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- PDB-9fkk: The structure of glycosynthase IXT6 (E241G mutant), the intracell... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fkk
タイトルThe structure of glycosynthase IXT6 (E241G mutant), the intracellular xylanase of G.proteiniphilus T-6 in complex with xylobiose-F and xylotetraose-F molecules
要素Beta-xylanase
キーワードHYDROLASE / IXT6 / glycosynthase / Geobacillus proteiniphilus T-6 / Geobacillus stearothermophilus
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Geobacillus proteiniphilus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Hadad, N. / Chmelnik, O. / Dessau, M. / Shoham, Y. / Shoham, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of glycosynthase IXT6 (E241G mutant), the intracellular xylanase of G.proteiniphilus T-6 in complex with xylobiose-F and xylotetraose-F molecules
著者: Hadad, N. / Chmelnik, O. / Dessau, M. / Shoham, Y. / Shoham, G.
履歴
登録2024年6月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-xylanase
B: Beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1015
ポリマ－77,2462
非ポリマー8563
水8,755486
1
A: Beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1712
ポリマ－38,6231
非ポリマー5481
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9303
ポリマ－38,6231
非ポリマー3072
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)169.924, 81.458, 79.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.654, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Beta-xylanase


分子量: 38622.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus proteiniphilus (バクテリア)
遺伝子: xynA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q09LY9, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 多糖 beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-1-fluoro-D-xylopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 548.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
[][<C5O3F1>]{[(1+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-xylopyranose-(1-4)-1-fluoro-D-xylopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 284.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
[][<C5O3F1>]{[(1+1)][b-D-Xylp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 486 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2M Sodium acetate and 0.1M Sodium cacodylate buffer at pH 6.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40.73 Å / Num. obs: 42632 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 26.56 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.48 Å / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4446 / CC1/2: 0.75 / Rpim(I) all: 0.37 / Rrim(I) all: 0.71

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→40.73 Å / SU ML: 0.2637 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.5856
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2105 2149 5.05 %
Rwork0.1674 40436 -
obs0.1697 42585 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→40.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5420 0 57 486 5963
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00795641
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95167655
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0567811
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055989
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.3627768
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.460.32141280.24532662X-RAY DIFFRACTION99.61
2.46-2.520.29131250.22442679X-RAY DIFFRACTION99.82
2.52-2.590.27351430.22222695X-RAY DIFFRACTION99.86
2.59-2.660.31831400.21492692X-RAY DIFFRACTION99.79
2.66-2.750.23731450.2072682X-RAY DIFFRACTION99.93
2.75-2.850.25971500.19852681X-RAY DIFFRACTION99.93
2.85-2.960.24571310.20682679X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.090.26371670.20352663X-RAY DIFFRACTION99.93
3.09-3.260.25251380.18822703X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.460.25111370.17322707X-RAY DIFFRACTION99.96
3.46-3.730.20061400.14562699X-RAY DIFFRACTION100
3.73-4.10.15531490.13052690X-RAY DIFFRACTION99.86
4.1-4.70.15291540.11622724X-RAY DIFFRACTION100
4.7-5.910.15371520.13342703X-RAY DIFFRACTION100
5.91-40.730.16331500.1472777X-RAY DIFFRACTION99.69

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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