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- PDB-9fnk: The structure of CBM42 from Clostridium thermocellum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fnk
タイトルThe structure of CBM42 from Clostridium thermocellum
要素Anti-sigma-I factor RsgI5
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / CBM42 / Clostridium thermocellum
機能・相同性
機能・相同性情報


L-arabinose metabolic process / alpha-L-arabinofuranosidase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Anti-sigma factor RsgI-like central domain / Alpha-L-arabinofuranosidase B, arabinose-binding domain / Alpha-L-arabinofuranosidase B, arabinose-binding domain superfamily / Alpha-L-arabinofuranosidase B (ABFB) domain / Anti-sigma factor RsgI, N-terminal / Anti-sigma factor N-terminus / RsgI N-terminal anti-sigma domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Anti-sigma-I factor RsgI5
類似検索 - 構成要素
生物種Acetivibrio thermocellus DSM 1313 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Hadad, N. / Lavid, N. / Shoham, Y. / Shoham, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of CBM42 from Clostridium thermocellum
著者: Hadad, N. / Lavid, N. / Shoham, Y. / Shoham, G.
履歴
登録2024年6月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anti-sigma-I factor RsgI5
B: Anti-sigma-I factor RsgI5
C: Anti-sigma-I factor RsgI5
D: Anti-sigma-I factor RsgI5
E: Anti-sigma-I factor RsgI5
F: Anti-sigma-I factor RsgI5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,00716
ポリマ－97,1366
非ポリマー87210
水9,314517
1
A: Anti-sigma-I factor RsgI5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3083
ポリマ－16,1891
非ポリマー1192
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Anti-sigma-I factor RsgI5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1891
ポリマ－16,1891
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Anti-sigma-I factor RsgI5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3813
ポリマ－16,1891
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Anti-sigma-I factor RsgI5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2852
ポリマ－16,1891
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Anti-sigma-I factor RsgI5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4704
ポリマ－16,1891
非ポリマー2803
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Anti-sigma-I factor RsgI5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3733
ポリマ－16,1891
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.453, 77.396, 78.769
Angle α, β, γ (deg.)92.639, 110.062, 102.690
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質
Anti-sigma-I factor RsgI5


分子量: 16189.264 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acetivibrio thermocellus DSM 1313 (バクテリア)
遺伝子: rsgI5, Cthe_1273 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A3DEX6
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 517 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.0M Ammonium sulfate and 0.1M MES buffer at pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→37.22 Å / Num. obs: 67664 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 24.45 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.11 / Rrim(I) all: 0.16 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル解像度: 2.09→2.16 Å / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3863 / CC1/2: 0.48 / Rpim(I) all: 0.56 / Rrim(I) all: 0.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.09→37.22 Å / SU ML: 0.3239 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 31.0855
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2867 2000 2.96 %
Rwork0.243 65553 -
obs0.2442 67553 97.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→37.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6812 0 26 517 7355
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00837026
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92899478
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0578940
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00551214
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.0262940
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.09-2.140.29831220.26534004X-RAY DIFFRACTION83.73
2.14-2.20.35861440.2784737X-RAY DIFFRACTION97.7
2.2-2.260.43881450.36824708X-RAY DIFFRACTION97.49
2.26-2.330.37431420.32674651X-RAY DIFFRACTION96.97
2.33-2.420.3341450.274750X-RAY DIFFRACTION98.06
2.42-2.510.32391450.26974720X-RAY DIFFRACTION98.22
2.51-2.630.32661460.25624779X-RAY DIFFRACTION98.01
2.63-2.770.30371420.26134679X-RAY DIFFRACTION98.21
2.77-2.940.30741450.25694757X-RAY DIFFRACTION98.61
2.94-3.170.2761460.23534794X-RAY DIFFRACTION98.76
3.17-3.480.2441440.22974742X-RAY DIFFRACTION98.83
3.48-3.990.28271460.21944774X-RAY DIFFRACTION98.7
3.99-5.020.21441430.19124719X-RAY DIFFRACTION97.85
5.02-37.220.25151450.22274739X-RAY DIFFRACTION98.13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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