分子量: 10852.286 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5L0W9

-
Cytochrome c oxidase subunit ... , 19種, 38分子 40414A4a4C4c4D4d4G4g4H4h4I4i4J4j4K4k4L4l4M4m4Q4q4R4r4S4s4T4t...

#25: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 3 / COX3


分子量: 28167.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)
#26: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6B


分子量: 12040.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)
#28: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 40 / COX4


分子量: 8828.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5L7H1
#29: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 34 / COX34


分子量: 11072.626 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)
#32: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 33 / COX34


分子量: 12070.655 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5KJE7
#33: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 30 / COX30


分子量: 15972.974 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)
#34: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6C / COX6C


分子量: 23967.059 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5LPW2
#35: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 24 / COX24


分子量: 21376.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)
#36: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 37 / COX37


分子量: 10228.065 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5KST9
#37: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 7A / COX7A


分子量: 15282.597 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5KPD1
#38: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 35 / COX35


分子量: 11003.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)
#42: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1 / COX1


分子量: 52063.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: cytochrome-c oxidase
#43: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 32 / COX32


分子量: 12904.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5KSX3
#44: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 7C / COX7C


分子量: 7711.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5LPK3
#45: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 13 / COX13


分子量: 14001.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)
#47: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 4 / COX4


分子量: 21719.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)
#48: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 19 / COX19


分子量: 16881.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5L0W2
#50: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 18 / COX18


分子量: 12898.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物) / 参照: UniProt: C5L2M0
#51: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 31 / COX31


分子量: 22296.584 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perkinsus marinus (真核生物)

-
非ポリマー , 19種, 160分子

#52: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#53: 化合物
ChemComp-UQ1 / UBIQUINONE-1 / ユビキノン1


分子量: 250.290 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: C14H18O4
#54: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe2S2
#55: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe4S4
#56: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe3S4
#57: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: K
#58: 化合物...
ChemComp-PEE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE


分子量: 744.034 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: C41H78NO8P / コメント: DOPE, リン脂質*YM
#59: 化合物...
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#60: 化合物
ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM
#61: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C34H34FeN4O4
#62: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C34H32FeN4O4
#63: 化合物
ChemComp-LPP / 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE / 1,2-DIPALMITOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / L-B,G-DIPALMITOYL-A-PHOSPHATIDIC ACID DISODIUM SALT / 3-SN-PHOSPHATIDIC ACID / 1,2-DIPALMITOYLDISODIUM SALT / ジパルミトイルホスファチジン酸


分子量: 648.891 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C35H69O8P / コメント: リン脂質*YM
#64: 化合物 ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cu2
#65: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cu
#66: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#67: 化合物
ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C49H56FeN4O6
#68: 化合物 ChemComp-PER / PEROXIDE ION


分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: O2
#69: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#70: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Respiratory supercomplex CII2CIII2CIV2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#51 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Perkinsus marinus (真核生物)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 300 nm
撮影電子線照射量: 44 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 111717 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る