PDB-9fmn: Structure of Human PADI6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fmn

タイトル

Structure of Human PADI6

要素

Protein-arginine deiminase type-6

キーワード

HYDROLASE / DEIMINASE / PADI6

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of translation by machinery localization / cytoplasm organization / cortical granule / embryonic cleavage / intermediate filament cytoskeleton / Chromatin modifying enzymes / cytoskeleton organization / in utero embryonic development / calcium ion binding / identical protein binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.44 Å

データ登録者

Mouilleron, S. / Walport, L. / Williams, J. / Marsh, A.J. / Hernandez Trapero, R.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2024
タイトル: Structural insight into the function of human peptidyl arginine deiminase 6.
著者: Williams, J.P.C. / Mouilleron, S. / Trapero, R.H. / Bertran, M.T. / Marsh, J.A. / Walport, L.J.

履歴

登録	2024年6月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fmn.cif.gz	878.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fmn.ent.gz	616.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fmn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9fmn_validation.pdf.gz	442.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fmn_full_validation.pdf.gz	468.8 KB	表示
XML形式データ	9fmn_validation.xml.gz	52.1 KB	表示
CIF形式データ	9fmn_validation.cif.gz	65.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/9fmn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/9fmn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein-arginine deiminase type-6

B: Protein-arginine deiminase type-6

156 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.044, 123.332, 126.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Protein-arginine deiminase type-6 / Peptidyl arginine deiminase-like protein / Peptidylarginine deiminase VI / hPADVI / Protein- ...Peptidyl arginine deiminase-like protein / Peptidylarginine deiminase VI / hPADVI / Protein-arginine deiminase type VI 分子量: 77806.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PADI6, PAD6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6TGC4, protein-arginine deiminase

#1: タンパク質

Protein-arginine deiminase type-6 / Peptidyl arginine deiminase-like protein / Peptidylarginine deiminase VI / hPADVI / Protein- ...

分子量: 77806.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PADI6, PAD6 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6TGC4, protein-arginine deiminase

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20.9% w/v PEG3350, 0.2 M KSCN, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.44→54.06 Å / Num. obs: 61221 / % possible obs: 99.19 % / 冗長度: 13.8 % / B_iso Wilson estimate: 58.14 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.36 / Net I/σ(I): 4.98
反射シェル	解像度: 2.44→2.52 Å / R_merge(I) obs: 5.62 / Num. unique obs: 6051 / CC_1/2: 0.39

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
DIALS		データ削減
xia2.multiplex		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.44→54.06 Å / SU ML: 0.5279 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 40.7148
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3074	3026	4.98 %
R_work	0.2581	57703	-
obs	0.2606	60729	99.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 78.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.44→54.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10224	0	0	0	10224

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0035	10457
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6094	14223
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0446	1629
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0052	1819
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.8413	1411

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.44-2.48	0.5132	144	0.4911	2428	X-RAY DIFFRACTION	93.49
2.48-2.52	0.4953	150	0.469	2529	X-RAY DIFFRACTION	98.06
2.52-2.56	0.47	126	0.4529	2615	X-RAY DIFFRACTION	98.6
2.56-2.61	0.4879	135	0.4327	2556	X-RAY DIFFRACTION	99.04
2.61-2.66	0.4409	132	0.4187	2590	X-RAY DIFFRACTION	99.2
2.66-2.71	0.4182	116	0.4043	2596	X-RAY DIFFRACTION	99.16
2.71-2.77	0.4538	137	0.3934	2607	X-RAY DIFFRACTION	99.24
2.77-2.84	0.3944	146	0.3759	2581	X-RAY DIFFRACTION	99.53
2.84-2.91	0.3618	142	0.3306	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.42
2.91-2.99	0.411	124	0.3432	2634	X-RAY DIFFRACTION	99.32
2.99-3.07	0.3641	116	0.3343	2613	X-RAY DIFFRACTION	99.42
3.07-3.17	0.3753	161	0.328	2604	X-RAY DIFFRACTION	99.64
3.17-3.29	0.4301	124	0.311	2643	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.29-3.42	0.3163	112	0.2903	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.42-3.57	0.3002	133	0.2659	2629	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.57-3.76	0.3233	153	0.2603	2607	X-RAY DIFFRACTION	99.64
3.76-4	0.2724	129	0.2238	2666	X-RAY DIFFRACTION	99.68
4-4.31	0.2457	140	0.2104	2649	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.31-4.74	0.2367	134	0.178	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
4.74-5.42	0.2356	149	0.1806	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
5.43-6.83	0.2924	152	0.213	2707	X-RAY DIFFRACTION	99.93
6.83-54.06	0.2516	171	0.2044	2812	X-RAY DIFFRACTION	99.63

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.208540097741	-0.145027591664	-0.140315249726	0.114950817257	0.125929523045	0.116272844709	-0.0201099271311	0.117285737748	-0.0452885435301	-0.0693806222392	-0.0808866591489	-0.0801348422795	-0.031920387623	0.0869765366333	-3.2452297127E-5	0.563090102236	-0.0429527364443	0.0478555047835	0.547543564414	-0.0227178708684	0.543062444022	25.8962325204	23.3916330761	-47.0387151025
2	0.468235803856	0.351914477359	-0.184083509704	0.673715271614	-0.00151517742747	0.238692035216	0.0682816236737	-0.0252696735828	0.180672741879	0.0142304724487	0.00151790304256	0.0146371536318	-0.278090992614	0.0159100768143	-0.00025504733484	0.481825593686	0.0531842726804	0.0201371008091	0.405258964166	-0.0441811499591	0.490720128291	8.24143176025	38.8341515227	-14.6882510797
3	0.38166276096	0.252265308312	0.0970082229047	0.397884993523	0.253503959751	0.33132798288	0.0421183033711	-0.104474571732	0.0264225729783	0.209601829731	-0.0872652886634	-0.01064077451	-0.110197776878	-0.257566079652	-7.627778729E-6	0.654808537736	-0.0300014837086	0.0297600314163	0.77361305834	-0.00408550360401	0.527606319194	-0.242930911433	19.7021793316	15.060861854
4	0.136072146809	-0.137830289158	0.0257628259422	0.132068750516	-0.0420350088831	0.0565551530971	-0.113547610497	0.0809612752536	0.00134488780464	0.0728814066045	0.0933758089946	0.0234541082145	0.390441788685	-0.0376352734466	-5.97318856814E-5	0.602952496791	-0.0223955424409	-0.0274082390461	0.664264604899	0.0231078066721	0.641561540911	4.00049836241	-7.85363782809	12.0899055323
5	0.264921277528	0.0357577284907	0.178793256331	0.291093525329	-0.124382307878	0.445835162312	0.0109912721788	-0.00216230369967	-0.0110803352437	-0.109974083586	-0.0431145120928	0.0116963337203	-0.00113793338234	-0.117555219122	0.00180082094825	0.416667481568	-0.0451014904616	-0.028369392141	0.463850455154	-0.00393000938879	0.50192684817	-7.42308873617	12.8312998205	-39.1982205219

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 7 through 156 )	A	A	7 - 156	1 - 143
2	2	chain 'A' and (resid 157 through 407 )	A	A	157 - 407	144 - 376
3	3	chain 'A' and (resid 408 through 694 )	A	A	408 - 694	377 - 663
4	4	chain 'B' and (resid 8 through 146 )	B	B	8 - 146	1 - 131
5	5	chain 'B' and (resid 147 through 694 )	B	B	147 - 694	132 - 666

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