[日本語] English
万見
- PDB-9fn5: The REC domain (in the non-phosphorylated state) of XynC, a respo... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fn5
タイトルThe REC domain (in the non-phosphorylated state) of XynC, a response regulator from G.proteiniphilus T-6
要素Two-component response regulator
キーワードDNA BINDING PROTEIN / REC domain / response regulator / Geobacillus proteiniphilus T-6 / Geobacillus stearothermophilus
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator HTH, AraC- type / HTH domain AraC-type, conserved site / Bacterial regulatory proteins, araC family signature. / Helix-turn-helix domain / DNA binding HTH domain, AraC-type / Bacterial regulatory proteins, araC family DNA-binding domain profile. / helix_turn_helix, arabinose operon control protein / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain ...Transcription regulator HTH, AraC- type / HTH domain AraC-type, conserved site / Bacterial regulatory proteins, araC family signature. / Helix-turn-helix domain / DNA binding HTH domain, AraC-type / Bacterial regulatory proteins, araC family DNA-binding domain profile. / helix_turn_helix, arabinose operon control protein / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Two-component response regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus proteiniphilus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Hadad, N. / Lavid, N. / Pazy, Y. / Hiya, D. / Shoham, Y. / Shoham, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The REC domain (in the non-phosphorylated state) of XynC, a response regulator from G.proteiniphilus T-6
著者: Hadad, N. / Lavid, N. / Pazy, Y. / Hiya, D. / Shoham, Y. / Shoham, G.
履歴
登録2024年6月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Two-component response regulator
B: Two-component response regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6484
ポリマ－30,5992
非ポリマー492
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1370 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area12260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.737, 125.737, 39.087
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Space group name HallR3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#7: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3

-
要素

#1: タンパク質 Two-component response regulator


分子量: 15299.667 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus proteiniphilus (バクテリア)
遺伝子: xynC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q09LZ6
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 26% PEG 3350 and 0.15M Calcium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年8月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→36.79 Å / Num. obs: 9500 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 34.12 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.09 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 843 / CC1/2: 0.64 / Rpim(I) all: 0.39 / Rrim(I) all: 0.57

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→36.79 Å / SU ML: 0.3385 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.6302
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2475 427 4.5 %
Rwork0.1815 9061 -
obs0.1846 9488 98.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→36.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1987 0 2 42 2031
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00782015
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03662717
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0537317
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052347
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4651269
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.690.3181260.21712968X-RAY DIFFRACTION96.57
2.69-3.390.28261380.20013049X-RAY DIFFRACTION99.97
3.39-36.790.21941630.16263044X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.5082444158 Å / Origin y: -10.1921695058 Å / Origin z: -6.03058233937 Å
111213212223313233
T0.211651452037 Å20.0115457199509 Å2-0.00708063487634 Å2-0.254993040989 Å2-0.0446372119963 Å2--0.255263693348 Å2
L0.856895277164 °20.964408160814 °2-0.966840234983 °2-5.8229674013 °2-3.28298124773 °2--2.82592998732 °2
S0.0152199235714 Å °-0.0224813359601 Å °0.254002607561 Å °0.23662231304 Å °0.201437214596 Å °0.355625283426 Å °-0.31926221063 Å °-0.235279318694 Å °-0.230598161305 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る