PDB-9fl5: compound 3b bound KMT9 crystal structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fl5

タイトル

compound 3b bound KMT9 crystal structure

要素

Methyltransferase N6AMT1
Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein

キーワード

TRANSFERASE / Protein transferase / gene regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

arsonoacetate metabolic process / arsenite methyltransferase activity / protein-glutamine N-methyltransferase activity / eRF1 methyltransferase complex / peptidyl-glutamine methylation / tRNA (m2G10) methyltransferase complex / rRNA (guanine-N7)-methylation / tRNA methyltransferase activator activity / toxin metabolic process / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.392 Å

データ登録者

Sheng, W. / Eric, M. / Roland, S.

資金援助

ドイツ, 4件

組織	認可番号	国
German Research Foundation (DFG)	SFB992	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	Schu688	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	EXC-2189	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	DKTK FR01-374	ドイツ

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: compound 3b bound KMT9 crystal structure
著者: Sheng, W. / Eric, M. / Roland, S.

履歴

登録	2024年6月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fl5.cif.gz	343.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fl5.ent.gz	214.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fl5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9fl5_validation.pdf.gz	751.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fl5_full_validation.pdf.gz	753 KB	表示
XML形式データ	9fl5_validation.xml.gz	17.7 KB	表示
CIF形式データ	9fl5_validation.cif.gz	24.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/9fl5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/9fl5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Methyltransferase N6AMT1

B: Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein

ヘテロ分子

36.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.293, 110.293, 130.473
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-273- HOH

#1: タンパク質	Methyltransferase N6AMT1 / HemK methyltransferase family member 2 / M.HsaHemK2P / Lysine N-methyltransferase 9 / ...HemK methyltransferase family member 2 / M.HsaHemK2P / Lysine N-methyltransferase 9 / Methylarsonite methyltransferase N6AMT1 / Protein N(5)-glutamine methyltransferase 分子量: 21804.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: N6AMT1, C21orf127, HEMK2, KMT9, PRED28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9Y5N5, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: タンパク質	Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein / tRNA methyltransferase 112 homolog 分子量: 14272.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRMT112, AD-001, HSPC152, HSPC170 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UI30
#3: 化合物	ChemComp-62X / 5'-{[(3S)-3-amino-3-carboxypropyl][3-(dimethylamino)propyl]amino}-5'-deoxyadenosine 分子量: 452.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₃₂N₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.26 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.2 M Na3Citrate, 0.1M Tris 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.39→47.76 Å / Num. obs: 93637 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 39 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 28.7
反射シェル	解像度: 1.39→1.42 Å / Num. unique obs: 4487 / CC_1/2: 0.613

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.392→47.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / SU B: 1.656 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.043 / ESU R Free: 0.044 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1791	4774	5.102 %
R_work	0.1501	88790	-
all	0.152	-	-
obs	-	93564	99.878 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.124 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.093 Å²	-0.047 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.093 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.302 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.392→47.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2418	0	32	197	2647

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	2562
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2432
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.744	1.645	3493
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.604	1.551	5689
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.414	5	330
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.557	5	17
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.282	10	443
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.266	10	105
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	405
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2898
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	469
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	0.2	415
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	2180
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	1224
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1327
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	122
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.214	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.205	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.311	2.058	1278
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.311	2.057	1278
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.397	3.089	1601
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.396	3.09	1602
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.208	2.61	1284
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.206	2.61	1285
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.203	3.684	1885
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.201	3.685	1886
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.03	29.883	2695
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.04	29.294	2663
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	6.982	3	4994

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.392-1.428	0.263	347	0.244	6383	X-RAY DIFFRACTION	98.7238
1.428-1.467	0.262	354	0.211	6293	X-RAY DIFFRACTION	100
1.467-1.51	0.211	310	0.181	6152	X-RAY DIFFRACTION	100
1.51-1.556	0.214	309	0.159	5979	X-RAY DIFFRACTION	100
1.556-1.607	0.194	313	0.139	5804	X-RAY DIFFRACTION	100
1.607-1.663	0.169	324	0.122	5568	X-RAY DIFFRACTION	100
1.663-1.726	0.176	290	0.124	5457	X-RAY DIFFRACTION	100
1.726-1.796	0.158	278	0.115	5208	X-RAY DIFFRACTION	100
1.796-1.876	0.155	302	0.111	4983	X-RAY DIFFRACTION	100
1.876-1.968	0.149	260	0.112	4825	X-RAY DIFFRACTION	100
1.968-2.074	0.163	239	0.124	4582	X-RAY DIFFRACTION	100
2.074-2.199	0.169	217	0.138	4373	X-RAY DIFFRACTION	100
2.199-2.351	0.17	228	0.132	4092	X-RAY DIFFRACTION	100
2.351-2.539	0.166	213	0.141	3819	X-RAY DIFFRACTION	100
2.539-2.78	0.176	182	0.149	3557	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-3.107	0.192	192	0.166	3210	X-RAY DIFFRACTION	100
3.107-3.585	0.165	128	0.165	2886	X-RAY DIFFRACTION	100
3.585-4.385	0.163	122	0.145	2479	X-RAY DIFFRACTION	100
4.385-6.175	0.179	112	0.166	1947	X-RAY DIFFRACTION	100
6.175-47.76	0.264	54	0.215	1193	X-RAY DIFFRACTION	99.9199

精密化 TLS

S23: -0.0004 Å ° / T12: -0.0001 Å² / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0018	0.0014	0.0025	0.0128	-0.0033	0.0059	-0.0007	0.0005	0.0001	-0.0016	0.0004	-0.0004	-0.0001	0.0003	0.0017	0.0004	0.0029	-0.0002	0.0005	-42.1974	-6.8474	-16.4319
2	0.0386	-0.0038	-0.0038	0.0034	0.0035	0.0123	0.0009	0.0007	0.0005	-0.0006	-0.0002	-0.0001	-0.0013	-0.0006	0.0024	-0.0001	0.0016	0.0002	0.0009	-47.2434	-26.7756	-2.428

精密化 TLSグループ

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