PDB-9fq2: Poliovirus 3C protease in H32 spacegroup

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fq2

タイトル

Poliovirus 3C protease in H32 spacegroup

要素

Protease 3C

キーワード

HYDROLASE / 3C protease virus

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host translation initiation / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Poliovirus 1 (ポリオウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.37 Å

データ登録者

Fairhead, M. / Lithgo, R.M. / MacLean, E.M. / Bowesman-Jones, H. / Aschenbrenner, J.C. / Balcomb, B.H. / Capkin, E. / Chandran, A.V. / Godoy, A.S. / Marples, P.G. ...

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Poliovirus 3C protease in H32 spacegroup
著者: Fairhead, M. / Lithgo, R.M. / MacLean, E.M. / Bowesman-Jones, H. / Aschenbrenner, J.C. / Balcomb, B.H. / Capkin, E. / Chandran, A.V. / Godoy, A.S. / Marples, P.G. / Fearon, D. / von Delft, F. / Koekemoer, L.

履歴

登録	2024年6月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fq2.cif.gz	143.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fq2.ent.gz	112.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fq2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9fq2_validation.pdf.gz	438 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fq2_full_validation.pdf.gz	446.9 KB	表示
XML形式データ	9fq2_validation.xml.gz	15.5 KB	表示
CIF形式データ	9fq2_validation.cif.gz	20.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/9fq2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/9fq2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (22) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protease 3C

B: Protease 3C

39.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protease 3C

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
19.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protease 3C

登録者が定義した集合体
19.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.734, 122.734, 158.698
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-214- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 2 - 179 / Label seq-ID: 2 - 179

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Protease 3C / Picornain 3C / P3C 分子量: 19647.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Poliovirus 1 (ポリオウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03300, picornain 3C
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Shotgun ECO screen, well B9 1.6M Sodium citrate tribasic dihydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.37→63.585 Å / Num. obs: 18923 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 20.6 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 19.1
反射シェル	解像度: 2.37→2.41 Å / Num. unique obs: 19611 / CC_1/2: 0.294

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.37→63.585 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 14.272 / SU ML: 0.294 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.292 / ESU R Free: 0.243 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2579	923	4.882 %
R_work	0.1931	17983	-
all	0.196	-	-
obs	-	18906	99.989 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 80.791 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.298 Å²	-0.149 Å²	0 Å²
2-	-	-0.298 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.968 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.37→63.585 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2719	0	0	20	2739

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	2777
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	2661
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.67	1.817	3767
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.996	1.747	6120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.59	5	361
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	20.089	5	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.072	10	461
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.346	10	114
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.124	0.2	437
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.007	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	3284
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	616
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	536
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	2490
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	1367
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	1645
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.133	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.162	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.152	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.032	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	12.315	7.624	1447
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	12.307	7.625	1447
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	15.686	13.67	1807
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	15.682	13.675	1808
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	13.605	8.543	1330
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	13.603	8.545	1331
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	17.891	15.235	1960
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	17.887	15.236	1961
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	20.217	78.218	2940
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	20.228	78.238	2940
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.188	0.05	4884

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.18823	0.05006
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.18823	0.05006

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.37-2.431	0.409	71	0.374	1298	0.376	1370	0.878	0.891	99.927	0.375
2.431-2.498	0.419	66	0.373	1294	0.375	1360	0.859	0.889	100	0.376
2.498-2.57	0.397	71	0.37	1231	0.371	1302	0.869	0.894	100	0.369
2.57-2.649	0.331	72	0.365	1195	0.363	1267	0.915	0.911	100	0.361
2.649-2.736	0.301	66	0.295	1162	0.295	1228	0.944	0.942	100	0.285
2.736-2.832	0.315	58	0.285	1148	0.286	1206	0.931	0.947	100	0.264
2.832-2.939	0.392	51	0.258	1099	0.264	1150	0.87	0.955	100	0.226
2.939-3.058	0.333	47	0.251	1063	0.255	1110	0.916	0.957	100	0.215
3.058-3.194	0.308	38	0.23	1037	0.233	1075	0.929	0.965	100	0.196
3.194-3.349	0.262	36	0.223	979	0.224	1015	0.957	0.97	100	0.193
3.349-3.53	0.299	49	0.211	944	0.215	993	0.95	0.974	100	0.188
3.53-3.743	0.296	45	0.195	862	0.2	907	0.944	0.981	100	0.175
3.743-4.001	0.301	47	0.179	833	0.185	880	0.953	0.984	100	0.162
4.001-4.32	0.199	25	0.16	780	0.161	805	0.972	0.985	100	0.144
4.32-4.73	0.197	43	0.133	716	0.137	759	0.976	0.989	100	0.12
4.73-5.285	0.212	50	0.138	630	0.143	680	0.972	0.989	100	0.124
5.285-6.095	0.265	36	0.167	574	0.172	610	0.961	0.983	100	0.149
6.095-7.448	0.232	26	0.158	498	0.162	524	0.961	0.985	100	0.145
7.448-10.462	0.168	13	0.12	399	0.122	412	0.981	0.992	100	0.122
10.462-63.585	0.182	13	0.204	240	0.203	253	0.981	0.968	100	0.214

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