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- PDB-9fmb: Crystal structure of human IgD-Fc -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fmb
タイトルCrystal structure of human IgD-Fc
要素Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant delta
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / immunoglobulin / IgD / Fc region
機能・相同性
機能・相同性情報


IgD immunoglobulin complex / positive regulation of interleukin-1 production / CD22 mediated BCR regulation / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / B cell receptor signaling pathway / blood microparticle / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS ...IgD immunoglobulin complex / positive regulation of interleukin-1 production / CD22 mediated BCR regulation / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / B cell receptor signaling pathway / blood microparticle / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / immune response / extracellular space / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin D, delta linker region / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain ...: / Immunoglobulin D, delta linker region / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Immunoglobulin heavy constant delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Davies, A.M. / McDonnell, J.M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/V010557/1 英国
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2025
タイトル: The Crystal Structure of Human IgD-Fc Reveals Unexpected Differences With Other Antibody Isotypes.
著者: Davies, A.M. / Bui, T.T.T. / Pacheco-Gomez, R. / Vester, S.K. / Beavil, A.J. / Gould, H.J. / Sutton, B.J. / McDonnell, J.M.
履歴
登録2024年6月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant delta
B: Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant delta
C: Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant delta
D: Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,64419
ポリマ－103,0284
非ポリマー6,61615
水27015
1
A: Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant delta
B: Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9759
ポリマ－51,5142
非ポリマー3,4617
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant delta
D: Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,66910
ポリマ－51,5142
非ポリマー3,1558
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.825, 43.667, 121.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.96, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant delta / Ig delta chain C region / Ig delta chain C region NIG-65 / Ig delta chain C region WAH


分子量: 25757.117 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHD / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01880

-
糖 , 4種, 7分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1559.386 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1_g3-h1_g6-i1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 23分子

