PDB-9fos: The structure of ornithine decarboxylase from Leishmania infantum...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fos

タイトル

The structure of ornithine decarboxylase from Leishmania infantum in complex with PLP and DFMO

要素

ornithine decarboxylase

キーワード

LYASE / decarboxylase pyridoxal 5'-phosphate polyamine biosynthesis Orn/Lys/Arg decarboxylase class-II family

機能・相同性

機能・相同性情報

ornithine decarboxylase / putrescine biosynthetic process from arginine, via ornithine / ornithine decarboxylase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania infantum (幼児リーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.301 Å

データ登録者

Fiorillo, A. / Ilari, A.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of ornithine decarboxylase from Leishmania infantum in complex with PLP and DFMO
著者: Fiorillo, A. / Ilari, A.

履歴

登録	2024年6月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fos.cif.gz	111.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fos.ent.gz	78.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fos.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/9fos ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/9fos	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ornithine decarboxylase

ヘテロ分子

80 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ornithine decarboxylase

ヘテロ分子

A: ornithine decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
160 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.87, 117.87, 82.175
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	ornithine decarboxylase 分子量: 79572.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal His-tag 由来: (組換発現) Leishmania infantum (幼児リーシュマニア) 遺伝子: LINJ.12.0100 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: E9AGB5, ornithine decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-DMO / ALPHA-DIFLUOROMETHYLORNITHINE / α-(ジフルオロメチル)オルニチン分子量: 182.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂F₂N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 12% w/v Polyethylene glycol 20,000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ELETTRA

/ ビームライン: 11.2C / 波長: 0.9999 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9999 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.3→47.89 Å / Num. obs: 10203 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.4 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.204 / R_pim(I) all: 0.081 / R_rim(I) all: 0.22 / Net I/σ(I): 12

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
8.73-47.89	10.9	0.032	589	0.999	0.013	0.034	97.4
3.3-3.57	13.7	1.851	2082	0.675	0.744	1.998	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
REFMAC	5.8.0425	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.301→38.612 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 34.149 / SU ML: 0.471 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.483 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2396	503	4.938 %
R_work	0.1934	9683	-
all	0.196	-	-
obs	-	10186	99.736 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 124.924 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.942 Å²	-1.971 Å²	-0 Å²
2-	-	-3.942 Å²	0 Å²
3-	-	-	12.787 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.301→38.612 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3455	0	22	0	3477

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	3559
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3297
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_b	0.035	0.1	58305
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.672	1.821	4829
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.816	1.74	7577
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.354	5	434
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.969	5	26
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.955	10	560
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.398	10	167
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	531
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	4216
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	853
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	746
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.227	0.2	3133
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.192	0.2	1713
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.095	0.2	1876
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.222	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.215	0.2	133
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.295	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	19.703	12.136	1754
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	19.702	12.135	1754
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	26.148	21.718	2182
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	26.144	21.722	2183
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	21.457	12.931	1805
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	21.451	12.929	1806
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	29.036	23.471	2647
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	29.031	23.468	2648
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	32.208	286.801	58390
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	32.208	286.797	58391

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.301-3.386	0.429	37	0.404	707	0.405	747	0.83	0.841	99.5984	0.392
3.386-3.479	0.379	37	0.376	684	0.376	722	0.829	0.866	99.8615	0.361
3.479-3.579	0.379	37	0.312	662	0.315	699	0.828	0.906	100	0.294
3.579-3.688	0.355	37	0.332	643	0.333	680	0.881	0.909	100	0.302
3.688-3.807	0.355	26	0.301	629	0.304	655	0.876	0.913	100	0.278
3.807-3.94	0.252	24	0.268	616	0.267	640	0.912	0.939	100	0.232
3.94-4.087	0.253	36	0.211	595	0.213	631	0.957	0.966	100	0.181
4.087-4.252	0.212	35	0.163	545	0.166	580	0.979	0.982	100	0.136
4.252-4.438	0.188	33	0.138	535	0.141	568	0.976	0.987	100	0.114
4.438-4.652	0.184	27	0.139	530	0.141	557	0.976	0.987	100	0.112
4.652-4.9	0.196	28	0.153	496	0.156	524	0.971	0.985	100	0.13
4.9-5.192	0.33	27	0.185	469	0.192	496	0.919	0.98	100	0.158
5.192-5.543	0.263	17	0.177	460	0.18	477	0.968	0.982	100	0.149
5.543-5.977	0.135	17	0.148	429	0.147	446	0.991	0.99	100	0.125
5.977-6.531	0.306	23	0.128	381	0.137	404	0.956	0.991	100	0.112
6.531-7.276	0.179	15	0.124	351	0.126	366	0.974	0.99	100	0.106
7.276-8.353	0.224	6	0.138	328	0.139	335	0.982	0.987	99.7015	0.125
8.353-10.112	0.196	17	0.135	273	0.139	290	0.983	0.991	100	0.13
10.112-13.835	0.142	18	0.14	211	0.14	233	0.99	0.99	98.2833	0.136
13.835-38.612	0.337	6	0.296	139	0.297	155	0.961	0.961	93.5484	0.292

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)