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- PDB-9fmp: Crystal structure of phosphorylated C. merolae LAMMER-like dual s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fmp
タイトルCrystal structure of phosphorylated C. merolae LAMMER-like dual specificity kinase (CmLIK) kinase domain in complex with adenosine
要素(LAMMER-like dual specificity kinase) x 2
キーワードTRANSFERASE / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / TYROSINE-PROTEIN KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE / LAMMER-like dual specificity kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Cyanidioschyzon merolae (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Dimos-Roehl, B. / Haltenhof, T. / Kotte, A. / Heyd, F. / Loll, B.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of C. merolae LAMMER-like dual specificity kinase CmLIK kinase domain
著者: Dimos-Roehl, B. / Haltenhof, T. / Kotte, A. / Heyd, F. / Loll, B.
履歴
登録2024年6月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LAMMER-like dual specificity kinase
B: LAMMER-like dual specificity kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,06531
ポリマ－85,8552
非ポリマー2,21029
水1,65792
1
A: LAMMER-like dual specificity kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,08617
ポリマ－42,8871
非ポリマー1,19816
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: LAMMER-like dual specificity kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,97914
ポリマ－42,9671
非ポリマー1,01213
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.126, 100.892, 109.681
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 LAMMER-like dual specificity kinase


分子量: 42887.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cyanidioschyzon merolae (真核生物)
遺伝子: CYME_CMR245C / プラスミド: pGex-6P / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: M1UWB5
#2: タンパク質 LAMMER-like dual specificity kinase


分子量: 42967.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cyanidioschyzon merolae (真核生物)
遺伝子: CYME_CMR245C / プラスミド: pGex-6P / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: M1UWB5
#3: 化合物 ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン


分子量: 267.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.33 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris pH 8.0, 20 % (v/v) ethanol, 30 % (w/v) ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月25日
放射モノクロメーター: Si-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→50 Å / Num. obs: 22375 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 40.67 Å2 / CC1/2: 0.976 / Net I/σ(I): 5.24
反射 シェル解像度: 2.69→2.85 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.06 / Num. unique obs: 3593 / CC1/2: 0.476

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.69→48.18 Å / SU ML: 0.363 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.4701
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2678 1119 5 %
Rwork0.2032 21251 -
obs0.2064 22370 99.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.69→48.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5789 0 146 92 6027
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00286070
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56648185
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441896
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00541047
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.35172261
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.69-2.810.3361310.2652496X-RAY DIFFRACTION93.99
2.81-2.960.29351390.2562627X-RAY DIFFRACTION99.93
2.96-3.150.30871380.2522622X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.390.36011390.23422650X-RAY DIFFRACTION99.96
3.39-3.730.31141400.20582663X-RAY DIFFRACTION100
3.73-4.270.24281400.18292664X-RAY DIFFRACTION100
4.27-5.380.22251430.16322707X-RAY DIFFRACTION100
5.38-48.180.21041490.18392822X-RAY DIFFRACTION99.76
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9294808868460.460858707634-0.2025625266560.460828887249-0.198489335390.08435016484530.002071810586370.0318574980867-0.231434138290.0679694543861-0.104206669354-0.1366373486160.02248445835920.085087234205-0.0002884317157360.253789937033-0.0167251447469-0.01033603400580.2161556500540.004338113661290.17036570963423.5398833691-23.8019903887-3.03871644366
20.1130967271810.2052682049030.001588115786070.375893951135-0.05072993767360.857911511248-0.01237182529340.00593872616920.0110328910924-0.0761666032656-0.0647160874070.06643658929060.005792778006830.0331953065594-5.92622158726E-50.209418652182-0.003916837286520.0009802249725850.1578455833610.02265208531720.23476906789829.8088844594-2.7576581022-14.6238807745
30.1610893505070.068177069004-0.0358624537470.1708711258320.09039459656630.0849465748697-0.0220951554270.268896162036-0.003844891119410.1074136858280.08638601055980.12481875002-0.0371931222418-0.07393532044840.000454284350660.2707631262-0.001997015710760.0383866439160.3237615898310.0490415953570.25816123114711.4458442123-27.7177464252-60.9612987511
40.792511845187-0.176893560152-0.2424635198640.119278650643-0.116178527840.685669159109-0.0616298984332-0.0587457833048-0.044031837354-0.0445511092589-0.05265599206750.002564144190780.0800823369612-0.00355004837292-0.01089820880380.178639628628-0.02287176578960.01055987279640.1872905175110.001523778377210.19497301656410.4637534011-30.3758355162-34.6209768848
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 449 through 608 )AA449 - 6081 - 160
22chain 'A' and (resid 609 through 809 )AA609 - 809161 - 361
33chain 'B' and (resid 451 through 522 )BB451 - 5221 - 72
44chain 'B' and (resid 523 through 808 )BB523 - 80873 - 357

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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