PDB-9fkg: compound 2a bound KMT9 structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fkg

タイトル

compound 2a bound KMT9 structure

要素

Methyltransferase N6AMT1
Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein

キーワード

TRANSFERASE / Protein transferase / gene regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

arsonoacetate metabolic process / arsenite methyltransferase activity / protein-glutamine N-methyltransferase activity / eRF1 methyltransferase complex / peptidyl-glutamine methylation / histone H4K12 methyltransferase activity / tRNA (m2G10) methyltransferase complex / rRNA (guanine-N7)-methylation / tRNA methyltransferase activator activity / toxin metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.592 Å

データ登録者

Sheng, W. / Eric, M. / Roland, S.

資金援助

ドイツ, 4件

組織	認可番号	国
German Research Foundation (DFG)	SFB992	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	Schu688	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	EXC-2189	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	DKTK FR01-374	ドイツ

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: compound 1a bound KMT9 crystal structure
著者: Sheng, W. / Eric, M. / Roland, S.

履歴

登録	2024年6月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fkg.cif.gz	340.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fkg.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fkg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9fkg_validation.pdf.gz	768.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fkg_full_validation.pdf.gz	770 KB	表示
XML形式データ	9fkg_validation.xml.gz	17.6 KB	表示
CIF形式データ	9fkg_validation.cif.gz	24.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/9fkg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/9fkg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qdgC 8qdiC 9fimC 9fkeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Methyltransferase N6AMT1

B: Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein

ヘテロ分子

36.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.103, 110.103, 129.819
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-476- HOH

#1: タンパク質	Methyltransferase N6AMT1 / HemK methyltransferase family member 2 / M.HsaHemK2P / Lysine N-methyltransferase 9 / ...HemK methyltransferase family member 2 / M.HsaHemK2P / Lysine N-methyltransferase 9 / Methylarsonite methyltransferase N6AMT1 / Protein N(5)-glutamine methyltransferase 分子量: 21804.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: N6AMT1, C21orf127, HEMK2, KMT9, PRED28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9Y5N5, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: タンパク質	Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein / tRNA methyltransferase 112 homolog 分子量: 14272.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRMT112, AD-001, HSPC152, HSPC170 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UI30
#3: 化合物	ChemComp-A1IC7 / (2~{S})-4-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl-[(3~{S})-3-azanyl-3-phenyl-propyl]amino]-2-azanyl-butanoic acid 分子量: 500.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₃₂N₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.2 M Na3Citrate, 0.1M Tris 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.59→47.68 Å / Num. obs: 61843 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 39.7 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.18 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.184 / Net I/σ(I): 21.3
反射シェル	解像度: 1.59→1.62 Å / 冗長度: 38.8 % / Num. unique obs: 2977 / CC_1/2: 0.543

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
REFMAC	5.8.0352	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.592→47.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 3.28 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.066 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1916	3074	4.973 %
R_work	0.148	58745	-
all	0.15	-	-
obs	-	61819	98.863 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.37 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.215 Å²	-0.107 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.215 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.696 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.592→47.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2413	0	36	169	2618

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	2531
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	2387
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.617	1.645	3447
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.556	1.551	5578
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.331	5	322
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.916	5	17
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.837	10	430
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.951	10	103
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	402
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2858
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	465
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.24	0.2	413
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	2211
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	1215
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	1306
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	135
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.196	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.195	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.262	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.029	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.269	2.358	1267
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.243	2.358	1267
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.879	3.545	1584
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.913	3.547	1585
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.363	2.927	1264
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.36	2.93	1265
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.355	4.166	1859
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.353	4.168	1860
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.877	35.945	2681
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.832	35.455	2649
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.307	3	4918

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.592-1.633	0.285	241	0.245	4174	X-RAY DIFFRACTION	97.5044
1.633-1.678	0.258	214	0.223	4117	X-RAY DIFFRACTION	97.9643
1.678-1.726	0.25	207	0.204	4031	X-RAY DIFFRACTION	98.1246
1.726-1.78	0.231	189	0.186	3925	X-RAY DIFFRACTION	98.233
1.78-1.838	0.246	195	0.159	3818	X-RAY DIFFRACTION	98.4785
1.838-1.902	0.192	190	0.142	3690	X-RAY DIFFRACTION	98.5772
1.902-1.974	0.207	173	0.133	3588	X-RAY DIFFRACTION	98.7658
1.974-2.054	0.184	215	0.124	3415	X-RAY DIFFRACTION	98.9101
2.054-2.146	0.188	168	0.126	3324	X-RAY DIFFRACTION	99.0919
2.146-2.25	0.168	184	0.118	3164	X-RAY DIFFRACTION	99.0826
2.25-2.371	0.17	141	0.115	3060	X-RAY DIFFRACTION	99.2866
2.371-2.515	0.178	155	0.119	2906	X-RAY DIFFRACTION	99.48
2.515-2.688	0.195	152	0.134	2722	X-RAY DIFFRACTION	99.6187
2.688-2.903	0.193	143	0.158	2539	X-RAY DIFFRACTION	99.5915
2.903-3.178	0.228	119	0.172	2367	X-RAY DIFFRACTION	99.7993
3.178-3.552	0.168	115	0.152	2174	X-RAY DIFFRACTION	99.9563
3.552-4.097	0.186	94	0.135	1919	X-RAY DIFFRACTION	99.9503
4.097-5.009	0.14	81	0.12	1679	X-RAY DIFFRACTION	100
5.009-7.045	0.197	66	0.172	1308	X-RAY DIFFRACTION	100
7.045-47.68	0.179	32	0.194	825	X-RAY DIFFRACTION	99.8834

精密化 TLS

L12: 0.0065 °² / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0035	0.0049	0.0524	-0.0211	0.03	-0.0021	0.0007	0.0021	-0.0049	-0.0007	0.0041	-0.0011	0.0032	0.0028	0.0087	-0.0002	-0.0012	0.007	0.0003	0.0012	-42.2325	-6.9515	-16.5399
2	0.0369	0.0006	0.0081	0.0111	0.0296	-0.0011	-0.0022	0.0023	-0.0003	-0.0005	0.0001	0.0011	-0.0028	0.0017	0.0078	0.0002	0.0001	0.0077	-0.0003	0.0005	-46.855	-26.7448	-2.5455

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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新型コロナ情報

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