PDB-9fl1: Apo Glyceraldehyde 3-phosphate Dehydrogenase (GapA) from Helicoba...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fl1

タイトル

Apo Glyceraldehyde 3-phosphate Dehydrogenase (GapA) from Helicobacter pylori

要素

Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (Gap)

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Apo enzyme NAD(P) Oxdative phosphorylation Nucleotide binding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Elliott, P.R. / Moody, P.C.E.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: structure and coenzyme specificity of a Helicobacter pylori glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (GapA)
著者: Foster, S. / Eliott, P.R. / Basran, J. / Moody, P.C.E.

履歴

登録	2024年6月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fl1.cif.gz	717 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fl1.ent.gz	456.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fl1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/9fl1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/9fl1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (Gap)

B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (Gap)

C: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (Gap)

D: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (Gap)

ヘテロ分子

146 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.160, 100.617, 97.792
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.696, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (Gap) 分子量: 36069.227 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Tetramer 由来: (組換発現) Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌) 遺伝子: HP_1346 / プラスミド: pET151/DgapA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): rosetta DE3 / 参照: UniProt: O25902
#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1006 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.92 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 17% w/v PEG8000, 100mM Hepes, 12mg/ml protein

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.74→95.4 Å / Num. obs: 147140 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.161 / Net I/σ(I): 19
反射シェル	解像度: 1.74→1.82 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.534 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 7357 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.74→95.346 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / WR_factor R_free: 0.208 / WR_factor R_work: 0.154 / SU B: 5.833 / SU ML: 0.082 / Average fsc free: 0.9741 / Average fsc work: 0.9878 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.1 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1995	7374	5.012 %
R_work	0.1498	139766	-
all	0.152	-	-
obs	-	147140	99.053 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.35 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.598 Å²	0 Å²	3.3 Å²
2-	-	-0.82 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.194 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→95.346 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9706	0	75	1006	10787

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	10269
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	10014
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.642	1.802	13966
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.57	1.758	23092
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.072	5	1334
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.696	5	58
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.263	10	1814
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.892	10	420
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	1676
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.007	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	12065
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2227
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	2037
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.206	0.2	9211
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	4988
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	5349
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	706
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.047	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.1	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.145	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.273	2.66	5252
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.271	2.66	5252
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.251	4.78	6614
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	10.251	4.78	6615
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.868	3.125	5017
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	8.86	3.124	5015
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	12.955	5.553	7352
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	12.954	5.553	7353
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	19.766	28.256	11389
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	19.002	27.957	11222
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.269	3	20283

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.74-1.786	0.25	493	0.201	9245	0.204	10926	0.962	0.981	89.1269	0.171
1.786-1.834	0.221	513	0.18	10140	0.182	10666	0.972	0.983	99.8781	0.151
1.834-1.888	0.228	530	0.166	9830	0.169	10370	0.973	0.986	99.9036	0.138
1.888-1.946	0.196	503	0.15	9565	0.152	10078	0.977	0.988	99.9008	0.125
1.946-2.009	0.204	474	0.145	9300	0.148	9784	0.973	0.989	99.8978	0.124
2.009-2.08	0.206	453	0.147	9004	0.15	9470	0.972	0.99	99.8627	0.129
2.08-2.158	0.201	449	0.138	8660	0.141	9114	0.973	0.99	99.9451	0.124
2.158-2.247	0.201	438	0.136	8323	0.139	8769	0.975	0.99	99.9088	0.124
2.247-2.346	0.205	416	0.129	8025	0.133	8446	0.976	0.991	99.9408	0.121
2.346-2.461	0.2	415	0.135	7641	0.138	8068	0.975	0.991	99.8513	0.128
2.461-2.594	0.206	399	0.136	7274	0.14	7682	0.976	0.99	99.8828	0.13
2.594-2.751	0.201	389	0.133	6845	0.136	7237	0.976	0.99	99.9585	0.133
2.751-2.941	0.198	350	0.145	6470	0.147	6827	0.973	0.988	99.8975	0.149
2.941-3.176	0.237	313	0.162	6048	0.166	6365	0.964	0.985	99.9372	0.172
3.176-3.479	0.209	310	0.168	5558	0.171	5873	0.978	0.986	99.9149	0.181
3.479-3.889	0.202	281	0.16	5004	0.162	5291	0.978	0.987	99.8866	0.177
3.889-4.489	0.166	229	0.126	4478	0.128	4709	0.985	0.991	99.9575	0.153
4.489-5.495	0.169	190	0.141	3767	0.142	3960	0.986	0.991	99.9242	0.175
5.495-7.759	0.193	145	0.177	2965	0.178	3111	0.981	0.986	99.9679	0.216
7.759-95.346	0.16	84	0.183	1623	0.182	1750	0.985	0.982	97.5429	0.256

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