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万見
- PDB-9fow: GPR180 N-terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fow
タイトルGPR180 N-terminal domain
要素Integral membrane protein GPR180
キーワードUNKNOWN FUNCTION / GOLD / GOST / GPR180
機能・相同性
機能・相同性情報


response to pheromone / G protein-coupled receptor signaling pathway / membrane
類似検索 - 分子機能
Intimal thickness related receptor, IRP / : / : / GPR180/TMEM145, transmembrane domain / GP180, GOLD domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Integral membrane protein GPR180
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.878 Å
データ登録者Mitrovic, S.A. / Reindl, S. / Nar, H.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: GPR180 is a new member of the Golgi-dynamics domain seven-transmembrane helix protein family.
著者: Mitrovic, S.A. / Demalgiriya-Gamage, C. / Winter, L.M. / Kiechle, T. / Ebenhoch, R. / Neubauer, H. / Stierstorfer, B. / Frego, L. / Wolfrum, C. / Reindl, S. / Nar, H.
履歴
登録2024年6月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integral membrane protein GPR180
B: Integral membrane protein GPR180
C: Integral membrane protein GPR180
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,37113
ポリマ－49,0083
非ポリマー2,36210
水2,072115
1
A: Integral membrane protein GPR180
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7084
ポリマ－16,3361
非ポリマー3723
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Integral membrane protein GPR180
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3556
ポリマ－16,3361
非ポリマー1,0195
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Integral membrane protein GPR180
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3073
ポリマ－16,3361
非ポリマー9712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)143.116, 143.116, 43.556
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Integral membrane protein GPR180


分子量: 16336.132 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gpr180, MNCb-3029
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8BPS4

-
糖 , 3種, 3分子

#2: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 716.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[DGlcpNAcb1-4][LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-1-2/a3-b1_a4-c1_a6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 878.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3][LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5]/1-2-1-3-2/a3-b1_a4-c1_a6-e1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 122分子

#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.09 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% glycerol, 16% PEG 8K, 0.04M kaliumdihydrogenphosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.000036 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.000036 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.878→123.942 Å / Num. obs: 37931 / % possible obs: 90.3 % / 冗長度: 18.6 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 1.878→1.974 Å / 冗長度: 20.8 % / Rmerge(I) obs: 2.601 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 37873 / Rsym value: 2.601 / % possible all: 32.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
autoPROCデータ削減
XDSFeb 5, 2021データ削減
autoPROC1.1.7データスケーリング
Aimlessデータスケーリング
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.878→25.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU R Cruickshank DPI: 0.229 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.157 / SU Rfree Blow DPI: 0.135 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.137
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2372 1816 -RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.2217 37910 90.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 53.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3219 Å20 Å20 Å2
2--0.3219 Å20 Å2
3----0.6439 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.878→25.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3088 0 157 115 3360
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0086482HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg111649HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1975SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1036HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6480HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion456SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies4HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5384SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.59
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.19
LS精密化 シェル解像度: 1.88→1.94 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3027 38 -
Rwork0.2807 --
obs0.2819 759 19.39 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.77720.253-0.23743.308-0.09770.74780.10420.006-0.02170.006-0.15060.0408-0.02170.04080.0464-0.0632-0.0203-0.0322-0.04380.02290.048748.1927-53.9025-6.7724
22.67570.35450.35781.11890.09861.17420.05570.04630.19320.0463-0.055-0.05160.1932-0.0516-0.0007-0.0169-0.01610.00030.0117-0.008-0.076566.9648-72.4129-5.1529
31.40941.3003-0.86771.6829-1.35193.2997-0.2161-0.28360.6921-0.28360.02260.0410.69210.0410.19360.06830.03310.05490.0056-0.0451-0.094276.4423-82.1256-20.0505
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A23 - 154
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A201 - 212
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B23 - 168
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B201 - 208
5X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C24 - 166
6X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C201 - 208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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