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- PDB-9flf: Three-Dimensional Structure of Human Carbonic Anhydrase IX in Com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9flf
タイトルThree-Dimensional Structure of Human Carbonic Anhydrase IX in Complex with a Covalent Inhibitor
要素Carbonic anhydrase
キーワードLYASE / CA IX / CA 9 / carbonic anhydrase IX / carbonic anhydrase 9 / covalent inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


one-carbon metabolic process / secretion / molecular function activator activity / morphogenesis of an epithelium / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Carbonic anhydrase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Leitans, J. / Tars, K.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Union (EU)5.2.1.1.i.0/2/24/I/CFLA/001European Union
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Targeted anticancer pre-vinylsulfone covalent inhibitors of carbonic anhydrase IX.
著者: Vaskevicius, A. / Baronas, D. / Leitans, J. / Kvietkauskaite, A. / Ruksenaite, A. / Manakova, E. / Toleikis, Z. / Kaupinis, A. / Kazaks, A. / Gedgaudas, M. / Mickeviciute, A. / Juozapaitiene, ...著者: Vaskevicius, A. / Baronas, D. / Leitans, J. / Kvietkauskaite, A. / Ruksenaite, A. / Manakova, E. / Toleikis, Z. / Kaupinis, A. / Kazaks, A. / Gedgaudas, M. / Mickeviciute, A. / Juozapaitiene, V. / Schioth, H.B. / Jaudzems, K. / Valius, M. / Tars, K. / Grazulis, S. / Meyer-Almes, F.J. / Matuliene, J. / Zubriene, A. / Dudutiene, V. / Matulis, D.
#1: ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Targeted anticancer pre-vinylsulfone covalent inhibitors of carbonic anhydrase IX
著者: Vaskevicius, A. / Baronas, D. / Leitans, J. / Kvietkauskaite, A. / Ruksenaite, A. / Manakova, E. / Toleikis, Z. / Kaupinis, A. / Kazaks, A. / Gedgaudas, M. / Mickeviciute, A. / Juozapaitiene, ...著者: Vaskevicius, A. / Baronas, D. / Leitans, J. / Kvietkauskaite, A. / Ruksenaite, A. / Manakova, E. / Toleikis, Z. / Kaupinis, A. / Kazaks, A. / Gedgaudas, M. / Mickeviciute, A. / Juozapaitiene, V. / Schioth, H.B. / Jaudzems, K. / Valius, M. / Tars, K. / Grazulis, S. / Meyer-Almes, F.J. / Matuliene, J. / Zubriene, A. / Dudutiene, V. / Matulis, D.
履歴
登録2024年6月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase
B: Carbonic anhydrase
C: Carbonic anhydrase
D: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,55012
ポリマ－112,3584
非ポリマー2,1928
水7,548419
1
A: Carbonic anhydrase
B: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2756
ポリマ－56,1792
非ポリマー1,0964
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1690 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area20020 Å2
2
C: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子

D: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2756
ポリマ－56,1792
非ポリマー1,0964
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555-y+2/3,x-y+1/3,z+1/31
Buried area1660 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area20000 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)152.110, 152.110, 172.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-484-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Carbonic anhydrase


分子量: 28089.598 Da / 分子数: 4 / 変異: C41S, N213Q / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: all 4 chains are identical, two dimers. / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA9 / 細胞株 (発現宿主): Pichia pastoris / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A0A2R9BYT1, carbonic anhydrase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-A1IDV / 3-[[(1~{R},4~{Z})-cyclododec-4-en-1-yl]amino]-4-ethylsulfonyl-2,5,6-tris(fluoranyl)benzenesulfonamide


分子量: 482.580 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H29F3N2O4S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.31 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 1.0 M DI-AMMONIUM HYDROGEN PHOSPHATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.5, PROTEIN 10 MG/ML, 2-5 MM INHIBITOR (STOCK SOLUTION WAS 100 MM INHIBITOR DISSOLVED IN 100% ...詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 1.0 M DI-AMMONIUM HYDROGEN PHOSPHATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.5, PROTEIN 10 MG/ML, 2-5 MM INHIBITOR (STOCK SOLUTION WAS 100 MM INHIBITOR DISSOLVED IN 100% DIMETHYL SULFOXIDE), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→52.35 Å / Num. obs: 75528 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 49.468 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 1.159 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4445 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→52.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 4.716 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20215 3874 5.1 %RANDOM
Rwork0.16775 ---
obs0.16953 71653 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.491 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.85 Å20.42 Å2-0 Å2
2--0.85 Å20 Å2
3----2.75 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→52.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7516 0 0 419 7935
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0127732
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0167245
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7741.86310558
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.7941.74416696
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7435958
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg7.759565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.914101151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21149
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.029250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021774
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.7235.2573841
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.7215.2573841
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.2579.4294796
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.2569.4294797
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.8555.8263891
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.8545.8273892
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.31110.4615763
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.20651.748040
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.20950.967971
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 250 -
Rwork0.257 5317 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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