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- PDB-9fnb: TMEM106B filaments from Biondi bodies (Biondi variant) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fnb
タイトルTMEM106B filaments from Biondi bodies (Biondi variant)
要素Transmembrane protein 106B
キーワードPROTEIN FIBRIL / TMEM106B / Amyloid / Biondi bodies / Choroid plexus
機能・相同性
機能・相同性情報


lysosomal protein catabolic process / lysosomal lumen acidification / regulation of lysosome organization / lysosome localization / positive regulation of dendrite development / dendrite morphogenesis / lysosomal transport / lysosome organization / neuron cellular homeostasis / late endosome membrane ...lysosomal protein catabolic process / lysosomal lumen acidification / regulation of lysosome organization / lysosome localization / positive regulation of dendrite development / dendrite morphogenesis / lysosomal transport / lysosome organization / neuron cellular homeostasis / late endosome membrane / ATPase binding / lysosome / endosome / lysosomal membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transmembrane protein 106 / : / : / TM106 protein C-terminal domain / Transmembrane protein 106 N-terminal region
類似検索 - ドメイン・相同性
Transmembrane protein 106B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Ghetti, B. / Schweighauser, M. / Jacobsen, M.H. / Gray, D. / Bacioglu, M. / Murzin, A.G. / Glazier, B.S. / Vidal, R. / Newell, K.L. / Gao, S. ...Ghetti, B. / Schweighauser, M. / Jacobsen, M.H. / Gray, D. / Bacioglu, M. / Murzin, A.G. / Glazier, B.S. / Vidal, R. / Newell, K.L. / Gao, S. / Garringer, H.J. / Spillantini, M.G. / Scheres, S.H.W. / Goedert, M.
資金援助 英国, 米国, 5件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_A025-1013 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_U105184291 英国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)P30-AG010133 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)P30-AG072976 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)R01-NS110437 米国
引用ジャーナル: Acta Neuropathol / 年: 2024
タイトル: TMEM106B amyloid filaments in the Biondi bodies of ependymal cells.
著者: Bernardino Ghetti / Manuel Schweighauser / Max H Jacobsen / Derrick Gray / Mehtap Bacioglu / Alexey G Murzin / Bradley S Glazier / Taxiarchis Katsinelos / Ruben Vidal / Kathy L Newell / ...著者: Bernardino Ghetti / Manuel Schweighauser / Max H Jacobsen / Derrick Gray / Mehtap Bacioglu / Alexey G Murzin / Bradley S Glazier / Taxiarchis Katsinelos / Ruben Vidal / Kathy L Newell / Sujuan Gao / Holly J Garringer / Maria Grazia Spillantini / Sjors H W Scheres / Michel Goedert /
要旨: Biondi bodies are filamentous amyloid inclusions of unknown composition in ependymal cells of the choroid plexuses, ependymal cells lining cerebral ventricles and ependymal cells of the central canal ...Biondi bodies are filamentous amyloid inclusions of unknown composition in ependymal cells of the choroid plexuses, ependymal cells lining cerebral ventricles and ependymal cells of the central canal of the spinal cord. Their formation is age-dependent and they are commonly associated with a variety of neurodegenerative conditions, including Alzheimer's disease and Lewy body disorders. Here, we show that Biondi bodies are strongly immunoreactive with TMEM239, an antibody specific for inclusions of transmembrane protein 106B (TMEM106B). Biondi bodies were labelled by both this antibody and the amyloid dye pFTAA. Many Biondi bodies were also labelled for TMEM106B and the lysosomal markers Hexosaminidase A and Cathepsin D. By transmission immuno-electron microscopy, Biondi bodies of choroid plexuses were decorated by TMEM239 and were associated with structures that resembled residual bodies or secondary lysosomes. By electron cryo-microscopy, TMEM106B filaments from Biondi bodies of choroid plexuses were similar (Biondi variant), but not identical, to the fold I that was previously identified in filaments from brain parenchyma.
履歴
登録2024年6月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Transmembrane protein 106B
A: Transmembrane protein 106B
C: Transmembrane protein 106B
D: Transmembrane protein 106B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,55020
ポリマ－62,0114
非ポリマー3,53916
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Transmembrane protein 106B


分子量: 15502.680 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NUM4
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: TMEM106B Filaments / タイプ: TISSUE
詳細: TMEM106B filaments extracted from Biondi bodies of Alzheimer's disease
Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Brain / 組織: Choroid plexus
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 96000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1700 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 30 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION4.1粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
12RELION4.1３次元再構成
13Servalcatモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -0.46 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.88 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 685561
3次元再構成解像度: 2.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 38763 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築PDB-ID: 7QVC

7qvc


Accession code: 7QVC / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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