PDB-9fom: CRYSTAL STRUCTURE OF AS-ISOLATED F295L MUTANT OF THREE-DOMAIN HEM...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fom

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF AS-ISOLATED F295L MUTANT OF THREE-DOMAIN HEME-CU NITRITE REDUCTASE FROM RALSTONIA PICKETTII

要素

Copper-containing nitrite reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / HAEM AND CU CONTAINING NITRITE REDUCTASE / ELECTRON TRANSFER / REDOX REACTIONS / METAL BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Ralstonia pickettii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.16 Å

データ登録者

Petchyam, N. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF AS-ISOLATED F295LMUTANT OF THREE-DOMAIN HEME-CU NITRITE REDUCTASE FROM RALSTONIA PICKETTII
著者: Petchyam, N. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S.

履歴

登録	2024年6月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fom.cif.gz	505.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fom.ent.gz	336.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fom.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/9fom ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/9fom	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ziy
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (5) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (5) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (5) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (4) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (4) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (4) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (5)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (5)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (5)
#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (4)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (4)
#59 - 2004年11月
光化学系II (Photosystem II)
類似性 (4)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#232 - 2019年4月
タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

50.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
152 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.257, 128.257, 86.194
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1138- HOH
2	1	A-1241- HOH
3	1	A-1289- HOH
4	1	A-1319- HOH
5	1	A-1320- HOH
6	1	A-1335- HOH
7	1	A-1352- HOH

#1: タンパク質	Copper-containing nitrite reductase 分子量: 49914.500 Da / 分子数: 1 / 変異: F295L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ralstonia pickettii (バクテリア) 遺伝子: nirK, D7S62_04310 / プラスミド: PET-26B F295L RpNiR / 詳細 (発現宿主): PET-26B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: I6NAW4, nitrite reductase (NO-forming)
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-HEC / HEME C 分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₄FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 763 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.23 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7 詳細: 100 mM bis-tris propane pH 7.7, 200 mM sodium citrate, and 22% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.8 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.16→32.085 Å / Num. obs: 182213 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.6 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.088 / R_pim(I) all: 0.052 / R_rim(I) all: 0.103 / Χ²: 0.84 / Net I/σ(I): 5.8
反射シェル	解像度: 1.16→1.18 Å / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.993 / Num. measured all: 31873 / Num. unique obs: 9100 / CC_1/2: 0.433 / R_pim(I) all: 0.619 / R_rim(I) all: 1.176 / Χ²: 0.71 / Net I/σ(I) obs: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
Aimless		データスケーリング
xia2		データ削減
Coot		モデル構築
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.16→32.085 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.989 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.984 / SU B: 1.381 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.027
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.139	9199	5.05 %	RANDOM
R_work	0.1143	172948	-	-
all	0.116	-	-	-
obs	-	182147	99.478 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.911 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.687 Å²	0.344 Å²	-0 Å²
2-	-	0.687 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.229 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.16→32.085 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3432	0	45	763	4240

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	4002
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3819
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.957	1.851	5530
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.703	1.762	8896
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.871	5	568
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.756	5	19
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.198	10	673
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.264	10	175
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	602
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	4852
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	908
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	735
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	3395
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1864
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	2049
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.229	0.2	580
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.046	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.17	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.206	0.2	149
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.24	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.013	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.306	1.417	1966
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.244	1.415	1965
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.69	2.561	2488
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.691	2.562	2489
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.611	1.638	2036
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.613	1.639	2034
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.945	2.912	2985
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.945	2.912	2985
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	20.69	24.426	4850
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	16.085	18.267	4502
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.533	3	7821

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.16-1.19	0.271	711	0.265	12812	0.265	13546	0.952	0.958	99.8302	0.266
1.19-1.223	0.27	740	0.247	12438	0.248	13205	0.949	0.965	99.7955	0.247
1.223-1.258	0.235	579	0.232	12231	0.232	12833	0.964	0.97	99.8208	0.23
1.258-1.297	0.225	643	0.214	11768	0.214	12433	0.969	0.975	99.8231	0.208
1.297-1.339	0.204	577	0.191	11472	0.192	12080	0.976	0.98	99.7434	0.182
1.339-1.386	0.205	605	0.164	11041	0.166	11669	0.976	0.986	99.8029	0.153
1.386-1.438	0.166	559	0.147	10696	0.148	11273	0.982	0.988	99.8403	0.134
1.438-1.497	0.154	514	0.127	10274	0.129	10829	0.985	0.991	99.6214	0.115
1.497-1.563	0.146	536	0.109	9857	0.111	10411	0.987	0.994	99.8271	0.098
1.563-1.64	0.138	503	0.097	9419	0.1	9935	0.99	0.995	99.8691	0.087
1.64-1.728	0.119	452	0.085	8943	0.086	9431	0.992	0.996	99.6183	0.076
1.728-1.833	0.119	435	0.081	8471	0.083	8945	0.991	0.997	99.564	0.075
1.833-1.959	0.114	406	0.081	7967	0.083	8426	0.993	0.997	99.371	0.078
1.959-2.115	0.112	366	0.088	7372	0.089	7797	0.993	0.997	99.2433	0.087
2.115-2.316	0.108	364	0.08	6807	0.081	7226	0.994	0.997	99.2389	0.081
2.316-2.587	0.095	340	0.074	6107	0.075	6498	0.994	0.997	99.2151	0.078
2.587-2.984	0.114	254	0.085	5426	0.087	5750	0.992	0.996	98.7826	0.093
2.984-3.647	0.113	282	0.094	4475	0.095	4861	0.992	0.995	97.8605	0.107
3.647-5.125	0.131	235	0.109	3410	0.11	3770	0.993	0.994	96.6843	0.129
5.125-32.085	0.202	98	0.177	1962	0.178	2124	0.983	0.986	96.9868	0.205

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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