PDB-9fpp: FGD2 (Rv0132c) from Mycobacterium tuberculosis with cofactor F420...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fpp

タイトル

FGD2 (Rv0132c) from Mycobacterium tuberculosis with cofactor F420 crystallised with Anderson-Evans polyoxotungstate

要素

F420-dependent hydroxymycolic acid dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / FGD2 / F420 / tuberculosis / deazaflavin / flavin / cofactor / TEW / glucose / Mtb / mycobacterium / TIM barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; 他の既知の電子受容体を用いる / cell envelope / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / lipid metabolic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Aderemi, A. / Snee, M. / Levy, C. / Leys, D.

資金援助

Nigeria, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: FGD2 (Rv0132c) from Mycobacterium tuberculosis with cofactor F420 crystallised with Anderson-Evans polyoxotungstate
著者: Aderemi, A. / Snee, M. / Leys, D.

履歴

登録	2024年6月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fpp.cif.gz	626.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fpp.ent.gz	426.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fpp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/9fpp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/9fpp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9fp4
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (3) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#78 - 2006年6月
ルシフェラーゼ (Luciferase)
類似性 (3)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: F420-dependent hydroxymycolic acid dehydrogenase

B: F420-dependent hydroxymycolic acid dehydrogenase

E: F420-dependent hydroxymycolic acid dehydrogenase

F: F420-dependent hydroxymycolic acid dehydrogenase

ヘテロ分子

157 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: F420-dependent hydroxymycolic acid dehydrogenase

B: F420-dependent hydroxymycolic acid dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, the biounit is observed in other crystal forms with different asymmetric units
79.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: F420-dependent hydroxymycolic acid dehydrogenase

F: F420-dependent hydroxymycolic acid dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.31, 89.311, 155.634
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A
7	4	A
8	4	A
9	5	A
10	5	A
11	6	A
12	6	A

NCSドメイン領域:

Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ARG	ARG	ARG	ARG	42 - 360	14 - 332
2	1	1	ARG	ARG	ARG	ARG	42 - 360	14 - 332
3	2	2	ARG	ARG	ARG	ARG	42 - 360	14 - 332
4	2	2	ARG	ARG	ARG	ARG	42 - 360	14 - 332
5	3	3	GLY	GLY	LEU	LEU	43 - 359	15 - 331
6	3	3	GLY	GLY	LEU	LEU	43 - 359	15 - 331
7	4	4	ARG	ARG	ARG	ARG	42 - 360	14 - 332
8	4	4	ARG	ARG	ARG	ARG	42 - 360	14 - 332
9	5	5	GLY	GLY	LEU	LEU	43 - 359	15 - 331
10	5	5	GLY	GLY	LEU	LEU	43 - 359	15 - 331
11	6	6	GLY	GLY	LEU	LEU	43 - 359	15 - 331
12	6	6	GLY	GLY	LEU	LEU	43 - 359	15 - 331

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABEF

#1: タンパク質	F420-dependent hydroxymycolic acid dehydrogenase / fHMAD / FGD2 分子量: 35843.066 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: fgd2, Rv0132c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 参照: UniProt: P96809, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; 他の既知の電子受容体を用いる

#1: タンパク質

F420-dependent hydroxymycolic acid dehydrogenase / fHMAD / FGD2

分子量: 35843.066 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: fgd2, Rv0132c / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41
参照: UniProt: P96809, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; 他の既知の電子受容体を用いる

-
非ポリマー , 5種, 734分子

#2: 化合物	ChemComp-TEW / 6-tungstotellurate(VI) 分子量: 1614.626 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₂₄TeW₆
#3: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#4: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-F42 / COENZYME F420 / 補酵素F420 分子量: 773.593 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₃₆N₅O₁₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 721 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.88 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.12M Monosaccharides, 0.1M buffer system 1 pH 6.5 (MES imidazole), 37.5% precipitant mix 4 Morpheus condition F4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 99 K / Ambient temp details: N2 / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→77.82 Å / Num. obs: 51484 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.282 / R_pim(I) all: 0.08 / R_rim(I) all: 0.293 / Net I/σ(I): 6.2
反射シェル	解像度: 2.35→2.42 Å / 冗長度: 11.5 % / R_merge(I) obs: 1.04 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4397 / CC_1/2: 0.895 / R_pim(I) all: 0.317 / R_rim(I) all: 1.088 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→77.82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 16.517 / SU ML: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.748 / ESU R Free: 0.284 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2508	2612	5.082 %
R_work	0.2105	48786	-
all	0.213	-	-
obs	-	51398	99.959 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.907 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.776 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.287 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.063 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→77.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9784	0	345	721	10850

