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万見

- PDB-9fod: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase A (GAPDHA) apoenzyme, fr... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fod

タイトル

Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase A (GAPDHA) apoenzyme, from Helicobacter pylori

要素

Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (Gap)

キーワード

OXIDOREDUCTASE / apoenzyme / glyocolysis / gluconeogenesis / carbohydrate metabolism / Rossmann fold / Helicobacter pylori / nucleotide binding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.444 Å

データ登録者

Foster, S.P. / Moody, P.C.E.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase A (GAPDHA) apoenzyme, from Helicobacter pylori
著者: Foster, S.P. / Moody, P.C.E.

履歴

登録	2024年6月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fod.cif.gz	343.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fod.ent.gz	213.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fod.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9fod_validation.pdf.gz	435.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fod_full_validation.pdf.gz	437.4 KB	表示
XML形式データ	9fod_validation.xml.gz	18.8 KB	表示
CIF形式データ	9fod_validation.cif.gz	26.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/9fod ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/9fod	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9fq4C 9fl1 9fob C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (7)

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集合体

登録構造単位

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (Gap)

ヘテロ分子

36.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (Gap)

ヘテロ分子

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (Gap)

ヘテロ分子

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (Gap)

ヘテロ分子

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (Gap)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: Crystallographic symmetry mates provides biological assembly (222 symmetry)
145 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.938, 94.811, 95.726
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-511- HOH

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要素

#1: タンパク質	Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (Gap) 分子量: 36069.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌) 遺伝子: HP_1346 / プラスミド: pET151/D / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: O25902
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.38 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M NH4SO4, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% w/v PEG3350 300nl drop, mixed either 1:1 or 2:1

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.44→67.36 Å / Num. obs: 55539 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 13.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 16.6
反射シェル	解像度: 1.44→1.57 Å / 冗長度: 13.7 % / Num. unique obs: 2777 / CC_1/2: 0.741 / R_rim(I) all: 1.838 / % possible all: 69.3

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
autoPROC		データ削減
STARANISO		データスケーリング
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.444→67.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 3.011 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.065 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1767	2795	5.032 %
R_work	0.1403	52744	-
all	0.142	-	-
obs	-	55539	77.25 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.895 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.609 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	3.276 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.667 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.444→67.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2476	0	10	269	2755

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	2549
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2482
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.769	1.637	3463
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.624	1.578	5720
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.99	5	331
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.601	5	13
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.302	10	454
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.106	10	106
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	418
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2954
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	546
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	448
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.206	0.2	2148
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	1249
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1384
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	157
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.148	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.152	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.122	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.483	1.708	1300
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.475	1.707	1300
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.101	3.072	1624
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.101	3.074	1625
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.14	2.218	1249
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.109	2.209	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.936	3.855	1834
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.874	3.833	1823
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.782	19.413	2762
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.587	17.819	2708
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.652	3	5031

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.444-1.481	0.218	11	0.307	303	X-RAY DIFFRACTION	5.973
1.481-1.522	0.269	26	0.288	852	X-RAY DIFFRACTION	17.1083
1.522-1.566	0.282	104	0.239	1503	X-RAY DIFFRACTION	32.1529
1.566-1.614	0.262	138	0.223	2476	X-RAY DIFFRACTION	54.1762
1.614-1.667	0.245	201	0.214	3389	X-RAY DIFFRACTION	75.9788
1.667-1.726	0.239	179	0.196	3951	X-RAY DIFFRACTION	91.0695
1.726-1.791	0.191	199	0.156	4215	X-RAY DIFFRACTION	99.9547
1.791-1.864	0.179	225	0.13	4010	X-RAY DIFFRACTION	100
1.864-1.947	0.178	225	0.116	3830	X-RAY DIFFRACTION	100
1.947-2.041	0.15	188	0.115	3713	X-RAY DIFFRACTION	100
2.041-2.152	0.162	196	0.118	3515	X-RAY DIFFRACTION	100
2.152-2.282	0.171	178	0.122	3346	X-RAY DIFFRACTION	100
2.282-2.44	0.17	127	0.121	3193	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.635	0.154	171	0.121	2899	X-RAY DIFFRACTION	100
2.635-2.886	0.164	191	0.125	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.886-3.226	0.158	119	0.127	2488	X-RAY DIFFRACTION	100
3.226-3.723	0.134	126	0.125	2158	X-RAY DIFFRACTION	100
3.723-4.556	0.151	87	0.125	1874	X-RAY DIFFRACTION	100
4.556-6.429	0.24	46	0.197	1505	X-RAY DIFFRACTION	100
6.429-67.36	0.291	58	0.226	855	X-RAY DIFFRACTION	100

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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