#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#8: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.53 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Bis-Tris pH5.5, 25% PEG 3350, 0.2M ammonium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.6888 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.6888 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→52.45 Å / Num. obs: 21769 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 15.5 % / Biso Wilson estimate: 38.73 Å2 / CC1/2: 0.962 / Rpim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 3→3.18 Å / 冗長度: 15.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3452 / CC1/2: 0.349 / Rpim(I) all: 0.504 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
DIALSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→52.45 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2882 1088 5 %
Rwork0.2283 --
obs0.2313 21745 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→52.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5845 0 442 15 6302
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0492390
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471140
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051052
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.140.40791350.33292564X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.30.34571330.26882524X-RAY DIFFRACTION100
3.3-3.510.30451330.25252538X-RAY DIFFRACTION100
3.51-3.780.30251360.22932568X-RAY DIFFRACTION100
3.78-4.160.27921350.20432576X-RAY DIFFRACTION100
4.16-4.760.22961360.18232578X-RAY DIFFRACTION100
4.76-60.23671380.2012603X-RAY DIFFRACTION100
6-52.450.2891420.23162706X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1738-0.0978-0.09440.09010.01150.2423-0.10530.0213-0.22790.0031-0.07440.20820.14350.0087-0.18770.1401-0.0028-0.02370.0890.02740.1265-16.924419.0759-16.3583
20.0044-0.0034-0.00290.04140.03910.0119-0.1325-0.0035-0.1054-0.2114-0.00880.0340.0520.0167-0.16230.32390.12230.0518-0.11930.09920.1749-18.626414.9555-11.0782
30.5029-0.0520.01850.166-0.08490.2189-0.18170.2748-0.05480.0935-0.07270.28350.0524-0.113-0.07540.2016-0.04070.00970.1065-0.03240.4583-21.390318.1382-22.0818
40.0662-0.0039-0.00870.01830.01180.00360.1036-0.00450.2296-0.0202-0.02980.0007-0.1256-0.07740.03510.13650.0472-0.02980.110.04710.3314-19.709729.5413-18.2335
50.05780.017-0.02760.15110.02060.02110.0060.0123-0.0686-0.0734-0.016-0.13260.0253-0.0478-0.01580.68520.3533-0.19090.5723-0.01610.3666-3.643719.2285-48.9465
60.6550.003-0.190.03220.09170.3280.33960.10330.182-0.01960.1109-0.00870.00180.0750.37020.27230.11380.05430.3106-0.06540.0706-6.550118.6646-38.8619
70.04790.0319-0.02820.0253-0.03130.05930.04330.12450.04520.03110.0130.0355-0.01710.04760.05760.49040.32980.02010.3269-0.15990.0841-2.407227.1179-39.1164
80.060.0041-0.06680.0820.06590.13450.03160.12420.02760.04410.089-0.02210.0452-0.00470.07810.26230.2031-0.13330.2683-0.20910.2146-11.962417.1213-41.6556
90.38710.2508-0.14160.7256-0.02850.4590.22310.15090.0750.3638-0.0824-0.1670.02110.15020.1510.01220.0185-0.03080.1780.00220.132411.350422.6427-9.6651
100.8726-0.00380.1580.2971-0.070.5138-0.1194-0.06610.12950.0713-0.28-0.0786-0.31120.1483-0.4490.1833-0.1519-0.02820.1637-0.16040.071911.572727.4429-5.6684
110.0842-0.02420.04110.01590.0080.03860.1222-0.00060.00850.1746-0.1305-0.1093-0.07980.1389-0.03250.3489-0.016-0.11820.05620.01350.397718.516123.4632-14.2095
120.225-0.01160.24430.278-0.10170.31560.22540.10260.08010.0709-0.2657-0.16520.05160.3142-0.01920.23120.0193-0.13480.15430.04430.339515.208212.343-10.8279
130.0811-0.03360.08210.0363-0.03780.10360.10030.00960.0624-0.05760.1236-0.07670.02760.10150.23490.31040.21330.17510.29090.05620.228811.723418.6475-38.6245
140.00610.020.01310.05990.0320.0214-0.02750.05990.088-0.0569-0.0617-0.0733-0.0157-0.0537-0.03070.44520.0915-0.12520.490.17360.280710.547827.0405-35.7475
150.0360.00230.00360.00150.00590.0490.04650.0954-0.15740.0919-0.023-0.05070.06020.0305-0.02280.38360.1977-0.20750.2803-0.03550.26917.053113.3555-36.2378
160.00820.01350.02420.00960.00290.0103-0.01580.0125-0.17480.0054-0.1396-0.04050.0277-0.0357-0.03440.17070.08240.05810.3960.11520.346818.121719.7463-33.7247
170.10180.03440.02860.03040.0470.0758-0.01070.1593-0.0413-0.0291-0.0447-0.1507-0.05790.12270.07470.1684-0.04640.1202-0.06730.2686-0.0093-38.19022.4396-22.3794
180.013-0.03960.0090.0741-0.01380.0081-0.0201-0.04860.0802-0.06510.0906-0.15310.1010.01770.0940.13420.0106-0.04880.1344-0.13920.2173-34.24921.6265-11.7229
190.00070.00470.00370.02640.01040.0043-0.00820.00190.08730.02190.02480.0137-0.1149-0.0060.03290.2896-0.1233-0.1480.14280.02390.4572-24.37572.5676-17.0815
200.0422-0.00690.00310.00330.00680.01660.00550.00280.0442-0.04270.0707-0.07120.03140.09130.04420.1751-0.0485-0.0320.27-0.16080.1995-44.10629.93-5.7159
210.1514-0.06160.09410.0243-0.04590.06530.05220.12340.04370.0271-0.114-0.11280.08350.1266-0.01640.20530.00070.04080.13730.01090.3046-31.63362.9354-22.3387
220.3012-0.0228-0.03710.2343-0.05060.01540.245-0.0158-0.03750.1757-0.1673-0.17180.07160.0432-0.0280.2622-0.0284-0.01250.0752-0.03690.1866-33.2674-8.3599-18.0752
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240.0314-0.0303-0.01550.0146-0.00190.00420.08110.027-0.0510.02870.0139-0.00980.05830.07150.02460.17350.3482-0.00640.56770.11870.4095-47.49464.5021-42.3294
250.1088-0.0398-0.05250.08470.03710.04440.03020.01150.07670.0139-0.10230.0516-0.0046-0.0744-0.06130.2380.1730.16950.4889-0.00340.1093-37.8821-1.2291-39.671
260.1474-0.0416-0.03420.04290.0070.00590.11070.1147-0.04340.089-0.07470.0096-0.0917-0.05490.00330.14770.00740.15290.1896-0.05990.3085-65.431-1.5096-16.2251
270.1069-0.1233-0.0910.21440.02620.1077-0.1642-0.1802-0.08820.22930.00250.02420.3047-0.0589-0.12650.1324-0.0420.05780.25580.02710.1951-64.6953-3.8262-5.4432
280.1866-0.04350.02460.3510.35360.5143-0.06580.0749-0.05250.0057-0.17890.1654-0.024-0.1289-0.19770.16640.0320.08750.0790.04240.1448-71.4826-2.3094-13.8953
290.1666-0.108-0.15130.05450.09410.13230.1567-0.00330.05210.1978-0.07670.1496-0.1442-0.1316-0.00250.1867-0.03260.03020.070.01340.1962-66.18546.0747-3.527
300.06580.01650.03730.188-0.13510.11530.13440.3380.10240.12140.06230.0849-0.03330.10720.21550.14530.091-0.18270.4778-0.0030.1227-66.01814.6833-38.035
310.00580.00120.00620.06430.00680.00450.0108-0.026-0.0337-0.02990.0078-0.06050.03110.0495-0.01790.12280.26140.04720.5859-0.13480.3419-64.4188-1.4657-32.6087
320.0240.012-0.02590.0033-0.00930.01740.02850.03630.0474-0.0083-0.0192-0.00810.0238-0.03440.01120.39840.16560.17910.45320.13810.1791-60.51738.0316-35.9226
330.00850.0525-0.02840.339-0.06710.09150.07940.220.08880.25850.0187-0.0102-0.0380.0209-0.00550.16190.1472-0.06820.4245-0.14820.4238-71.3371.0686-33.277
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 294 through 335 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 336 through 356 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 357 through 372 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 373 through 402 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 403 through 418 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 419 through 450 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 451 through 471 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 472 through 501 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 291 through 335 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 336 through 356 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 357 through 372 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 373 through 403 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 404 through 439 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 440 through 450 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 451 through 471 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 472 through 500 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 294 through 313 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 314 through 335 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 336 through 346 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 347 through 356 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 357 through 372 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 373 through 402 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 403 through 464 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 465 through 488 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 489 through 501 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 294 through 313 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 314 through 356 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 357 through 372 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 373 through 392 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 393 through 428 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 429 through 450 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 451 through 471 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 472 through 499 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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