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万見
- PDB-9fpy: Structure of the complete Vaccinia DNA-dependent RNA polymerase c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fpy
タイトルStructure of the complete Vaccinia DNA-dependent RNA polymerase complex assembly intermediate 3
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase ...) x 8
  • Core protein OPG073
  • Nucleoside triphosphatase I
  • RNA polymerase-associated transcription-specificity factor RAP94
  • URQ-UUG1-1 tRNA (72-MER)
キーワードTRANSCRIPTION / VACCINIA / RNA POLYMERASE / RNA POLYMERASE COMPLEX / RNAP / VRNAP / COMPLETE VRNAP / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral transcription / DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / DNA-templated transcription termination / ribonucleoside binding / virion component / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / host cell cytoplasm ...viral transcription / DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / DNA-templated transcription termination / ribonucleoside binding / virion component / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / host cell cytoplasm / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Virion core protein, vaccinia E11L type / Nucleoside triphosphatase I, C-terminal / Chordopoxvirus E11 protein / Nucleoside triphosphatase I C-terminal / RNA polymerase-associated transcription specificity factor Rap94 / RNA polymerase-associated transcription specificity factor, Rap94 / DNA-directed RNA polymerase, 18kDa subunit, poxviral / DNA-directed RNA polymerase, 35kDa subunit, poxviral / RNA polymerase, 22kDa subunit, poxviral / DNA-directed RNA polymerase, 19kDa subunit, poxviral ...Virion core protein, vaccinia E11L type / Nucleoside triphosphatase I, C-terminal / Chordopoxvirus E11 protein / Nucleoside triphosphatase I C-terminal / RNA polymerase-associated transcription specificity factor Rap94 / RNA polymerase-associated transcription specificity factor, Rap94 / DNA-directed RNA polymerase, 18kDa subunit, poxviral / DNA-directed RNA polymerase, 35kDa subunit, poxviral / RNA polymerase, 22kDa subunit, poxviral / DNA-directed RNA polymerase, 19kDa subunit, poxviral / DNA-directed RNA polymerase, 7kDa polypeptide, chordopoxviral / RNA polymerase, 30kDa subunit, chordopox-type / RNA polymerase, 132kDa subunit, poxvirus-type / RNA polymerase, 30kDa subunit, chordopox-type, N-terminal / Poxvirus DNA-directed RNA polymerase, 18 kD subunit / Poxvirus DNA-directed RNA polymerase, 35 kD subunit / Poxvirus RNA polymerase 22 kDa subunit / Poxvirus DNA-directed RNA polymerase 19 kDa subunit / Chordopoxvirus DNA-directed RNA polymerase 7 kDa polypeptide (RPO7) / Poxvirus DNA dependent RNA polymerase 30kDa subunit / Poxvirus DNA dependent RNA polymerase / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RPB6/omega subunit-like superfamily / Helicase conserved C-terminal domain / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase 147 kDa polypeptide / Nucleoside triphosphatase I / DNA-directed RNA polymerase 18 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase 30 kDa polypeptide / DNA-directed RNA polymerase 35 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase 7 kDa subunit / RNA polymerase-associated transcription-specificity factor RAP94 / Core protein OPG073 ...RNA / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase 147 kDa polypeptide / Nucleoside triphosphatase I / DNA-directed RNA polymerase 18 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase 30 kDa polypeptide / DNA-directed RNA polymerase 35 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase 7 kDa subunit / RNA polymerase-associated transcription-specificity factor RAP94 / Core protein OPG073 / DNA-directed RNA polymerase 22 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase 133 kDa polypeptide / DNA-directed RNA polymerase 19 kDa subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Orthopoxvirus vaccinia (ウイルス)
Vaccinia virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Grimm, C. / Bartuli, J. / Fischer, U.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the complete Vaccinia DNA-dependent RNA polymerase complex at 2.65A resolution
著者: Grimm, C. / Bartuli, J. / Fischer, U.
履歴
登録2024年6月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月25日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月25日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月25日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月25日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA-directed RNA polymerase 35 kDa subunit
E: DNA-directed RNA polymerase 22 kDa subunit
G: DNA-directed RNA polymerase 18 kDa subunit
J: DNA-directed RNA polymerase 7 kDa subunit
Q: Core protein OPG073
R: Core protein OPG073
U: URQ-UUG1-1 tRNA (72-MER)
A: DNA-directed RNA polymerase 147 kDa polypeptide
B: DNA-directed RNA polymerase 133 kDa polypeptide
F: DNA-directed RNA polymerase 19 kDa subunit
I: RNA polymerase-associated transcription-specificity factor RAP94
S: DNA-directed RNA polymerase 30 kDa polypeptide
Y: Nucleoside triphosphatase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)631,10121
ポリマ－630,74213
非ポリマー3598
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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DNA-directed RNA polymerase ... , 8種, 8分子 CEGJABFS

