PDB-9fnv: Structure of the mouse 8-oxoguanine DNA Glycosylase mOGG1 in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fnv

タイトル

Structure of the mouse 8-oxoguanine DNA Glycosylase mOGG1 in complex with ligand TH12163

要素

N-glycosylase/DNA lyase

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Cleavage of the damaged pyrimidine / oxidized base lesion DNA N-glycosylase activity / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / negative regulation of double-strand break repair via single-strand annealing / oxidized purine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / DNA N-glycosylase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Scaletti, E. / Davies, J.R. / Stenmark, P.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the mouse 8-oxoguanine DNA Glycosylase mOGG1 in complex with ligand TH12163
著者: Scaletti, E. / Davies, J.R. / Stenmark, P.

履歴

登録	2024年6月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fnv.cif.gz	379.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fnv.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fnv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/9fnv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/9fnv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: N-glycosylase/DNA lyase

B: N-glycosylase/DNA lyase

C: N-glycosylase/DNA lyase

ヘテロ分子

108 kDa, 3 ポリマー
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1

A: N-glycosylase/DNA lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
36.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: N-glycosylase/DNA lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: N-glycosylase/DNA lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	81.390, 81.480, 170.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	N-glycosylase/DNA lyase 分子量: 35816.652 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ogg1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O08760, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#2: 化合物	ChemComp-A1IEJ / 2-(2-pyridin-3-yl-1~{H}-indol-3-yl)ethanamine 分子量: 237.300 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₅N₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.16 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.12 M Alcohols, 0.1 M imidazole/MES pH 6.5, 50 % EDO_P8K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→73.4 Å / Num. obs: 54738 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.2
反射シェル	解像度: 2.25→2.29 Å / Num. unique obs: 2676 / CC_1/2: 0.736

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.25→73.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 7.331 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.277 / ESU R Free: 0.222 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2522	2588	4.728 %
R_work	0.1998	52149	-
all	0.202	-	-
obs	-	54737	99.993 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.427 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.33 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.008 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.338 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→73.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7522	0	55	203	7780

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	7794
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	7217
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.552	1.648	10607
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.524	1.576	16553
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.009	5	942
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.177	5	63
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.621	10	1227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.591	10	369
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	1125
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	9282
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1941
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	1618
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	6463
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	3746
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	4098
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	204
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.003	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.146	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.184	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.117	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.963	5.71	3780
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.956	5.71	3780
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.497	10.244	4718
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.496	10.244	4719
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.265	6.113	4014
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.264	6.113	4015
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.216	10.98	5889
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.215	10.98	5890
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.06	54.948	8803
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.063	54.901	8789

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.305	0.289	202	0.267	3799	X-RAY DIFFRACTION	100
2.305-2.368	0.333	162	0.255	3688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.368-2.437	0.297	204	0.252	3575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.437-2.511	0.319	172	0.246	3531	X-RAY DIFFRACTION	100
2.511-2.594	0.307	170	0.223	3398	X-RAY DIFFRACTION	100
2.594-2.685	0.325	157	0.217	3300	X-RAY DIFFRACTION	100
2.685-2.786	0.307	172	0.227	3155	X-RAY DIFFRACTION	100
2.786-2.899	0.321	152	0.218	3107	X-RAY DIFFRACTION	100
2.899-3.028	0.259	138	0.222	2957	X-RAY DIFFRACTION	100
3.028-3.176	0.285	109	0.225	2815	X-RAY DIFFRACTION	100
3.176-3.347	0.271	135	0.224	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
3.347-3.55	0.264	115	0.211	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
3.55-3.794	0.264	142	0.21	2375	X-RAY DIFFRACTION	100
3.794-4.097	0.211	110	0.199	2267	X-RAY DIFFRACTION	99.9579
4.097-4.487	0.271	92	0.17	2076	X-RAY DIFFRACTION	100
4.487-5.014	0.215	115	0.165	1882	X-RAY DIFFRACTION	100
5.014-5.785	0.249	73	0.178	1686	X-RAY DIFFRACTION	100
5.785-7.075	0.248	83	0.168	1430	X-RAY DIFFRACTION	100
7.075-9.959	0.122	61	0.12	1149	X-RAY DIFFRACTION	100
9.959-73.4	0.186	24	0.211	694	X-RAY DIFFRACTION	99.7222

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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