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- PDB-9fmr: Structure of DDB1/Cdk12/Cyclin K with molecular glue SR-4835 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fmr
タイトルStructure of DDB1/Cdk12/Cyclin K with molecular glue SR-4835
要素
  • Cyclin-K
  • Cyclin-dependent kinase 12
  • DNA damage-binding protein 1
キーワードTRANSCRIPTION / Cyclin-dependent kinase / CDK / cyclin / inhibitor / SR-4835 / molecular glue
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclin K-CDK12 complex / cyclin K-CDK13 complex / nuclear cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / regulation of MAP kinase activity / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / host-mediated suppression of viral genome replication / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / negative regulation of stem cell differentiation / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity ...cyclin K-CDK12 complex / cyclin K-CDK13 complex / nuclear cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / regulation of MAP kinase activity / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / host-mediated suppression of viral genome replication / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / negative regulation of stem cell differentiation / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / [RNA-polymerase]-subunit kinase / spindle assembly involved in female meiosis / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / WD40-repeat domain binding / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / viral release from host cell / cellular response to estrogen stimulus / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / cullin family protein binding / regulation of signal transduction / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / ectopic germ cell programmed cell death / positive regulation of viral genome replication / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of MAPK cascade / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / proteasomal protein catabolic process / positive regulation of gluconeogenesis / RNA splicing / cyclin binding / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / nucleotide-excision repair / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / sperm end piece / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / regulation of circadian rhythm / DNA Damage Recognition in GG-NER / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Wnt signaling pathway / mRNA processing / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to UV / rhythmic process / site of double-strand break / sperm principal piece / Neddylation / sperm midpiece / transcription by RNA polymerase II / ubiquitin-dependent protein catabolic process / damaged DNA binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / protein kinase activity / chromosome, telomeric region / nuclear speck / protein ubiquitination / cell division / protein serine kinase activity / DNA repair / apoptotic process / DNA damage response / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / : / DNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclin-T2-like, C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / : / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal ...Cyclin-T2-like, C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / : / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / : / CPSF A subunit region / RSE1/DDB1/CPSF1 first beta-propeller / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-RMF / Cyclin-K / DNA damage-binding protein 1 / Cyclin-dependent kinase 12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Anand, K. / Schmitz, M. / Geyer, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号
German Research Foundation (DFG)EXC2151-390873048 ドイツ
引用ジャーナル: Rsc Chem Biol / : 2024
タイトル: Discovery and design of molecular glue enhancers of CDK12-DDB1 interactions for targeted degradation of cyclin K.
著者: Ghosh, P. / Schmitz, M. / Pandurangan, T. / Zeleke, S.T. / Chan, S.C. / Mosior, J. / Sun, L. / Palve, V. / Grassie, D. / Anand, K. / Frydman, S. / Roush, W.R. / Schonbrunn, E. / Geyer, M. / ...著者: Ghosh, P. / Schmitz, M. / Pandurangan, T. / Zeleke, S.T. / Chan, S.C. / Mosior, J. / Sun, L. / Palve, V. / Grassie, D. / Anand, K. / Frydman, S. / Roush, W.R. / Schonbrunn, E. / Geyer, M. / Duckett, D. / Monastyrskyi, A.
履歴
登録2024年6月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA damage-binding protein 1
B: Cyclin-dependent kinase 12
C: Cyclin-K
D: DNA damage-binding protein 1
E: Cyclin-dependent kinase 12
F: Cyclin-K
G: DNA damage-binding protein 1
H: Cyclin-dependent kinase 12
I: Cyclin-K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)507,35712
ポリマ-505,8599
非ポリマー1,4983
905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)249.521, 249.521, 218.535
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 393 or resid 709 through 1140))
d_2ens_1(chain "D" and (resid 1 through 393 or resid 709 through 1140))
d_3ens_1(chain "G" and (resid 1 through 393 or resid 709 through 1140))
d_1ens_2(chain "B" and (resid 713 through 1042 or resid 1101))
d_2ens_2chain "E"
d_3ens_2(chain "H" and (resid 713 through 1042 or resid 1101))
d_1ens_3chain "C"
d_2ens_3chain "F"
d_3ens_3chain "I"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1METMETGLYGLYAA1 - 39329 - 421
d_12ens_1LYSLYSHISHISAA709 - 1140433 - 864
d_21ens_1METMETGLYGLYDD1 - 39329 - 421
d_22ens_1LYSLYSHISHISDD709 - 1140433 - 864
d_31ens_1METMETGLYGLYGG1 - 39329 - 421
d_32ens_1LYSLYSHISHISGG709 - 1140433 - 864
d_11ens_2GLYGLYLEULEUBB713 - 10421 - 330
d_12ens_2RMFRMFRMFRMFBJ1101
d_21ens_2GLYGLYLEULEUEE713 - 10421 - 330
d_22ens_2RMFRMFRMFRMFEK1101
d_31ens_2GLYGLYLEULEUHH713 - 10421 - 330
d_32ens_2RMFRMFRMFRMFHL1101
d_11ens_3THRTHRHISHISCC20 - 26721 - 268
d_21ens_3THRTHRHISHISFF20 - 26721 - 268
d_31ens_3THRTHRHISHISII20 - 26721 - 268

