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- PDB-9fp4: FGD2 (Rv0132c) from Mycobacterium tuberculosis crystallised with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fp4
タイトルFGD2 (Rv0132c) from Mycobacterium tuberculosis crystallised with Anderson-Evans polyoxotungstate
要素F420-dependent hydroxymycolic acid dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / FGD2 / F420 / deazaflavin / flavin / oxidation / tuberculosis / cell wall / FGD / glucose / TEW / Mtb / TIM barrel / mycobacteria
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; 他の既知の電子受容体を用いる / cell envelope / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / lipid metabolic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TAT-translocated F420-dependent dehydrogenase, FGD2 family / F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase-related / : / Luciferase-like domain / Luciferase-like monooxygenase / Luciferase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / 6-tungstotellurate(VI) / F420-dependent hydroxymycolic acid dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Aderemi, A. / Snee, M. / Levy, C. / Leys, D.
資金援助Nigeria, 1件
組織認可番号国
Other governmentNigeria
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: To be published
著者: Aderemi, A. / Snee, M. / Leys, D.
履歴
登録2024年6月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: F420-dependent hydroxymycolic acid dehydrogenase
B: F420-dependent hydroxymycolic acid dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,4448
ポリマ－71,6862
非ポリマー3,7586
水17,348963
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The dimeric biounit is present in other crystals forms
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5150 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area23410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.856, 92.161, 100.279
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 F420-dependent hydroxymycolic acid dehydrogenase / fHMAD / FGD2


分子量: 35843.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: fgd2, Rv0132c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41
参照: UniProt: P96809, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; 他の既知の電子受容体を用いる
#2: 化合物 ChemComp-TEW / 6-tungstotellurate(VI)


分子量: 1614.626 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O24TeW6
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 963 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.53 % / 解説: star shaped clusters of bars.
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.12M alcohols, 0.1M Buffer system 1 (MES, Imidazole pH 6.5), Precipitant mix 2 Morpheus condition D2 with 10mM TEW
Temp details: 4C

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データ収集

回折平均測定温度: 99 K / Ambient temp details: N2 / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→54.15 Å / Num. obs: 144578 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 12.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.165 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.172 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.45→1.47 Å / 冗長度: 8.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 5810 / CC1/2: 0.654 / Rpim(I) all: 0.475 / Rrim(I) all: 1.339 / % possible all: 80.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.45→54.126 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.985 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.977 / SU B: 2.106 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.046 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1463 7470 5.17 %
Rwork0.1154 137012 -
all0.117 --
obs-144482 97.931 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 24.647 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.479 Å20 Å2-0 Å2
2--0.257 Å20 Å2
3---0.222 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→54.126 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4955 0 96 963 6014
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0125408
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9121.8437570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2695701
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg5.852550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.87210780
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg15.65410261
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2798
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.024292
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.22649
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.23580
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2060.2718
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2540.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2410.241
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.761.3352644
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.4972.413318
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.1521.4892764
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.2092.6954176
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it15.25619.218718
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.16435408
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.45-1.4880.2524780.24582970.245107540.960.96181.59750.244
1.488-1.5280.2325120.20990730.21105770.9660.97290.62120.205
1.528-1.5730.2145420.17296110.175102290.9730.98299.2570.167
1.573-1.6210.1694750.15295060.15299810.9830.9861000.143
1.621-1.6740.1695130.14291360.14396490.9820.9881000.132
1.674-1.7330.1615120.12488250.12693380.9840.99199.98930.113
1.733-1.7980.1614870.11385570.11690440.9850.9921000.102
1.798-1.8710.1394250.10282790.10487040.9880.9941000.091
1.871-1.9550.1374620.10178790.10383410.9890.9941000.09
1.955-2.050.1423650.09776440.09980090.9890.9951000.088
2.05-2.1610.1334240.09871580.175820.9890.9951000.09
2.161-2.2910.1413520.09668820.09972340.9880.9951000.088
2.291-2.4490.1243790.08564130.08767920.9910.9961000.079
2.449-2.6450.1213340.08460070.08663410.990.9961000.078
2.645-2.8970.1322720.09755930.09958650.9890.9941000.091
2.897-3.2380.1362800.10250370.10453170.9890.9941000.097
3.238-3.7360.1392350.11344850.11447200.9890.9931000.108
3.736-4.5710.1212260.10137960.10240220.9920.9941000.096
4.571-6.4410.1221070.1230690.1231760.9940.9941000.118
6.441-54.1260.186900.16717660.16818570.9880.9999.94610.161
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.74380.47930.21971.5130.33360.4211-0.09350.1050.1265-0.2010.07920.1674-0.1554-0.01350.01430.06940.0036-0.01210.0230.02480.03231.31094.69275.2974
20.62440.39950.05411.1590.10260.763-0.02490.0811-0.0076-0.03230.01070.09370.0621-0.04820.01420.0096-0.00450.00150.0185-0.00370.013-9.8371-26.86577.7813
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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