PDB-9fob: Glyceraldehyde 3-phosphate Dehydrogenase (GapA) from Helicobacter...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fob

タイトル

Glyceraldehyde 3-phosphate Dehydrogenase (GapA) from Helicobacter pylori in Complex with NAPD (Holo)

要素

Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (Gap)

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Holoenzyme NAD(P) Oxdative phosphorylation Nucleotide binding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Elliott, P.R. / Moody, P.C.E.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and coenzyme specificity of a Helicobacter pylori glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (GapA)
著者: Foster, S. / Eliott, P.R. / Basran, J. / Moody, P.C.E.

履歴

登録	2024年6月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fob.cif.gz	281.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fob.ent.gz	220.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fob.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/9fob ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/9fob	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9fl1
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (7) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (Gap)

B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (Gap)

C: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (Gap)

D: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (Gap)

ヘテロ分子

153 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: uncleaved his-tag and linker desnsity seen in A and B chains

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.938, 116.938, 95.474
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (Gap) 分子量: 37595.867 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現詳細: electron density for V5 epitope of linker for hexa-his tag visible in Chains A + B 由来: (組換発現) Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌) 遺伝子: HP_1346 / プラスミド: pET151/D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rossetta DE3 / 参照: UniProt: O25902
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MOH / METHANOL / メタノ-ル分子量: 32.042 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₄O
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.92 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 / 詳細: 100mM Tris, 36% v/v methanol, 1mM NADP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→69.5 Å / Num. obs: 43460 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 17.9
反射シェル	解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.193 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / Num. unique obs: 5857 / % possible all: 88.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→44.774 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 11.106 / SU ML: 0.231 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.329 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2414	2077	4.782 %
R_work	0.1746	41361	-
all	0.178	-	-
obs	-	43438	96.826 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.246 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.809 Å²	0.404 Å²	0 Å²
2-	-	0.809 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.624 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→44.774 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10357	0	196	88	10641

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	10913
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	10537
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.524	1.804	14881
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.492	1.758	24292
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.166	5	1399
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.769	5	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	2.444	5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.487	10	1913
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.805	10	451
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	1795
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	12623
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2349
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	2047
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.204	0.2	9681
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	5187
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	5888
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	322
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.048	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.177	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.164	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.198	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.236	5.446	5457
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.233	5.447	5457
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.978	9.783	6832
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.978	9.783	6833
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.49	5.755	5456
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.485	5.755	5454
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.603	10.443	8026
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.603	10.442	8027
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.256	51.786	11524
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.257	51.709	11518

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.6-2.667	0.373	120	0.229	2420	0.235	3293	0.922	0.969	77.1333	0.203
2.667-2.74	0.257	145	0.23	2674	0.231	3217	0.956	0.971	87.6282	0.203
2.74-2.819	0.294	182	0.216	2824	0.221	3114	0.951	0.976	96.5318	0.189
2.819-2.906	0.301	186	0.239	2878	0.243	3064	0.95	0.97	100	0.212
2.906-3	0.27	134	0.216	2836	0.218	2970	0.955	0.975	100	0.191
3-3.105	0.348	132	0.209	2718	0.214	2850	0.94	0.971	100	0.192
3.105-3.222	0.298	142	0.204	2630	0.208	2772	0.944	0.975	100	0.192
3.222-3.353	0.282	106	0.198	2544	0.201	2650	0.948	0.978	100	0.19
3.353-3.501	0.258	88	0.206	2441	0.208	2529	0.957	0.977	100	0.202
3.501-3.671	0.275	114	0.187	2363	0.191	2477	0.956	0.981	100	0.187
3.671-3.868	0.215	98	0.175	2207	0.177	2305	0.976	0.983	100	0.179
3.868-4.101	0.237	108	0.16	2050	0.164	2158	0.97	0.986	100	0.171
4.101-4.381	0.242	84	0.151	1988	0.155	2072	0.966	0.987	100	0.17
4.381-4.728	0.168	102	0.13	1814	0.132	1916	0.984	0.991	100	0.15
4.728-5.174	0.183	62	0.134	1715	0.135	1777	0.978	0.99	100	0.152
5.174-5.775	0.155	78	0.143	1529	0.144	1608	0.986	0.989	99.9378	0.158
5.775-6.65	0.268	74	0.157	1329	0.162	1403	0.968	0.988	100	0.169
6.65-8.1	0.172	54	0.136	1145	0.138	1201	0.983	0.989	99.8335	0.152
8.1-11.272	0.193	42	0.136	825	0.138	929	0.981	0.99	93.3262	0.157
11.272-44.774	0.298	26	0.252	431	0.255	550	0.942	0.966	83.0909	0.28

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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