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- PDB-9fnh: The glycoside hydrolase family 71 (GH71) member AnGH71C from Aspe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fnh
タイトルThe glycoside hydrolase family 71 (GH71) member AnGH71C from Aspergillus nidulans in complex with nigerotetraose.
要素Glycoside hydrolase family 71
キーワードCARBOHYDRATE / alpha-glucan / hydrolase / mutan / nigeran
機能・相同性glucan endo-1,3-alpha-glucosidase / glucan endo-1,3-alpha-glucosidase activity / Glycoside hydrolase family 71 / Glycosyl hydrolase family 71 / carbohydrate catabolic process / extracellular region / CITRIC ACID / TRIETHYLENE GLYCOL / glucan endo-1,3-alpha-glucosidase
機能・相同性情報
生物種Aspergillus nidulans FGSC A4 (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Mazurkewich, S. / Widen, T. / Branden, G. / Larsbrink, J.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council2020-03618 スウェーデン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The glycoside hydrolase family 71 (GH71) member AnGH71C from Aspergillus nidulans in complex with nigerotetraose.
著者: Mazurkewich, S. / Widen, T. / Branden, G. / Larsbrink, J.
履歴
登録2024年6月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside hydrolase family 71
B: Glycoside hydrolase family 71
C: Glycoside hydrolase family 71
D: Glycoside hydrolase family 71
X: Glycoside hydrolase family 71
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,86518
ポリマ－241,0555
非ポリマー4,81013
水12,394688
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15860 Å2
ΔGint63 kcal/mol
Surface area56100 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)80.273, 82.242, 87.069
Angle α, β, γ (deg.)103.520, 105.635, 117.592
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

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タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDX

#1: タンパク質
Glycoside hydrolase family 71


分子量: 48211.035 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aspergillus nidulans FGSC A4 (カビ)
遺伝子: ANIA_07349 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G5EB58

-
糖 , 4種, 8分子

#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpa1-3DGlcpa1-3DGlcpa1-3DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1/a3-b1_b3-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(3+1)][a-D-Glcp]{[(3+1)][a-D-Glcp]{[(3+1)][a-D-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpa1-3DGlcpa1-3DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1/a3-b1_b3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(3+1)][a-D-Glcp]{[(3+1)][a-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpa1-3DGlcpa1-3DGlcpa1-3DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-2-2-2/a3-b1_b3-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(3+1)][a-D-Glcp]{[(3+1)][a-D-Glcp]{[(3+1)][a-D-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpa1-3DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(3+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 5種, 693分子

#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#9: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 688 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M Citrate pH 5.0 with 20 % w/v PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.976254 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976254 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.916→41.7 Å / Num. obs: 82756 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 24.75 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 1.916→2.116 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.844 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4138 / CC1/2: 0.524 / % possible all: 65.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.92→41.7 Å / SU ML: 0.2315 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.1358
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2202 6245 7.55 %
Rwork0.1652 76487 -
obs0.1693 82732 62.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→41.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12697 0 323 688 13708
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008913469
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.137118417
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.27672005
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00752357
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.23034760
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.92-1.940.273730.264537X-RAY DIFFRACTION0.91
1.94-1.960.2905190.2288107X-RAY DIFFRACTION2.89
1.96-1.980.267260.2379276X-RAY DIFFRACTION6.9
1.98-2.010.25400.2531412X-RAY DIFFRACTION10.31
2.01-2.040.2745510.2488583X-RAY DIFFRACTION14.55
2.04-2.060.2803720.2446727X-RAY DIFFRACTION17.95
2.06-2.090.3284690.2422903X-RAY DIFFRACTION22.34
2.09-2.120.3011720.22921081X-RAY DIFFRACTION26.07
2.13-2.160.32221020.22681324X-RAY DIFFRACTION32.12
2.16-2.190.25941200.22391705X-RAY DIFFRACTION41.59
2.19-2.230.27852080.23042041X-RAY DIFFRACTION49.97
2.23-2.270.30881910.23012220X-RAY DIFFRACTION55.25
2.27-2.320.25932270.22532371X-RAY DIFFRACTION59.63
2.32-2.360.29542220.22832644X-RAY DIFFRACTION63.96
2.36-2.410.28412400.21612739X-RAY DIFFRACTION66.97
2.41-2.470.24772300.21322948X-RAY DIFFRACTION72.36
2.47-2.530.23542440.20873156X-RAY DIFFRACTION77.95
2.53-2.60.27072580.20493418X-RAY DIFFRACTION83.05
2.6-2.680.26173010.20813704X-RAY DIFFRACTION90.55
2.68-2.760.25853260.20563919X-RAY DIFFRACTION95.87
2.76-2.860.26083260.19653998X-RAY DIFFRACTION98.38
2.86-2.980.25483110.18424052X-RAY DIFFRACTION98.18
2.98-3.110.24073280.18064026X-RAY DIFFRACTION98.35
3.11-3.280.22823230.1554008X-RAY DIFFRACTION98.34
3.28-3.480.22653110.1464047X-RAY DIFFRACTION98.22
3.48-3.750.20013330.13053993X-RAY DIFFRACTION98.25
3.75-4.130.16053250.12273998X-RAY DIFFRACTION98.09
4.13-4.720.1733130.11434035X-RAY DIFFRACTION98.42
4.72-5.950.17263250.1324017X-RAY DIFFRACTION98.46
5.95-41.70.18333290.15873998X-RAY DIFFRACTION97.94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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