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万見
- PDB-9fla: SOLUTION STRUCTURE OF 6XHIS-TAGGED WILD-TYPE GAUSSIA LUCIFERASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fla
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF 6XHIS-TAGGED WILD-TYPE GAUSSIA LUCIFERASE
要素Luciferase
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / LUMINESCENCE / LUCIFERASE / COELENTERAZINE OXIDATION / LUMINESCENT
機能・相同性Luciferase
機能・相同性情報
生物種Gaussia princeps (Scott
1894)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Dijkema, F.M. / Prestel, A. / Winther, J.R. / Teilum, K.
資金援助 デンマーク, 2件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF19OC0058579 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF18OC0032996 デンマーク
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: A suicidal and extensively disordered luciferase with a bright luminescence.
著者: Dijkema, F.M. / Escarpizo-Lorenzana, M.I. / Nordentoft, M.K. / Rabe, H.C. / Sahin, C. / Landreh, M. / Branca, R.M. / Sorensen, E.S. / Christensen, B. / Prestel, A. / Teilum, K. / Winther, J.R.
履歴
登録2024年6月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2024年7月17日ID: 8OQB
改定 1.02024年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Luciferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1551
ポリマ－19,1551
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Luciferase


分子量: 19155.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gaussia princeps (Scott, 1894) (甲殻類)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BLZ2
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
121isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
131isotropic13D 1H-15N NOESY
141isotropic13D HN(CA)CB
151isotropic13D HN(CA)CO
191isotropic13D HNCO
181isotropic13D HN(COCA)CB
171isotropic13D HBHA(CO)NH
161isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
1101isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
1111isotropic12D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.8 mM [U-15N; U-13C] GAUSSIA LUCIFERASE, 0.02 % sodium azide, 50 mM sodium dihydrogen phosphate, 0.125 mM sodium trimethylsilylpropanesulfonate (DSS), 7.5 mM sodium hydroxide, 95% H2O/5% D2O
詳細: 0.8 mM U-N15; U-C13 Gaussia luciferase, 0.02 % w/v sodium azide, 50 mM sodium dihydrogen phosphate, 0.125 mM sodium trimethylsilylpropanesulfonate (DSS), 7.5 mM sodium hydroxide
Label: Sample 1 / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMGAUSSIA LUCIFERASE[U-15N; U-13C]1
0.02 %sodium azidenatural abundance1
50 mMsodium dihydrogen phosphatenatural abundance1
0.125 mMsodium trimethylsilylpropanesulfonate (DSS)natural abundance1
7.5 mMsodium hydroxidenatural abundance1
試料状態イオン強度: 57.6 mM / Ionic strength err: 0.5 / Label: conditions1 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 308.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III HD / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III HD / 磁場強度: 750 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CcpNmr AnalysisWim F. Vranken, Wayne Boucher, Tim J. Stevens, Rasmus H. Fogh, Anne Pajon, Miguel Llinas, Eldon L. Ulrich, John L. Markley, John Ionides and Ernest D. Lauepeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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