PDB-9fl4: compound 5b bound KMT9 crystal structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fl4

タイトル

compound 5b bound KMT9 crystal structure

要素

Methyltransferase N6AMT1
Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein

キーワード

TRANSFERASE / Protein transferase / gene regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

arsonoacetate metabolic process / arsenite methyltransferase activity / protein-glutamine N-methyltransferase activity / eRF1 methyltransferase complex / peptidyl-glutamine methylation / tRNA (m2G10) methyltransferase complex / rRNA (guanine-N7)-methylation / tRNA methyltransferase activator activity / toxin metabolic process / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Sheng, W. / Eric, M. / Roland, S.

資金援助

ドイツ, 4件

組織	認可番号	国
German Research Foundation (DFG)	SFB992	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	Schu688	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	EXC-2189	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	DKTK FR01-374	ドイツ

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: compound 5b bound KMT9 crystal structure
著者: Sheng, W. / Eric, M. / Roland, S.

履歴

登録	2024年6月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fl4.cif.gz	338 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fl4.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fl4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/9fl4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/9fl4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Methyltransferase N6AMT1

B: Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein

ヘテロ分子

36.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.538, 110.538, 131.119
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	Methyltransferase N6AMT1 / HemK methyltransferase family member 2 / M.HsaHemK2P / Lysine N-methyltransferase 9 / ...HemK methyltransferase family member 2 / M.HsaHemK2P / Lysine N-methyltransferase 9 / Methylarsonite methyltransferase N6AMT1 / Protein N(5)-glutamine methyltransferase 分子量: 21804.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: N6AMT1, C21orf127, HEMK2, KMT9, PRED28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9Y5N5, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: タンパク質	Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein / tRNA methyltransferase 112 homolog 分子量: 14272.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRMT112, AD-001, HSPC152, HSPC170 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UI30
#3: 化合物	ChemComp-A1IC6 / (2~{S})-4-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl-[3-(2-phenylethylamino)propyl]amino]-2-azanyl-butanoic acid 分子量: 528.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₃₆N₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.3 M Na3Citrate, 0.1M HEPES 7.75

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→47.86 Å / Num. obs: 52543 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 39.6 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 30.2
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / Num. unique obs: 2694 / CC_1/2: 0.592

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→47.86 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.972 / SU B: 3.805 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.072 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1821	2645	5.04 %
R_work	0.1468	49838	-
all	0.149	-	-
obs	-	52483	99.753 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.064 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.749 Å²	0.374 Å²	0 Å²
2-	-	0.749 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.428 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→47.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2401	0	38	111	2550

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	2530
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.016	2398
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.694	1.645	3446
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.565	1.55	5606
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.923	5	323
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.444	5	18
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.816	10	433
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.231	10	103
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	401
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.014	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2856
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	467
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	394
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	2107
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	1212
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1339
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.117	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.201	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.215	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.105	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.658	3.117	1260
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.643	3.115	1260
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.949	4.666	1575
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.951	4.668	1576
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.083	3.803	1270
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	8.08	3.805	1271
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.786	5.426	1864
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.784	5.427	1865
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.716	41.714	2599
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.724	41.52	2582
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.495	3	4928

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.742	0.359	185	0.322	3569	X-RAY DIFFRACTION	98.5302
1.742-1.79	0.306	173	0.258	3548	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.842	0.259	176	0.212	3450	X-RAY DIFFRACTION	99.4242
1.842-1.898	0.215	195	0.166	3305	X-RAY DIFFRACTION	99.8004
1.898-1.961	0.195	176	0.151	3226	X-RAY DIFFRACTION	100
1.961-2.029	0.201	165	0.128	3141	X-RAY DIFFRACTION	100
2.029-2.106	0.165	162	0.123	3047	X-RAY DIFFRACTION	100
2.106-2.192	0.166	157	0.124	2933	X-RAY DIFFRACTION	100
2.192-2.289	0.181	152	0.125	2820	X-RAY DIFFRACTION	100
2.289-2.4	0.162	147	0.118	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.53	0.183	139	0.134	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.683	0.204	133	0.155	2435	X-RAY DIFFRACTION	99.5735
2.683-2.867	0.217	108	0.15	2319	X-RAY DIFFRACTION	100
2.867-3.096	0.221	102	0.167	2174	X-RAY DIFFRACTION	100
3.096-3.39	0.195	113	0.155	1976	X-RAY DIFFRACTION	100
3.39-3.788	0.155	100	0.129	1823	X-RAY DIFFRACTION	100
3.788-4.369	0.16	95	0.122	1620	X-RAY DIFFRACTION	100
4.369-5.34	0.137	95	0.121	1352	X-RAY DIFFRACTION	98.704
5.34-7.506	0.206	45	0.174	1135	X-RAY DIFFRACTION	100
7.506-47.86	0.154	27	0.185	698	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1444	0.0498	-0.0061	0.4531	-0.1334	0.257	-0.0087	0.0197	0.0219	-0.0295	0.0064	0.0157	-0.0141	-0.0024	0.0023	0.0238	-0.0004	-0.0039	0.0027	0.004	0.0604	-42.5101	-6.9129	-16.601
2	0.1918	-0.0148	-0.0084	0.2063	0.0235	0.3415	-0.0023	-0.0044	-0.0166	-0.0059	-0.0066	0.0214	0.0129	-0.0377	0.0089	0.0121	0.0005	-0.0019	0.0135	-0.0013	0.0596	-47.2825	-26.8848	-2.4843

精密化 TLSグループ

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