PDB-9fkm: compound 2b bound KMT9 crystal structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fkm

タイトル

compound 2b bound KMT9 crystal structure

要素

Methyltransferase N6AMT1
Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein

キーワード

TRANSFERASE / Protein transferase / gene regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

arsonoacetate metabolic process / arsenite methyltransferase activity / protein-glutamine N-methyltransferase activity / eRF1 methyltransferase complex / peptidyl-glutamine methylation / histone H4K12 methyltransferase activity / tRNA (m2G10) methyltransferase complex / rRNA (guanine-N7)-methylation / tRNA methyltransferase activator activity / toxin metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.502 Å

データ登録者

Sheng, W. / Eric, M. / Roland, S.

資金援助

ドイツ, 4件

組織	認可番号	国
German Research Foundation (DFG)	SFB992	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	Schu688	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	EXC-2189	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	DKTK FR01-374	ドイツ

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: compound 2b bound KMT9 crystal structure
著者: Sheng, W. / Eric, M. / Roland, S.

履歴

登録	2024年6月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fkm.cif.gz	178.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fkm.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fkm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9fkm_validation.pdf.gz	760.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fkm_full_validation.pdf.gz	763.3 KB	表示
XML形式データ	9fkm_validation.xml.gz	17.1 KB	表示
CIF形式データ	9fkm_validation.cif.gz	23 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/9fkm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/9fkm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Methyltransferase N6AMT1

B: Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein

ヘテロ分子

36.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.444, 110.444, 130.507
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	Methyltransferase N6AMT1 / HemK methyltransferase family member 2 / M.HsaHemK2P / Lysine N-methyltransferase 9 / ...HemK methyltransferase family member 2 / M.HsaHemK2P / Lysine N-methyltransferase 9 / Methylarsonite methyltransferase N6AMT1 / Protein N(5)-glutamine methyltransferase 分子量: 21804.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: N6AMT1, C21orf127, HEMK2, KMT9, PRED28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9Y5N5, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: タンパク質	Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein / tRNA methyltransferase 112 homolog 分子量: 14272.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRMT112, AD-001, HSPC152, HSPC170 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UI30
#3: 化合物	ChemComp-A1IC5 / (2~{S})-4-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl-[(3~{S})-3-azanylhexyl]amino]-2-azanyl-butanoic acid 分子量: 466.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₃₄N₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.38 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.8 M (NH4)2SO4, 0.1M Bis-Tris 6.75

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→47.82 Å / Num. obs: 75058 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 39.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.229 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / Num. unique obs: 3614 / CC_1/2: 0.455

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.502→47.82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 2.624 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.059 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2014	3699	4.933 %
R_work	0.1818	71285	-
all	0.183	-	-
obs	-	74984	99.925 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.371 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.076 Å²	0.038 Å²	0 Å²
2-	-	0.076 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.246 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.502→47.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2418	0	33	134	2585

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	2538
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2475
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.072	1.846	3453
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.729	1.733	5717
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.303	5	320
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.604	5	17
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.096	10	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.654	10	431
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.189	10	103
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.126	0.2	401
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2950
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	541
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	450
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	2300
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1246
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	1360
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.115	0.2	111
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.118	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.177	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.321	1.17	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.289	1.169	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.95	2.097	1596
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.952	2.097	1597
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.829	1.512	1264
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.828	1.513	1265
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.329	2.609	1857
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.328	2.609	1858
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.313	11.836	2696
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.264	11.734	2674

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.502-1.541	0.291	282	0.285	5138	X-RAY DIFFRACTION	99.5226
1.541-1.583	0.284	243	0.263	5079	X-RAY DIFFRACTION	100
1.583-1.629	0.278	248	0.239	4929	X-RAY DIFFRACTION	100
1.629-1.679	0.281	244	0.267	4786	X-RAY DIFFRACTION	100
1.679-1.734	0.227	245	0.208	4618	X-RAY DIFFRACTION	100
1.734-1.795	0.224	244	0.201	4511	X-RAY DIFFRACTION	100
1.795-1.863	0.185	205	0.177	4361	X-RAY DIFFRACTION	100
1.863-1.938	0.203	211	0.164	4204	X-RAY DIFFRACTION	100
1.938-2.025	0.201	217	0.163	4005	X-RAY DIFFRACTION	100
2.025-2.123	0.193	188	0.161	3879	X-RAY DIFFRACTION	100
2.123-2.238	0.197	217	0.161	3638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.238-2.373	0.194	189	0.16	3495	X-RAY DIFFRACTION	100
2.373-2.537	0.174	165	0.159	3291	X-RAY DIFFRACTION	100
2.537-2.739	0.184	152	0.17	3093	X-RAY DIFFRACTION	100
2.739-3	0.193	163	0.181	2829	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.352	0.213	130	0.189	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
3.352-3.867	0.185	117	0.165	2305	X-RAY DIFFRACTION	100
3.867-4.729	0.146	92	0.151	1992	X-RAY DIFFRACTION	100
4.729-6.655	0.189	86	0.196	1572	X-RAY DIFFRACTION	100
6.655-47.82	0.228	61	0.207	955	X-RAY DIFFRACTION	99.7056

精密化 TLS

T22: 0.0113 Å² / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.65	0.159	0.0666	1.9339	-0.3965	1.86	-0.0394	0.0691	0.0848	-0.0979	0.0102	0.0104	-0.0668	0.0715	0.0292	0.0358	-0.0003	-0.0188	0.0063	0.0183	-42.281	-6.8595	-16.4685
2	2.569	0.1825	-0.615	1.452	0.0464	2.1564	-0.0108	0.0139	0.0195	-0.0324	-0.0352	0.0747	0.0636	-0.1424	0.046	0.0357	0.002	-0.0102	-0.0066	0.008	-47.2762	-26.7714	-2.3994

精密化 TLSグループ

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