PDB-9fl6: Human NUDT1 with medetomidine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fl6

タイトル

Human NUDT1 with medetomidine

要素

Isoform p26 of Oxidized purine nucleoside triphosphate hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Nudix hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

2-hydroxy-ATP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP hydrolase activity / N6-methyl-(d)ATP hydrolase activity / O6-methyl-dGTP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / dATP diphosphatase activity / ATP diphosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / Phosphate bond hydrolysis by NUDT proteins ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Salah, E. / Huber, K.V.M. / Elkins, J.M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: NUDT1 with medetomidine
著者: Salah, E. / Huber, K.V.M. / Elkins, J.M.

履歴

登録	2024年6月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fl6.cif.gz	82.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fl6.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fl6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9fl6_validation.pdf.gz	768.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fl6_full_validation.pdf.gz	769.8 KB	表示
XML形式データ	9fl6_validation.xml.gz	10.8 KB	表示
CIF形式データ	9fl6_validation.cif.gz	14.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/9fl6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/9fl6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

AAA: Isoform p26 of Oxidized purine nucleoside triphosphate hydrolase

ヘテロ分子

18.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.739, 60.850, 67.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Isoform p26 of Oxidized purine nucleoside triphosphate hydrolase / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / 7 / 8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase / 8-oxo-dGTPase / ...2-hydroxy-dATP diphosphatase / 7 / 8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase / 8-oxo-dGTPase / Methylated purine nucleoside triphosphate hydrolase / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 1 / Nudix motif 1 分子量: 18099.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NUDT1, Nudix hydrolase 1 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT1, MTH1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P36639, 2-hydroxy-dATP diphosphatase, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物	ChemComp-A1IFR / 5-[(1~{R})-1-(2,3-dimethylphenyl)ethyl]-1~{H}-imidazole / (R)-4-(1-(2,3-dimethylphenyl)ethyl)-1H-imidazole / Medetomidine 分子量: 200.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₆N₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.01 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 30% PEG8000, 0.2 M lithium sulfate and 0.1 M acetate pH 4.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→67.53 Å / Num. obs: 38033 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.693 / Num. unique obs: 1936 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.3→45.205 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 1.947 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.055 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2065	1935	5.097 %
R_work	0.1592	36025	-
all	0.161	-	-
obs	-	37960	99.868 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.151 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.413 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.492 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.078 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→45.205 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1246	0	19	132	1397

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	1381
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	1272
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.428	1.645	1885
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.311	1.597	2938
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.315	5	174
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.714	22.308	78
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.718	15	232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.251	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	165
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1672
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	342
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	161
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.172	0.2	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	574
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.2	554
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.117	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.286	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.144	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.116	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.254	1.433	653
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.241	1.432	651
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.751	2.162	824
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.755	2.162	825
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.683	1.72	727
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.682	1.72	728
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.184	2.479	1055
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.184	2.479	1056
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.968	17.002	1372
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.967	17.007	1373
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.118	3	2652

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.3-1.334	0.266	150	0.26	2580	0.261	2754	0.856	0.852	99.1285	0.249
1.334-1.37	0.274	129	0.235	2574	0.237	2706	0.871	0.88	99.8891	0.221
1.37-1.41	0.239	125	0.22	2490	0.221	2617	0.888	0.897	99.9236	0.203
1.41-1.453	0.224	131	0.18	2421	0.183	2554	0.924	0.932	99.9217	0.163
1.453-1.501	0.183	127	0.15	2346	0.152	2473	0.951	0.953	100	0.131
1.501-1.554	0.205	120	0.137	2284	0.14	2404	0.938	0.958	100	0.119
1.554-1.612	0.178	124	0.136	2186	0.139	2319	0.948	0.961	99.6119	0.118
1.612-1.678	0.208	116	0.135	2126	0.138	2242	0.945	0.959	100	0.118
1.678-1.752	0.174	107	0.124	2039	0.127	2148	0.964	0.971	99.9069	0.109
1.752-1.838	0.191	103	0.126	1945	0.13	2049	0.95	0.969	99.9512	0.115
1.838-1.937	0.164	117	0.126	1844	0.128	1961	0.965	0.975	100	0.115
1.937-2.054	0.201	88	0.139	1760	0.142	1854	0.957	0.97	99.6764	0.131
2.054-2.196	0.158	82	0.143	1669	0.143	1751	0.973	0.971	100	0.137
2.196-2.371	0.19	98	0.146	1536	0.149	1634	0.959	0.97	100	0.145
2.371-2.597	0.18	74	0.155	1453	0.156	1527	0.964	0.964	100	0.155
2.597-2.902	0.201	83	0.179	1295	0.181	1378	0.951	0.959	100	0.185
2.902-3.349	0.169	55	0.167	1184	0.167	1239	0.966	0.967	100	0.181
3.349-4.096	0.219	45	0.149	1004	0.151	1050	0.95	0.974	99.9048	0.17
4.096-5.769	0.266	33	0.157	803	0.161	836	0.955	0.975	100	0.189
5.769-45.205	0.403	28	0.249	485	0.256	513	0.934	0.941	100	0.288

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関連情報:EMDBヘッダ

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