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	10608
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.889	1.889	15136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.734	5	1284
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.049	5.22	91
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.954	10	1436
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.606	10	486
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.122	0.2	1528
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	8190
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	5201
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	6844
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.208	0.2	718
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.763	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.303	0.2	97
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.221	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.67	0.978	5110
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.138	1.756	6383
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.758	1.301	5498
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.496	2.752	8530
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.895	13.312	16084
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.077	0.05	10450
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.052	0.05	10688
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.068	0.05	10452
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.081	0.05	10395
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.053	0.05	10586
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.077	0.05	10383

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07721	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07721	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05179	0.0501
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05179	0.0501
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06799	0.05009
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06799	0.05009
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08126	0.05009
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08126	0.05009
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05295	0.0501
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05295	0.0501
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07684	0.05009
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07684	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.411	0.314	213	0.29	3512	X-RAY DIFFRACTION	99.8927
2.411-2.477	0.359	141	0.257	3514	X-RAY DIFFRACTION	100
2.477-2.549	0.279	168	0.238	3409	X-RAY DIFFRACTION	100
2.549-2.627	0.29	189	0.253	3259	X-RAY DIFFRACTION	99.971
2.627-2.713	0.286	170	0.236	3181	X-RAY DIFFRACTION	100
2.713-2.808	0.32	160	0.235	3074	X-RAY DIFFRACTION	99.9073
2.808-2.914	0.293	152	0.228	2996	X-RAY DIFFRACTION	99.9365
2.914-3.033	0.29	158	0.22	2849	X-RAY DIFFRACTION	100
3.033-3.168	0.223	144	0.2	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
3.168-3.322	0.241	121	0.199	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
3.322-3.501	0.238	142	0.192	2520	X-RAY DIFFRACTION	100
3.501-3.713	0.21	146	0.187	2360	X-RAY DIFFRACTION	100
3.713-3.969	0.2	116	0.181	2253	X-RAY DIFFRACTION	99.9156
3.969-4.286	0.193	108	0.174	2104	X-RAY DIFFRACTION	99.9097
4.286-4.694	0.239	103	0.175	1944	X-RAY DIFFRACTION	99.9512
4.694-5.245	0.214	99	0.179	1778	X-RAY DIFFRACTION	99.9467
5.245-6.052	0.283	92	0.206	1549	X-RAY DIFFRACTION	100
6.052-7.401	0.211	82	0.214	1353	X-RAY DIFFRACTION	99.9304
7.401-10.42	0.204	61	0.168	1060	X-RAY DIFFRACTION	100
10.42-77.82	0.234	47	0.236	630	X-RAY DIFFRACTION	99.4126

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9954	-0.0613	0.0589	1.8201	-0.823	1.5762	0.0188	-0.1215	0.027	0.2222	0.0039	0.0034	-0.0813	0.0058	-0.0227	0.0344	-0.0066	0.0067	0.0175	-0.0073	0.0066	2.8967	1.9021	56.9822
2	1.3397	0.1419	0.8083	1.521	0.4217	1.7816	-0.0064	0.2178	-0.017	-0.3599	0.0639	-0.1034	-0.052	0.1489	-0.0576	0.0933	-0.0082	0.0355	0.0374	-0.0015	0.0284	4.8321	1.2416	23.7998
3	0.7951	-0.0752	-0.1263	1.4627	-0.5281	1.6493	0.0504	0.1323	-0.0381	-0.1973	-0.0308	-0.0028	0.0447	0.0299	-0.0196	0.0511	0.0136	-0.0245	0.0241	-0.0107	0.0268	-40.5513	13.8154	20.8675
4	1.323	-0.1392	-0.7987	1.4105	0.2458	1.6643	-0.0153	-0.1859	-0.0173	0.3077	0.0644	-0.1001	0.0429	0.1211	-0.049	0.0903	0.0094	-0.0424	0.0278	0.0013	0.0276	-38.8196	14.3642	54.0206

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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