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.263654794853, 0.0784387244836, -0.961422651934), (-0.933367378307, -0.23089183551, -0.274798648846), (-0.243539496311, 0.969812521468, 0.0123364071043)-28.7274640373, -159.027846154, 72.7716982584
2given(0.173982162137, -0.950975126613, -0.255688317726), (0.096966481787, -0.241842268849, 0.965458346283), (-0.979963115973, -0.192765727144, 0.050136471464)-126.509150266, -103.11251078, -69.5605957804
3given(0.240467645527, 0.0768913483735, -0.967606858181), (-0.930069842117, -0.266995440154, -0.252355946476), (-0.277750607991, 0.960625398104, 0.00731055938159)-31.3825486835, -160.089219442, 68.7106570572
4given(0.207835779604, -0.945378055968, -0.25112670111), (0.120881873856, -0.22994126674, 0.965667948325), (-0.970665679464, -0.231057017085, 0.0664890484719)-122.847284318, -100.202923608, -70.7191397051
5given(0.224166388363, 0.0538267704044, -0.973063260593), (-0.923088549566, -0.30844477243, -0.229715807076), (-0.312501135979, 0.949718116679, -0.0194560752246)-35.3520446883, -162.292640481, 63.6779863583
6given(0.271462105811, -0.935597636419, -0.225755150189), (0.103306191548, -0.204883117863, 0.97331944335), (-0.956888789723, -0.287541250506, 0.0410350260197)-114.885037122, -100.427184685, -74.0140624915

-
要素

#1: タンパク質 DNA damage-binding protein 1 / DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / ...DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / HBV X-associated protein 1 / XAP-1 / UV-damaged DNA-binding factor / UV-damaged DNA-binding protein 1 / UV-DDB 1 / XPE-binding factor / XPE-BF / Xeroderma pigmentosum group E-complementing protein / XPCe


分子量: 96425.586 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: human DDB1 (1-1140, delta396-705 replaced with GNGNSE) with an N-terminal HisSpy-tag as described for AddGene plasmid #124213.,human DDB1 (1-1140, delta396-705 replaced with GNGNSE) with an N- ...詳細: human DDB1 (1-1140, delta396-705 replaced with GNGNSE) with an N-terminal HisSpy-tag as described for AddGene plasmid #124213.,human DDB1 (1-1140, delta396-705 replaced with GNGNSE) with an N-terminal HisSpy-tag as described for AddGene plasmid #124213.,human DDB1 (1-1140, delta396-705 replaced with GNGNSE) with an N-terminal HisSpy-tag as described for AddGene plasmid #124213.,human DDB1 (1-1140, delta396-705 replaced with GNGNSE) with an N-terminal HisSpy-tag as described for AddGene plasmid #124213.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDB1, XAP1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q16531
#2: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 12 / Cdc2-related kinase / arginine/serine-rich / CrkRS / Cell division cycle 2-related protein kinase 7 ...Cdc2-related kinase / arginine/serine-rich / CrkRS / Cell division cycle 2-related protein kinase 7 / CDC2-related protein kinase 7 / Cell division protein kinase 12 / hCDK12


