PDB-9fmy: X-ray structure of the adduct of bis(maltolato)oxidovanadium(IV) ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fmy

タイトル

X-ray structure of the adduct of bis(maltolato)oxidovanadium(IV) with lysozyme upon the breakage of the maltolate ring

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / lysozyme / vanadium-based drug / protein metalation

機能・相同性

機能・相同性情報

lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.09 Å

データ登録者

Paolillo, M. / Ferraro, G. / Merlino, A.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Inorg Chem Front / 年: 2025
タイトル: Unexpected in crystallo reactivity of the potential drug bis (maltolato) oxidovanadium (IV) with lysozyme
著者: Paolillo, M. / Ferraro, G. / Cipollone, I. / Garribba, E. / Monti, M. / Merlino, A.

履歴

登録	2024年6月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fmy.cif.gz	77.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fmy.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fmy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9fmy_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fmy_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	9fmy_validation.xml.gz	11.9 KB	表示
CIF形式データ	9fmy_validation.cif.gz	16.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/9fmy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/9fmy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Lysozyme C

ヘテロ分子

15.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.110, 78.110, 37.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-302- HOH
2	1	AAA-324- HOH
3	1	AAA-338- HOH
4	1	AAA-369- HOH
5	1	AAA-411- HOH
6	1	AAA-455- HOH
7	1	AAA-466- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Lysozyme C 分子量: 14201.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: B8YK77, lysozyme

-
非ポリマー , 6種, 185分子

#2: 化合物	ChemComp-A1IE3 / bis(maltolato)oxidovanadium(IV) 分子量: 541.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₉N₂O₁₄V₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-VVB / bis(oxidanyl)vanadium 分子量: 84.956 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂O₂V / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-A1IE4 / pentakis(oxidanyl)-oxidanylidene-vanadium 分子量: 151.978 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₅O₆V / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 1.1 M sodium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 4.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.09→55.232 Å / Num. obs: 48619 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 22.9 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 29
反射シェル	解像度: 1.09→1.11 Å / Num. unique obs: 2359 / CC_1/2: 0.822

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.09→55.232 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.975 / SU B: 0.741 / SU ML: 0.016 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.028 / ESU R Free: 0.028 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1516	2489	5.22 %
R_work	0.1292	45192	-
all	0.13	-	-
obs	-	47681	98.255 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.108 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.193 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.193 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.387 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.09→55.232 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1024	0	18	176	1218

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.014	1111
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.014	986
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.645	1.685	1515
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.795	1.594	2249
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.758	5	136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.265	20.152	66
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.208	15	177
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.739	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.154	0.2	136
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.02	1311
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	300
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.28	0.2	280
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	926
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	554
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.093	0.2	513
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.311	0.2	104
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.017	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.136	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.279	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.24	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.376	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.857	1.566	535
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.161	1.552	534
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.007	2.343	674
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.069	2.363	675
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.27	1.98	575
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.346	1.974	566
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.029	2.842	841
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.021	2.823	833
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.014	20.901	1405
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.8	19.906	1350
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	15.291	3	2095

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.09-1.118	0.25	161	0.244	2841	0.244	3504	0.941	0.945	85.6735	0.212
1.118-1.149	0.22	148	0.203	3016	0.204	3447	0.952	0.962	91.79	0.171
1.149-1.182	0.197	185	0.174	3113	0.176	3342	0.957	0.967	98.6834	0.137
1.182-1.219	0.181	180	0.158	3092	0.16	3272	0.968	0.971	100	0.119
1.219-1.259	0.148	152	0.137	3006	0.137	3158	0.976	0.978	100	0.103
1.259-1.303	0.157	165	0.126	2899	0.128	3064	0.976	0.981	100	0.098
1.303-1.352	0.122	139	0.112	2822	0.112	2962	0.984	0.983	99.9662	0.087
1.352-1.407	0.134	151	0.106	2687	0.107	2840	0.983	0.985	99.9296	0.084
1.407-1.47	0.114	155	0.095	2592	0.096	2747	0.985	0.987	100	0.08
1.47-1.541	0.121	135	0.086	2502	0.088	2637	0.985	0.988	100	0.075
1.541-1.624	0.113	140	0.09	2373	0.091	2514	0.985	0.988	99.9602	0.083
1.624-1.723	0.146	112	0.092	2242	0.094	2354	0.98	0.987	100	0.089
1.723-1.842	0.124	117	0.099	2132	0.1	2250	0.982	0.986	99.9556	0.1
1.842-1.989	0.14	120	0.111	1959	0.113	2080	0.978	0.983	99.9519	0.12
1.989-2.179	0.142	94	0.112	1851	0.114	1945	0.979	0.984	100	0.127
2.179-2.435	0.142	90	0.11	1668	0.111	1758	0.975	0.983	100	0.129
2.435-2.811	0.138	80	0.123	1490	0.123	1570	0.976	0.978	100	0.15
2.811-3.441	0.156	72	0.131	1281	0.133	1353	0.972	0.978	100	0.169
3.441-4.857	0.155	60	0.137	1011	0.138	1071	0.978	0.979	100	0.176
4.857-55.232	0.256	33	0.265	609	0.265	647	0.894	0.921	99.2272	0.318

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