PDB-9fp8: Crystal structure of Anopheles gambiae actin depolymerizing factor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fp8

タイトル

Crystal structure of Anopheles gambiae actin depolymerizing factor

要素

AGAP012056-PA

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / actin binding protein / depolymerizing/severing protein

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of cellular component biogenesis / regulation of cellular component organization / actin filament fragmentation / actin filament severing / actin filament binding / actin cytoskeleton / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Lasiwa, D. / Kursula, I.

資金援助

フィンランド, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2025
タイトル: Crystal structure of Anopheles gambiae actin depolymerizing factor explains high affinity to monomeric actin.
著者: Lasiwa, D. / Kursula, I.

履歴

登録	2024年6月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fp8.cif.gz	212.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fp8.ent.gz	143.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fp8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/9fp8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/9fp8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: AGAP012056-PA

B: AGAP012056-PA

ヘテロ分子

34.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: AGAP012056-PA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: SAXS
17.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: AGAP012056-PA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.014, 62.423, 87.272
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁
Space group name Hall	P22ab(z,x,y)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x,-y+1/2,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 4 through 34 or resid 36 through 143))
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 4 through 34 or resid 36 through 143))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	GLY	GLY	GLU	GLU	A	A	4 - 34	4 - 34
d_1	2	GLN	GLN	ARG	ARG	A	A	36 - 143	36 - 143
d_2	1	GLY	GLY	GLU	GLU	B	B	4 - 34	4 - 34
d_2	2	GLN	GLN	ARG	ARG	B	B	36 - 143	36 - 143

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.999907507826, -0.00925020353658, 0.00997043269804), (-0.00926630150157, -0.999955835055, 0.00156958477408), (0.0099554733758, -0.00166182863526, -0.99994906214) ...

#1: タンパク質	AGAP012056-PA 分子量: 17091.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ) 遺伝子: 1280611, AgaP_AGAP012056 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0NGL9
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.89 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.17 M ammonium sulphate, 25.5% w/v polyethylene glycol 4000, 15% v/v glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 273 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.928 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.928 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→47.14 Å / Num. obs: 444998 / % possible obs: 98.47 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 16.15 Å² / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 3.77
反射シェル	解像度: 1.68→1.74 Å / Num. unique obs: 3067 / CC_1/2: 0.294

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.68→47.14 Å / SU ML: 0.3154 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3 / 位相誤差: 41.4865
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3382	3325	5.01 %
R_work	0.2971	63029	-
obs	0.2992	66354	97.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→47.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2274	0	27	99	2400

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0184	2344
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2135	3134
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	329
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0119	396
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.146	904

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.656943345185 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.68-1.7	0.4092	80	0.4963	1558	X-RAY DIFFRACTION	58.02
1.7-1.73	0.4379	141	0.4297	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.73-1.75	0.4951	145	0.4249	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.78	0.4146	137	0.3972	2698	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.78-1.81	0.392	139	0.3885	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.85	0.4032	137	0.3708	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.65
1.85-1.88	0.4603	142	0.3731	2685	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.88-1.92	0.3592	142	0.3459	2651	X-RAY DIFFRACTION	99.68
1.92-1.96	0.3601	142	0.3349	2648	X-RAY DIFFRACTION	99.36
1.96-2.01	0.3646	142	0.3078	2693	X-RAY DIFFRACTION	99.44
2.01-2.06	0.3031	139	0.3076	2661	X-RAY DIFFRACTION	99.36
2.06-2.11	0.3891	141	0.2959	2651	X-RAY DIFFRACTION	99.39
2.11-2.17	0.3749	139	0.2914	2690	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.17-2.25	0.2935	148	0.3002	2692	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.25-2.33	0.3218	143	0.294	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.4
2.33-2.42	0.3697	142	0.2953	2657	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.42-2.53	0.3339	138	0.2885	2691	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.53-2.66	0.2857	142	0.2954	2666	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.66-2.83	0.3526	143	0.293	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.83-3.05	0.3226	141	0.2861	2685	X-RAY DIFFRACTION	99.51
3.05-3.35	0.334	141	0.2877	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.15
3.35-3.84	0.3319	139	0.2562	2673	X-RAY DIFFRACTION	99.68
3.84-4.83	0.2578	140	0.2347	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.65
4.84-47.14	0.3247	142	0.2623	2665	X-RAY DIFFRACTION	99.36

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 13.6699340344 Å / Origin y: 2.51535469725 Å / Origin z: -21.9693085407 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.261967754435 Å²	-0.0169790830909 Å²	-0.212959622277 Å²	-	0.134343147748 Å²	-0.00801596078905 Å²	-	-	0.356062036743 Å²
L	0.242035246818 °²	0.0997925020133 °²	0.041754363243 °²	-	0.342444255101 °²	0.118646719036 °²	-	-	0.145097279704 °²
S	0.0127272924272 Å °	-0.0340210246341 Å °	0.0066638994085 Å °	0.0136456847896 Å °	-0.0135540456955 Å °	-0.166559130897 Å °	-0.00961605142606 Å °	0.0244085866974 Å °	-0.0132691956191 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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