PDB-9fkw: compound 3a bound KMT9 crystal structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fkw

タイトル

compound 3a bound KMT9 crystal structure

要素

Methyltransferase N6AMT1
Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein

キーワード

TRANSFERASE / Protein transferase / gene regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

arsonoacetate metabolic process / arsenite methyltransferase activity / protein-glutamine N-methyltransferase activity / eRF1 methyltransferase complex / peptidyl-glutamine methylation / histone H4K12 methyltransferase activity / tRNA (m2G10) methyltransferase complex / rRNA (guanine-N7)-methylation / tRNA methyltransferase activator activity / toxin metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.392 Å

データ登録者

Sheng, W. / Eric, M. / Roland, S.

資金援助

ドイツ, 4件

組織	認可番号	国
German Research Foundation (DFG)	SFB992	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	Schu688	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	EXC-2189	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	DKTK FR01-374	ドイツ

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: compound 3a bound KMT9 crystal structure
著者: Sheng, W. / Eric, M. / Roland, S.

履歴

登録	2024年6月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fkw.cif.gz	345.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fkw.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fkw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9fkw_validation.pdf.gz	733.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fkw_full_validation.pdf.gz	734.4 KB	表示
XML形式データ	9fkw_validation.xml.gz	18 KB	表示
CIF形式データ	9fkw_validation.cif.gz	24.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/9fkw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/9fkw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Methyltransferase N6AMT1

B: Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein

ヘテロ分子

36.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.249, 110.249, 130.029
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-506- HOH

#1: タンパク質	Methyltransferase N6AMT1 / HemK methyltransferase family member 2 / M.HsaHemK2P / Lysine N-methyltransferase 9 / ...HemK methyltransferase family member 2 / M.HsaHemK2P / Lysine N-methyltransferase 9 / Methylarsonite methyltransferase N6AMT1 / Protein N(5)-glutamine methyltransferase 分子量: 21804.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: N6AMT1, C21orf127, HEMK2, KMT9, PRED28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9Y5N5, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: タンパク質	Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein / tRNA methyltransferase 112 homolog 分子量: 14272.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRMT112, AD-001, HSPC152, HSPC170 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UI30
#3: 化合物	ChemComp-A1IDY / (2~{S})-4-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl-[3-(methylamino)propyl]amino]-2-azanyl-butanoic acid 分子量: 438.481 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₀N₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.2 M Na3Citrate, 0.1M Tris 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.39→47.74 Å / Num. obs: 93205 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 39 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 20.6
反射シェル	解像度: 1.39→1.42 Å / Num. unique obs: 4483 / CC_1/2: 0.389

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.392→47.74 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.973 / SU B: 2.066 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.043 / ESU R Free: 0.043 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1734	4718	5.066 %
R_work	0.1469	88409	-
all	0.148	-	-
obs	-	93127	99.933 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.271 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.386 Å²	-0.193 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.386 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.252 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.392→47.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2407	0	31	204	2642

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	2571
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.016	2421
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.689	1.644	3514
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.597	1.55	5675
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.387	5	337
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.599	5	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.693	10	442
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.745	10	107
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	408
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.061	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2917
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	470
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	0.2	428
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	2203
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1228
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1337
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	145
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.181	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.996	1.995	1279
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.002	1.993	1279
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.312	2.996	1603
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.313	2.998	1604
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.888	2.625	1292
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	9.885	2.626	1293
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.676	3.666	1899
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.673	3.667	1900
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.429	27.957	2755
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.387	27.226	2713
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	16.674	3	4992

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.392-1.428	0.32	350	0.288	6386	X-RAY DIFFRACTION	99.4537
1.428-1.468	0.257	327	0.254	6295	X-RAY DIFFRACTION	100
1.468-1.51	0.253	337	0.224	6107	X-RAY DIFFRACTION	100
1.51-1.557	0.218	340	0.189	5904	X-RAY DIFFRACTION	100
1.557-1.608	0.204	323	0.164	5768	X-RAY DIFFRACTION	100
1.608-1.664	0.199	287	0.152	5576	X-RAY DIFFRACTION	100
1.664-1.727	0.174	300	0.136	5392	X-RAY DIFFRACTION	100
1.727-1.797	0.178	269	0.134	5197	X-RAY DIFFRACTION	100
1.797-1.877	0.153	251	0.117	5022	X-RAY DIFFRACTION	100
1.877-1.968	0.166	267	0.123	4772	X-RAY DIFFRACTION	100
1.968-2.075	0.156	228	0.12	4576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.075-2.2	0.159	220	0.128	4347	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.352	0.167	212	0.126	4078	X-RAY DIFFRACTION	100
2.352-2.54	0.174	212	0.132	3810	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.781	0.167	200	0.137	3505	X-RAY DIFFRACTION	100
2.781-3.108	0.162	189	0.154	3196	X-RAY DIFFRACTION	100
3.108-3.586	0.164	141	0.149	2870	X-RAY DIFFRACTION	100
3.586-4.386	0.141	117	0.128	2467	X-RAY DIFFRACTION	100
4.386-6.177	0.155	93	0.144	1951	X-RAY DIFFRACTION	100
6.177-47.74	0.204	55	0.193	1190	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0	-0.0002	0.0001	0.0066	-0.0016	0.0004	-0.0002	-0.0002	0	-0.0008	0.0003	0.0003	0.0002	-0.0002	-0.0001	0.0053	-0.0001	0.0004	0.007	-0.0002	0.0005	-42.3003	-6.9237	-16.5123
2	0.0303	-0.0167	-0.0022	0.0297	0.0201	0.0176	-0.0024	-0.0021	-0.0034	0.0011	0.0023	0.0016	-0.0004	0.0014	0.0001	0.0059	-0.0005	0.0003	0.0053	0.0006	0.0012	-47.0808	-26.7947	-2.4638

精密化 TLSグループ

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