PDB-9fm7: Imine Reductase from Rhodococcus erythropolis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fm7

タイトル

Imine Reductase from Rhodococcus erythropolis

要素

NAD(P)-dependent oxidoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NADPH / NADH / Imine Reductase / Dehydrogenase

機能・相同性

2'-MONOPHOSPHOADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / :

機能・相同性情報

生物種

Rhodococcus erythropolis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Domenech, J. / Jongkind, E.P.J. / Paul, C.E. / Grogan, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2025
タイトル: Discovery and Synthetic Applications of a NAD(P)H-Dependent Reductive Aminase from Rhodococcus erythropolis .
著者: Jongkind, E.P.J. / Domenech, J. / Govers, A. / van den Broek, M. / Daran, J.M. / Grogan, G. / Paul, C.E.

履歴

登録	2024年6月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年1月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fm7.cif.gz	71.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fm7.ent.gz	50.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fm7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/9fm7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/9fm7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9fm8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NAD(P)-dependent oxidoreductase

ヘテロ分子

31.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NAD(P)-dependent oxidoreductase

ヘテロ分子

A: NAD(P)-dependent oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
62.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.728, 81.728, 83.375
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-532- HOH

#1: タンパク質	NAD(P)-dependent oxidoreductase 分子量: 30643.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodococcus erythropolis (バクテリア) 遺伝子: EHW12_26885 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3G9A570
#2: 化合物	ChemComp-ATR / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン2′-りん酸5′-二りん酸分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.8 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 MgCl2; 0.1M bis-Tris pH 5.5; 25%PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.95374 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95374 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→70.78 Å / Num. obs: 22229 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.3 % / B_iso Wilson estimate: 35 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.07 / R_pim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 28
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / R_merge(I) obs: 1.14 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 1631 / CC_1/2: 0.94 / R_pim(I) all: 0.37

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→54.02 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 5.127 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24502	1116	5 %	RANDOM
R_work	0.19511	-	-	-
obs	0.19789	21083	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.754 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.4 Å²	0.7 Å²	0 Å²
2-	-	1.4 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-4.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2→54.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2101	0	31	132	2264

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	2174
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2013
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.652	1.778	2971
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.552	1.727	4600
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.997	5	286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.882	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.508	10	319
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	347
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2634
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	489
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.322	4.825	1147
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.315	4.824	1147
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.843	8.668	1432
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.845	8.672	1433
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.42	5.329	1027
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.365	5.302	1020
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.898	9.617	1540
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.097	50.46	2508
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.11	50.13	2489
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.313	57	-
R_work	0.251	1567	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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