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- PDB-9fmm: Structure of human ACE2 in complex with a fluorinated small molec... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fmm
タイトルStructure of human ACE2 in complex with a fluorinated small molecule inhibitor
要素Angiotensin-converting enzyme 2
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Enzyme / peptidase / SARS-CoV-2 receptor / renin-angiotensin-aldosterone system
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / angiotensin-mediated drinking behavior / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / positive regulation of gap junction assembly / tryptophan transport / regulation of cardiac conduction / regulation of vasoconstriction ...positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / angiotensin-mediated drinking behavior / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / positive regulation of gap junction assembly / tryptophan transport / regulation of cardiac conduction / regulation of vasoconstriction / peptidyl-dipeptidase activity / maternal process involved in female pregnancy / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / carboxypeptidase activity / angiotensin maturation / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / metallocarboxypeptidase activity / viral life cycle / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of transmembrane transporter activity / regulation of cytokine production / blood vessel diameter maintenance / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / brush border membrane / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / metallopeptidase activity / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / endocytic vesicle membrane / regulation of cell population proliferation / virus receptor activity / regulation of inflammatory response / endopeptidase activity / Potential therapeutics for SARS / Induction of Cell-Cell Fusion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / receptor-mediated virion attachment to host cell / cilium / apical plasma membrane / membrane raft / endoplasmic reticulum lumen / symbiont entry into host cell / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Angiotensin-converting enzyme 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Benoit, R.B. / Rodrigues, M.J. / Wieser, M.M.
資金援助 スイス, 3件
組織認可番号国
Other privatePromedica 1401/M
Swiss National Science FoundationCRSK-3_190414 スイス
Swiss National Science Foundation198274 スイス
引用ジャーナル: Eur J Nucl Med Mol Imaging / 年: 2024
タイトル: Development of radiofluorinated MLN-4760 derivatives for PET imaging of the SARS-CoV-2 entry receptor ACE2.
著者: Wang, J. / Beyer, D. / Vaccarin, C. / He, Y. / Tanriver, M. / Benoit, R. / Deupi, X. / Mu, L. / Bode, J.W. / Schibli, R. / Muller, C.
履歴
登録2024年6月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.32024年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Angiotensin-converting enzyme 2
B: Angiotensin-converting enzyme 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,31026
ポリマ－169,3172
非ポリマー2,99324
水2,738152
1
A: Angiotensin-converting enzyme 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,16813
ポリマ－84,6581
非ポリマー1,51012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Angiotensin-converting enzyme 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,14213
ポリマ－84,6581
非ポリマー1,48312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.300, 82.900, 105.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.200, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 AB

#1: タンパク質 Angiotensin-converting enzyme 2 / Angiotensin-converting enzyme homolog / ACEH / Angiotensin-converting enzyme-related ...Angiotensin-converting enzyme homolog / ACEH / Angiotensin-converting enzyme-related carboxypeptidase / ACE-related carboxypeptidase / Metalloprotease MPROT15


分子量: 84658.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACE2, UNQ868/PRO1885 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q9BYF1, angiotensin-converting enzyme 2, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 170分子

#2: 化合物 ChemComp-A1IDX / (2~{S})-2-[[(2~{S})-3-[3-[(3-chloranyl-5-fluoranyl-phenyl)methyl]imidazol-4-yl]-1-oxidanyl-1-oxidanylidene-propan-2-yl]amino]-4-methyl-pentanoic acid


分子量: 411.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23ClFN3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 20% w/v PEG 3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→48.36 Å / Num. obs: 110900 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.58 % / CC1/2: 0.978 / Net I/σ(I): 6.52
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 3.62 % / Num. unique obs: 8186 / CC1/2: 0.235 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
PHENIX1.20_4459精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→48.36 Å / SU ML: 0.4215 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.86 / 位相誤差: 31.5343
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2651 5532 4.99 %
Rwork0.2126 105309 -
obs0.2152 110841 98.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11022 0 183 152 11357
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007811486
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.923115563
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05351645
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00772006
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.45834226
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.530.44731810.38123440X-RAY DIFFRACTION95.97
2.53-2.560.38531830.35423512X-RAY DIFFRACTION99.46
2.56-2.590.37311870.32853582X-RAY DIFFRACTION99.63
2.59-2.620.36551880.31293564X-RAY DIFFRACTION99.42
2.62-2.660.32321850.30853550X-RAY DIFFRACTION99.36
2.66-2.690.36651840.30093575X-RAY DIFFRACTION99.37
2.69-2.730.32481860.29143493X-RAY DIFFRACTION99.24
2.73-2.770.33851880.29623546X-RAY DIFFRACTION98.84
2.77-2.820.31181860.29273518X-RAY DIFFRACTION98.91
2.82-2.860.34211910.29063610X-RAY DIFFRACTION99.42
2.86-2.910.32351850.2723490X-RAY DIFFRACTION98.9
2.91-2.960.36411850.25963519X-RAY DIFFRACTION98.98
2.96-3.020.34051880.24463537X-RAY DIFFRACTION98.65
3.02-3.080.28241820.23133531X-RAY DIFFRACTION98.44
3.08-3.150.25081820.21513482X-RAY DIFFRACTION96.98
3.15-3.220.26471740.23263357X-RAY DIFFRACTION94.01
3.22-3.30.29571790.22953407X-RAY DIFFRACTION94.67
3.3-3.390.30731850.21933527X-RAY DIFFRACTION99.49
3.39-3.490.2911890.20763560X-RAY DIFFRACTION99.73
3.49-3.610.25041860.19553557X-RAY DIFFRACTION99.49
3.61-3.730.26961840.18723519X-RAY DIFFRACTION99.57
3.73-3.880.22151870.17773565X-RAY DIFFRACTION99.47
3.88-4.060.21621890.17713577X-RAY DIFFRACTION99.24
4.06-4.270.2391810.17293505X-RAY DIFFRACTION99.01
4.27-4.540.21341850.17563525X-RAY DIFFRACTION98.12
4.54-4.890.24071860.17443486X-RAY DIFFRACTION97.48
4.89-5.380.24931850.19163476X-RAY DIFFRACTION97.13
5.38-6.160.2321750.21473329X-RAY DIFFRACTION93.34
6.16-7.760.21691810.19963449X-RAY DIFFRACTION96.54
7.76-48.360.23371850.17973521X-RAY DIFFRACTION98.46

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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