分子量: 40764.992 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: our construct starts at GQTES...ends at PPPS we have added the compound named RMF into it. it is not replacing any residue, it is a compound name that is already recognized by pdb (pl. see pdb 8p81 or 8bu5)
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK12, CRK7, CRKRS, KIAA0904
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NYV4, cyclin-dependent kinase, [RNA-polymerase]-subunit kinase
#3: タンパク質 Cyclin-K


分子量: 31429.172 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNK, CPR4
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O75909
#4: 化合物 ChemComp-RMF / ~{N}-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methyl]-9-(1-methylpyrazol-4-yl)-2-morpholin-4-yl-purin-6-amine


分子量: 499.356 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / : C21H20Cl2N10O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.55 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1 M potassium citrate and 15% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.9→50 Å / Num. obs: 1401478 / % possible obs: 91.42 % / 冗長度: 19.6 % / Biso Wilson estimate: 210.19 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 3.9→4.04 Å / Num. unique obs: 1811 / CC1/2: 0.117

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.9→36.71 Å / SU ML: 0.6285 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.1091
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2498 3785 3.07 %
Rwork0.2078 119560 -
obs0.2091 123345 89.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 243.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.9→36.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数33778 0 102 5 33885
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002334601
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.543546788
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04215176
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00335995
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.520612937
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.17693578033
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.15368503224
ens_2d_2BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.34729276458
ens_2d_3BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.47315332673
ens_3d_2CCX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.908610697273
ens_3d_3CCX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.685736558513
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.9-3.950.319930.4216148X-RAY DIFFRACTION2.98
3.95-40.5078200.4111709X-RAY DIFFRACTION14.16
4-4.060.3901590.38252025X-RAY DIFFRACTION41.06
4.06-4.110.36771170.38113325X-RAY DIFFRACTION66.85
4.11-4.180.3171390.37434176X-RAY DIFFRACTION84.99
4.18-4.240.43511440.36394838X-RAY DIFFRACTION96.68
4.24-4.310.36151540.34384985X-RAY DIFFRACTION99.38
4.31-4.380.40221530.34074928X-RAY DIFFRACTION99.76
4.38-4.460.35951620.32144965X-RAY DIFFRACTION99.96
4.46-4.550.3321520.30765031X-RAY DIFFRACTION100
4.55-4.640.29931520.29794906X-RAY DIFFRACTION99.96
4.64-4.740.29511580.2855051X-RAY DIFFRACTION100
4.74-4.850.32481560.27424904X-RAY DIFFRACTION99.98
4.85-4.970.29641560.25585010X-RAY DIFFRACTION100
4.97-5.110.32751600.24744964X-RAY DIFFRACTION99.98
5.11-5.260.30041560.25334938X-RAY DIFFRACTION100
5.26-5.430.26921660.24234991X-RAY DIFFRACTION99.98
5.43-5.620.28971580.24374988X-RAY DIFFRACTION100
5.62-5.840.2361560.23414948X-RAY DIFFRACTION100
5.85-6.110.25871560.22494940X-RAY DIFFRACTION100
6.11-6.430.26611660.22545008X-RAY DIFFRACTION100
6.43-6.830.30761600.22744959X-RAY DIFFRACTION100
6.83-7.350.24411510.2014986X-RAY DIFFRACTION100
7.35-8.090.24251640.18574991X-RAY DIFFRACTION100
8.09-9.240.17351500.1574959X-RAY DIFFRACTION100
9.24-11.580.14811680.11354934X-RAY DIFFRACTION99.69
11.59-36.710.24471490.15794953X-RAY DIFFRACTION99.18
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -77.8352352448 Å / Origin y: -72.4046882779 Å / Origin z: 22.6262540869 Å
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S-0.0132427242582 Å °-0.166755993166 Å °0.00299932018365 Å °0.0321384771743 Å °0.0389565631258 Å °0.0400933408194 Å °-0.068408134502 Å °-0.0827627692826 Å °-0.023369879693 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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