PDB-9fng: The glycoside hydrolase family 71 (GH71) member AnGH71C from Aspe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fng

タイトル

The glycoside hydrolase family 71 (GH71) member AnGH71C from Aspergillus nidulans in complex with glucose.

要素

Glycoside hydrolase family 71

キーワード

CARBOHYDRATE / alpha-glucan / hydrolase / mutan / nigeran

機能・相同性

glucan endo-1,3-alpha-glucosidase / glucan endo-1,3-alpha-glucosidase activity / Glycoside hydrolase family 71 / Glycosyl hydrolase family 71 / carbohydrate catabolic process / extracellular region / beta-D-glucopyranose / alpha-D-glucopyranose / glucan endo-1,3-alpha-glucosidase

機能・相同性情報

生物種

Aspergillus nidulans FGSC A4 (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.37 Å

データ登録者

Mazurkewich, S. / Widen, T. / Branden, G. / Larsbrink, J.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The glycoside hydrolase family 71 member AnGH71C from Aspergillus nidulans.
著者: Mazurkewich, S. / Widen, T. / Branden, G. / Larsbrink, J.

履歴

登録	2024年6月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fng.cif.gz	198.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fng.ent.gz	151.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fng.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9fng_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fng_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	9fng_validation.xml.gz	45.3 KB	表示
CIF形式データ	9fng_validation.cif.gz	65.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/9fng ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/9fng	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9fnfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
#198 - 2016年6月
β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase)
類似性 (1)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (1)
#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycoside hydrolase family 71

B: Glycoside hydrolase family 71

ヘテロ分子

97.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glycoside hydrolase family 71

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
48.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glycoside hydrolase family 71

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
48.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.018, 84.413, 102.224
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 130.560, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質

Glycoside hydrolase family 71

分子量: 48211.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Aspergillus nidulans FGSC A4 (カビ)
遺伝子: ANIA_07349 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G5EB58

#2: 糖

ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 糖

ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1012 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.4 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M Citrate pH 5.0 with 20 % w/v PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.37→42.09 Å / Num. obs: 353567 / % possible obs: 98.81 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 14.69 Å² / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Net I/σ(I): 7.52
反射シェル	解像度: 1.37→1.38 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.81 / Num. unique obs: 9796 / CC_1/2: 0.332 / CC star: 0.706 / % possible all: 85.82

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.19.2_4158	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.37→42.09 Å / SU ML: 0.1431 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.9602
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1821	13567	7.5 %
R_work	0.1633	167286	-
obs	0.1647	180853	98.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.37→42.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6288	0	48	1012	7348

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0061	6681
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8892	9158
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0877	966
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0066	1198
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.6484	2338

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.37-1.38	0.2793	390	0.2802	4858	X-RAY DIFFRACTION	85.82
1.38-1.4	0.3	444	0.271	5427	X-RAY DIFFRACTION	96.77
1.4-1.42	0.2901	434	0.2648	5527	X-RAY DIFFRACTION	98.46
1.42-1.44	0.2741	473	0.2574	5550	X-RAY DIFFRACTION	98.58
1.44-1.45	0.2727	445	0.2486	5507	X-RAY DIFFRACTION	98.69
1.45-1.47	0.2624	443	0.2423	5623	X-RAY DIFFRACTION	98.67
1.47-1.5	0.2412	463	0.2326	5464	X-RAY DIFFRACTION	98.82
1.5-1.52	0.247	447	0.2228	5558	X-RAY DIFFRACTION	98.77
1.52-1.54	0.2354	438	0.2126	5608	X-RAY DIFFRACTION	98.89
1.54-1.57	0.2181	461	0.2051	5562	X-RAY DIFFRACTION	98.9
1.57-1.59	0.2267	454	0.2002	5589	X-RAY DIFFRACTION	98.98
1.59-1.62	0.2165	463	0.1938	5567	X-RAY DIFFRACTION	99.21
1.62-1.65	0.2103	445	0.1811	5605	X-RAY DIFFRACTION	99.31
1.65-1.69	0.2055	461	0.1806	5566	X-RAY DIFFRACTION	99.29
1.69-1.72	0.2182	443	0.1803	5611	X-RAY DIFFRACTION	99.18
1.72-1.76	0.2087	465	0.1797	5586	X-RAY DIFFRACTION	99.46
1.76-1.81	0.2085	445	0.181	5614	X-RAY DIFFRACTION	99.57
1.81-1.86	0.1979	460	0.1735	5572	X-RAY DIFFRACTION	99.46
1.86-1.91	0.1875	461	0.1694	5637	X-RAY DIFFRACTION	99.67
1.91-1.97	0.1983	462	0.1657	5587	X-RAY DIFFRACTION	99.57
1.97-2.04	0.1903	443	0.1614	5661	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.04-2.13	0.1724	454	0.1588	5594	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.13-2.22	0.1889	461	0.1619	5674	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.22-2.34	0.1744	454	0.1613	5643	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.34-2.49	0.1801	452	0.1566	5652	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.49-2.68	0.1786	462	0.1604	5651	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.68-2.95	0.1875	461	0.1631	5696	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.95-3.37	0.1665	455	0.1455	5656	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.37-4.25	0.1323	458	0.1213	5685	X-RAY DIFFRACTION	99.79
4.25-42.09	0.1306	470	0.1271	5756	X-RAY DIFFRACTION	99.41

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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