PDB-9flm: Crystal structure of the C-terminal domain of VldE from Streptoco...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9flm

タイトル

Crystal structure of the C-terminal domain of VldE from Streptococcus pneumoniae in a catalytically competent conformation

要素

LysM domain-containing protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / PEPTIDOGLYCAN HYDROLASE / PNEUMOCOCCAL CELL-WALL METABOLISM / ZINC-BINDING PROTEIN / LYSM-CONTAINING PROTEIN

機能・相同性

Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / LysM domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Miguel-Ruano, V. / Acebron, I. / P.de Jose, U. / Straume, D. / Havarstein, L.S. / Hermoso, J.A.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2024
タイトル: Characterization of VldE (Spr1875), a Pneumococcal Two-State l,d-Endopeptidase with a Four-Zinc Cluster in the Active Site.
著者: Miguel-Ruano, V. / Acebron, I. / Lee, M. / Martin-Galiano, A.J. / Freton, C. / de Jose, U.P. / Ramachandran, B. / Gago, F. / Kjos, M. / Hesek, D. / Grangeasse, C. / Havarstein, L.S. / ...

履歴

登録	2024年6月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9flm.cif.gz	79.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9flm.ent.gz	45.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9flm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9flm_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9flm_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	9flm_validation.xml.gz	9.2 KB	表示
CIF形式データ	9flm_validation.cif.gz	12.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/9flm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/9flm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9flhC 9fljC 9flkC 9fllC 9flnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (4)

登録構造単位

A: LysM domain-containing protein

ヘテロ分子

14.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: PISA Software determined quaternary structure: Monomeric

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.111, 57.111, 32.674
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	143
Space group name H-M	P3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-402- ZN
2	1	A-571- HOH
3	1	A-590- HOH
4	1	A-629- HOH
5	1	A-633- HOH

#1: タンパク質	LysM domain-containing protein 分子量: 14073.554 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: THE N-TERMINAL G IS DERIVED FROM THE TAG USED TO PURIFY THE PROTEIN 由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌) 遺伝子: spr1875 / プラスミド: PRSET-CHIC-TEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DN78
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.73 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM Hepes pH 7.5, 50 mM Cadmium sulfate and 1 M of Sodium acetate, soaked with 20 mM EDTA

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALBA

/ ビームライン: XALOC / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.5171
pseudo-merohedral	2	2	-h,-k,l	2	0.4829

反射

解像度: 1.5→28.56 Å / Num. obs: 18946 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 10.2 % / CC_1/2: 0.986 / R_merge(I) obs: 0.223 / R_pim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 6.1

反射シェル

解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 10.2 % / R_merge(I) obs: 1.759 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 921 / CC_1/2: 0.715 / R_pim(I) all: 0.864 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→28.556 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 1.448 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.015 / ESU R Free: 0.016 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1987	912	4.818 %
R_work	0.1655	18016	-
all	0.167	-	-
obs	-	18928	99.131 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.239 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-15.593 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-15.593 Å²	-0 Å²
3-	-	-	31.187 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→28.556 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	894	0	4	133	1031

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.012	947
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	838
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.008	1.797	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.379	1.762	1938
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.257	5	121
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.965	5	6
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.987	10	146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.822	10	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.05	0.2	126
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1174
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	238
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.187	0.2	242
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	858
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	475
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	470
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.206	0.2	95
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.053	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.027	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.271	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.133	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.294	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.27	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.298	2.825	469
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.292	2.826	468
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.175	5.076	589
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.173	5.073	590
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.044	2.896	478
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.042	2.895	478
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.755	5.285	697
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.754	5.282	698
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.502	33.317	1205
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.173	31.678	1160

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.539	0.323	105	0.267	1270	X-RAY DIFFRACTION	97.7257
1.539-1.581	0.237	58	0.197	1281	X-RAY DIFFRACTION	97.8801
1.581-1.627	0.204	64	0.173	1262	X-RAY DIFFRACTION	98.5141
1.627-1.677	0.204	42	0.153	1231	X-RAY DIFFRACTION	99.1433
1.677-1.731	0.224	48	0.179	1210	X-RAY DIFFRACTION	98.2045
1.731-1.792	0.227	83	0.173	1101	X-RAY DIFFRACTION	100
1.792-1.859	0.177	68	0.177	1115	X-RAY DIFFRACTION	98.7479
1.859-1.935	0.256	40	0.212	1095	X-RAY DIFFRACTION	98.6099
1.935-2.02	0.22	44	0.169	1011	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.119	0.183	32	0.179	1017	X-RAY DIFFRACTION	99.0557
2.119-2.232	0.159	52	0.162	889	X-RAY DIFFRACTION	99.5767
2.232-2.367	0.268	48	0.175	904	X-RAY DIFFRACTION	99.6859
2.367-2.529	0.168	52	0.173	826	X-RAY DIFFRACTION	99.8862
2.529-2.73	0.212	42	0.193	782	X-RAY DIFFRACTION	99.8788
2.73-2.988	0.21	32	0.189	721	X-RAY DIFFRACTION	99.8674
2.988-3.336	0.251	20	0.171	644	X-RAY DIFFRACTION	100
3.336-3.843	0.194	34	0.139	572	X-RAY DIFFRACTION	100
3.843-4.686	0.146	24	0.135	489	X-RAY DIFFRACTION	100
4.686-6.54	0.169	18	0.139	377	X-RAY DIFFRACTION	100
6.54-28.556	0.133	6	0.157	219	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 17.218 Å / Origin y: -0.1301 Å / Origin z: -8.3963 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0505 Å²	-0.0012 Å²	0.0019 Å²	-	0.0611 Å²	0.0077 Å²	-	-	0.0125 Å²
L	0.8294 °²	0.0228 °²	0.0535 °²	-	0.4013 °²	0.0783 °²	-	-	0.1363 °²
S	-0.0326 Å °	-0.0131 Å °	-0.0301 Å °	-0.0388 Å °	0.016 Å °	-0.0446 Å °	-0.0334 Å °	0.0139 Å °	0.0166 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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