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase 35 kDa subunit


分子量: 35430.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Orthopoxvirus vaccinia (ウイルス)
遺伝子: OPG156, RPO35, A29L / 発現宿主: Vaccinia virus (ウイルス) / 参照: UniProt: P21087, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase 22 kDa subunit


分子量: 21365.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Orthopoxvirus vaccinia (ウイルス)
遺伝子: OPG103, RPO22, J4R / 発現宿主: Vaccinia virus (ウイルス) / 参照: UniProt: P68608, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase 18 kDa subunit


分子量: 17917.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Orthopoxvirus vaccinia (ウイルス)
遺伝子: OPG119, RPO18, D7R / 発現宿主: Vaccinia virus (ウイルス) / 参照: UniProt: P21034, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase 7 kDa subunit


分子量: 7299.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Orthopoxvirus vaccinia (ウイルス)
遺伝子: OPG090, RPO7, G5.5R / 発現宿主: Vaccinia virus (ウイルス) / 参照: UniProt: P68315, DNA-directed RNA polymerase
#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase 147 kDa polypeptide


分子量: 146995.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Orthopoxvirus vaccinia (ウイルス)
遺伝子: OPG105, RPO147, J6R / 発現宿主: Vaccinia virus (ウイルス) / 参照: UniProt: P20504, DNA-directed RNA polymerase
#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase 133 kDa polypeptide


分子量: 133526.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Orthopoxvirus vaccinia (ウイルス)
遺伝子: OPG151, RPO132, A24R / 発現宿主: Vaccinia virus (ウイルス) / 参照: UniProt: P68694, DNA-directed RNA polymerase
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase 19 kDa subunit


分子量: 19020.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Orthopoxvirus vaccinia (ウイルス)
遺伝子: OPG131, RPO19, MVA116R, ACAM3000_MVA_116, A5R / 発現宿主: Vaccinia virus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q76ZQ8, DNA-directed RNA polymerase
#11: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase 30 kDa polypeptide


分子量: 30074.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Orthopoxvirus vaccinia (ウイルス)
遺伝子: OPG066, RPO30, E4L / 発現宿主: Vaccinia virus (ウイルス) / 参照: UniProt: P21082, DNA-directed RNA polymerase

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タンパク質 , 3種, 4分子 QRIY

#5: タンパク質 Core protein OPG073 / Protein E11


分子量: 14914.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Orthopoxvirus vaccinia (ウイルス)
遺伝子: OPG073, E11L / 発現宿主: Vaccinia virus (ウイルス) / 参照: UniProt: P68449
#10: タンパク質 RNA polymerase-associated transcription-specificity factor RAP94 / Protein H4 / RPO-associated protein of 94 kDa


分子量: 93667.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Orthopoxvirus vaccinia (ウイルス)
遺伝子: OPG109, RAP94, H4L / 発現宿主: Vaccinia virus (ウイルス) / 参照: UniProt: P68439
#12: タンパク質 Nucleoside triphosphatase I / Factor X / NPH-I / Nucleoside triphosphate phosphohydrolase I / NPH I


分子量: 72465.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Orthopoxvirus vaccinia (ウイルス)
遺伝子: OPG123, NPH1, D11L / 発現宿主: Vaccinia virus (ウイルス)
参照: UniProt: P20637, nucleoside-triphosphate phosphatase

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 U

#6: RNA鎖 URQ-UUG1-1 tRNA (72-MER)


分子量: 23150.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vaccinia virus (ウイルス) / 発現宿主: Vaccinia virus (ウイルス)

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非ポリマー , 3種, 17分子

#13: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#14: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#15: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: complete Vaccinia DNA-dependent RNA polymerase complex
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#12 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.87 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Vaccinia virus (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Vaccinia virus (ウイルス)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 70 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7Cootモデルフィッティング
9PHENIX1.21rc1_5058モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 96385 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 6rfl

6rfl


Accession code: 6rfl / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 88.84 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002641996
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.490157132
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04176539
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00316948
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.7486174

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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