PDB-9fnf: The glycoside hydrolase family 71 (GH71) member AnGH71C from Aspe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fnf

タイトル

The glycoside hydrolase family 71 (GH71) member AnGH71C from Aspergillus nidulans.

要素

Glycoside hydrolase family 71

キーワード

CARBOHYDRATE / alpha-glucan / hydrolase / mutan / nigeran

機能・相同性

glucan endo-1,3-alpha-glucosidase / glucan endo-1,3-alpha-glucosidase activity / Glycoside hydrolase family 71 / Glycosyl hydrolase family 71 / carbohydrate catabolic process / extracellular region / glucan endo-1,3-alpha-glucosidase

機能・相同性情報

生物種

Aspergillus nidulans FGSC A4 (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.33 Å

データ登録者

Mazurkewich, S. / Widen, T. / Branden, G. / Larsbrink, J.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The glycoside hydrolase family 71 member AnGH71C from Aspergillus nidulans.
著者: Mazurkewich, S. / Widen, T. / Branden, G. / Larsbrink, J.

履歴

登録	2024年6月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fnf.cif.gz	212.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fnf.ent.gz	162.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fnf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/9fnf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/9fnf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9fngC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glycoside hydrolase family 71

B: Glycoside hydrolase family 71

ヘテロ分子

97.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glycoside hydrolase family 71

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
48.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glycoside hydrolase family 71

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
48.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.194, 84.745, 103.322
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 130.853, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Glycoside hydrolase family 71 分子量: 48211.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aspergillus nidulans FGSC A4 (カビ) 遺伝子: ANIA_07349 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G5EB58
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.79 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M BIS-Tris pH 5.5 with 0.2 M ammonium sulphate and 25 % w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.33→39.08 Å / Num. obs: 397430 / % possible obs: 99.55 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 12.51 Å² / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.08722 / Net I/σ(I): 7.62
反射シェル	解像度: 1.33→1.35 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 1.014 / Mean I/σ(I) obs: 0.85 / Num. unique obs: 11634 / CC_1/2: 0.314 / CC star: 0.692 / % possible all: 89.33

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.19.2_4158	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.33→39.08 Å / SU ML: 0.1361 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.7654
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1763	15265	7.5 %
R_work	0.1588	188254	-
obs	0.1601	203519	99.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.33→39.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6322	0	76	1256	7654

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0075	6942
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9551	9524
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0929	974
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0074	1248
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.6755	2462

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.33-1.35	0.2991	454	0.2915	5706	X-RAY DIFFRACTION	89.33
1.35-1.36	0.2939	516	0.2839	6107	X-RAY DIFFRACTION	98.51
1.36-1.38	0.2733	510	0.2643	6294	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.38-1.4	0.2633	507	0.2477	6249	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.4-1.41	0.2564	500	0.2399	6367	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.41-1.43	0.2538	521	0.2286	6256	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.43-1.45	0.2451	508	0.2321	6259	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.48	0.2391	501	0.2166	6252	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.48-1.5	0.225	512	0.2106	6292	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.5-1.52	0.2132	519	0.2043	6290	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.52-1.55	0.2311	498	0.1987	6292	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.58	0.2087	524	0.1851	6270	X-RAY DIFFRACTION	100
1.58-1.61	0.1936	486	0.1749	6292	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.61-1.64	0.1801	522	0.1664	6282	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.64-1.68	0.1905	501	0.1603	6312	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.72	0.1802	520	0.1602	6308	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.72-1.76	0.1876	507	0.1616	6239	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.81	0.1751	513	0.16	6324	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.81-1.86	0.1829	507	0.1562	6264	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.86-1.92	0.1753	506	0.153	6307	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.92-1.99	0.1652	512	0.1537	6283	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.99-2.07	0.163	512	0.1469	6332	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.07-2.16	0.1598	511	0.1485	6307	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.16-2.27	0.1631	506	0.1505	6296	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.42	0.1695	513	0.1488	6290	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.42-2.6	0.1711	509	0.1507	6337	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.87	0.1865	520	0.1573	6353	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-3.28	0.159	515	0.1446	6311	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.28-4.13	0.1395	511	0.1245	6340	X-RAY DIFFRACTION	99.75
4.13-39.08	0.1415	524	0.1283	6443	X-RAY DIFFRACTION	99.63

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)