PDB-9fpc: Architectural insights into the corrin and metal binding sites of...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fpc

タイトル

Architectural insights into the corrin and metal binding sites of CobN cobaltochelatase

要素

Cobn protein

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Cobaltochelatase/Cobalamin biosynthesis/CobN

機能・相同性

cobaltochelatase / cobaltochelatase activity / Cobaltochelatase, CobN subunit / CobN/magnesium chelatase / CobN/Magnesium Chelatase / cobalamin biosynthetic process / Cobaltochelatase subunit CobN

機能・相同性情報

生物種

Brucella melitensis (マルタ熱菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.965 Å

データ登録者

Pickersgill, R.W.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Architectural insights into the corrin and metal binding sites of CobN cobaltochelatase
著者: Pickersgill, R.W. / Brown, D.G. / Ladakis, D. / Warren, M.J.

履歴

登録	2024年6月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fpc.cif.gz	94 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fpc.ent.gz	67.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fpc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/9fpc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/9fpc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cobn protein

42.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.13, 74.19, 85.89
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cobn protein 分子量: 42057.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: This the C-terminal domain of the cobaltochelatase, CobN. 由来: (組換発現) Brucella melitensis (マルタ熱菌) 株: ATCC 23456 / 遺伝子: BMEI0695 / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YHV1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M Lithium sulfate, 30% polyethylene glycol 4000 and 0.1M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月1日
放射	モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.93→25.93 Å / Num. obs: 111314 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 16.4
反射シェル	解像度: 1.93→1.98 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.339 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4148 / % possible all: 86

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
BUCCANEER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.965→7.143 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / WR_factor R_free: 0.214 / WR_factor R_work: 0.162 / SU B: 3.779 / SU ML: 0.107 / Average fsc free: 0.9646 / Average fsc work: 0.9795 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.161 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2288	1391	5.057 %
R_work	0.173	26118	-
all	0.176	-	-
obs	-	27509	96.465 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.408 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.013 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.002 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.015 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.965→7.143 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2967	0	0	201	3168

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	3035
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.016	2805
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.196	1.821	4120
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.11	1.764	6419
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.645	5	383
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.757	5	30
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.958	10	467
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.844	10	153
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.127	0.2	433
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	3787
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	755
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.19	0.2	556
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.138	0.2	2364
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.157	0.2	1467
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.064	0.2	1667
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	178
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.109	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.132	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.088	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.766	2.478	1535
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.763	2.479	1535
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.633	4.457	1917
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.632	4.459	1918
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.21	2.918	1500
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.209	2.92	1501
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.096	5.147	2203
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.094	5.149	2204
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.946	24.315	3351
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.925	23.83	3322

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.965-2.012	0.278	92	0.248	1642	0.249	1917	0.956	0.96	90.4538	0.217
2.012-2.062	0.257	95	0.208	1704	0.211	1877	0.95	0.971	95.8444	0.178
2.062-2.117	0.216	97	0.191	1736	0.192	1838	0.967	0.976	99.728	0.159
2.117-2.176	0.3	82	0.182	1703	0.187	1787	0.943	0.978	99.8881	0.154
2.176-2.241	0.219	84	0.179	1630	0.181	1714	0.972	0.98	100	0.148
2.241-2.311	0.241	90	0.171	1602	0.174	1695	0.967	0.981	99.823	0.146
2.311-2.389	0.208	75	0.16	1561	0.163	1636	0.966	0.984	100	0.135
2.389-2.475	0.211	82	0.158	1495	0.161	1578	0.973	0.984	99.9366	0.134
2.475-2.571	0.226	60	0.165	1480	0.167	1541	0.97	0.982	99.9351	0.143
2.571-2.679	0.23	73	0.16	1387	0.164	1465	0.971	0.983	99.6587	0.142
2.679-2.802	0.252	67	0.169	1333	0.173	1404	0.957	0.982	99.7151	0.152
2.802-2.944	0.203	72	0.176	1271	0.178	1348	0.972	0.98	99.6291	0.163
2.944-3.11	0.245	60	0.177	1215	0.18	1284	0.961	0.98	99.2991	0.163
3.11-3.307	0.249	71	0.186	1152	0.189	1230	0.963	0.98	99.4309	0.177
3.307-3.547	0.241	68	0.191	1067	0.194	1143	0.963	0.98	99.3001	0.189
3.547-3.849	0.281	54	0.169	999	0.174	1065	0.962	0.984	98.8732	0.169
3.849-4.244	0.211	57	0.148	912	0.152	971	0.975	0.986	99.794	0.155
4.244-4.792	0.142	40	0.143	869	0.143	912	0.989	0.988	99.6711	0.149
4.792-5.628	0.182	41	0.153	732	0.155	775	0.98	0.987	99.7419	0.158
5.628-7.143	0.281	31	0.209	622	0.212	654	0.958	0.979	99.8471	0.215

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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