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- PDB-9flk: Crystal structure of the C-terminal domain of VldE from Streptoco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9flk
タイトルCrystal structure of the C-terminal domain of VldE from Streptococcus pneumoniae containing two zinc atoms at the binding site
要素LysM domain-containing protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / PEPTIDOGLYCAN HYDROLASE / PNEUMOCOCCAL CELL-WALL METABOLISM / ZINC-BINDING PROTEIN / LYSM-CONTAINING PROTEIN
機能・相同性Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / : / LysM domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Acebron, I. / Miguel-Ruano, V. / Hermoso, J.A.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPRE2018-085033 スペイン
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2024
タイトル: Characterization of VldE (Spr1875), a Pneumococcal Two-State l,d-Endopeptidase with a Four-Zinc Cluster in the Active Site.
著者: Miguel-Ruano, V. / Acebron, I. / Lee, M. / Martin-Galiano, A.J. / Freton, C. / de Jose, U.P. / Ramachandran, B. / Gago, F. / Kjos, M. / Hesek, D. / Grangeasse, C. / Havarstein, L.S. / ...著者: Miguel-Ruano, V. / Acebron, I. / Lee, M. / Martin-Galiano, A.J. / Freton, C. / de Jose, U.P. / Ramachandran, B. / Gago, F. / Kjos, M. / Hesek, D. / Grangeasse, C. / Havarstein, L.S. / Straume, D. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A.
履歴
登録2024年6月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: LysM domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3825
ポリマ－14,0741
非ポリマー3094
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area340 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area6280 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)59.121, 59.121, 32.676
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11AA-403-

ZN

21AA-502-

HOH

31AA-586-

HOH

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要素

#1: タンパク質 LysM domain-containing protein


分子量: 14073.554 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE N-TERMINAL G IS DERIVED FROM THE TAG USED TO PURIFY THE PROTEIN ARG314 SIDE CHAIN IS NOT IN THE PDB FILE DUE TO THE LACK OF ELECTRON DENSITY
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: spr1875 / プラスミド: PRSET-CHIC-TEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DN78
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM TRIS-HCL, pH 8.5, 50 mM CADMIUM SULFATE, 1 M SODIUM ACETATE
PH範囲: 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1.28 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月5日
放射モノクロメーター: CHANNEL-CUT SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→32.68 Å / Num. obs: 10367 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 21.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rsym value: 0.151 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 1.85→1.85 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 1.308 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 684 / Rsym value: 1.308 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0258精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SPR1875 C-TERMINAL DOMAIN

解像度: 1.85→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 5.168 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.154 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THEIR RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 470 4.543 %
Rwork0.213 --
obs-10346 94.6 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 34.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20.155 Å20 Å2
2--0.31 Å20 Å2
3----1.005 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数862 0 4 100 966
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.013900
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.017756
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6721.6531209
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2871.5781765
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7235108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.25723.87849
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.96815133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg30.184153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2110
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021023
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02190
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1840.15189
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1150.1516
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.160.15439
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.20.1564
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0990.11
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0380.11
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1513.5438
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1413.498436
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.7065.21544
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.7035.209544
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3243.83462
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.2523.829460
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.7995.632664
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.7985.632665
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.52 36 -
Rwork0.502 763 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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